新疆裸重唇鱼线粒体DNA遗传多样性及线粒体DNA控制区异质性研究
发布时间：2021-02-26 12:39
本文通过对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列以及细胞色素b基因部分序列进行遗传标记,结合线粒体DNA D-loop区存在的异质性,对新疆开都河、巩乃斯河、玛纳斯河以及喀什河四条河流4个野生新疆裸重唇鱼群体进行遗传多样性研究,为新疆裸重唇鱼种质资源保护提供理论基础,结论如下:1.在鲤、细鳞裂腹鱼已识别部分保守序列的基础上,针对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列测定后识别了其终止序列区TAS、中央保守区CD、保守序列区CSB以其界限。通过与鲤、细鳞裂腹鱼之间对比,对这三者碱基组成进行了分析,在新疆裸重唇鱼中新识别了三个串联重复序列,与鲤、细鳞裂腹鱼相比新疆裸重唇鱼出现了较少的碱基缺失。2.对开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河4个新疆裸重唇鱼群体,提取其线粒体DNA D-loop区部分序列,得到748 bp左右的同源序列74条。其中检测到13个单倍型,变异位点20个。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.864±0.196,Pi=0.03112±0.030475。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他群体间存在较大分化（FST>0....
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英符号缩略词表
第一章 文献综述
1 新疆裸重唇鱼资源及保护
1.1 新疆裸重唇鱼的分类地位及分布简介
1.2 形态特征
1.3 生活环境
1.4 新疆裸重唇鱼研究概况
2 遗传多样性研究概况
2.1 遗传多样性概述
2.2 鱼类遗传多样性概述
2.3 鱼类遗传多样性的研究方法及应用
2.3.1 线粒体DNA D-loop区
2.3.1.1 线粒体DNA D-loop区结构特点
2.3.1.2 线粒体DNA D-loop区分子多态性的研究
（1）RFLP技术（Restriction fragment length polymorphism, RFLP）
（2）RAPD技术（Randomly Amplified Polymorphic DNA， RAPD）
（3）微卫星DNA（Microsatellite）
（4）PCR-SSCP技术
2.3.1.3 鱼类线粒体DNA D-loop区研究概况
2.3.2 线粒体DNA细胞色素b研究概况
3 线粒体异质性研究概述
4 研究目的与意义
第二章 基于线粒体DNA D-loop区序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性及差异研究
前言
1 实验材料
1.1 实验设备
1.2 实验试剂
1.3 实验样品采集
2 研究方法
2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA的提取及检测
2.1.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取
2.1.2 新疆裸重唇鱼基因组DNA检测
2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选
2.2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区扩增
2.2.2 SSCP-PCR筛选单倍型
2.2.2.1 非变性聚丙烯酰胺凝胶制备
2.2.2.2 银染显色
2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列扩增
2.4 目的条带纯化回收
2.5 目的条带的连接和转化
2.5.1 大肠杆菌感受态细胞制备：
2.5.2 连接
2.5.3 转化
2.5.4 阳性克隆的检测
2.5.5 菌液测序
2.6 数据处理
2.6.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析
2.6.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区遗传多样性分析
3 结果分析
3.1 新疆裸重唇鱼总DNA提取与检测
3.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选
3.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的片段扩增
3.2.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型
3.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区碱基结构分析
3.3.1 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列差异比较
3.3.2 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列分析
3.3.2.1 终止序列区
3.3.2.2 中央保守序列区
3.3.4.3 保守序列区
3.4 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性比较分析
3.4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列分析
3.4.2 群体遗传结构比较
3.4.3 群体的种群扩张分析
3.4.4 聚类分析结果
4 讨论
4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析
4.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区遗传多样性比较分析
4.2.1 新疆裸重唇鱼四个群体的分子遗传多样性比较
4.2.2 新疆裸重唇鱼群体的遗传分化
4.2.3 群体的种群扩张分析
第三章 基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析
前言
1 实验材料和设备
1.1 实验材料
1.2 主要仪器
1.3 主要试剂
2 研究方法
2.1 新疆裸重唇鱼线粒体基因组DNA提取及纯度检测
2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA细胞色素b基因PCR扩增测序
2.3 数据处理
3 结果分析
3.1 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA细胞色素b序列变异比较
3.2 新疆裸重唇鱼不同群体群体遗传结构比较
3.3 新疆裸重唇鱼不同群体聚类分析
4 讨论
第四章 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区异质性初探
前言
1 实验材料与方法
1.1 实验材料与仪器试剂
1.1.1 实验材料
1.1.2 主要仪器
1.1.3 主要试剂
1.2 研究方法
1.2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取及检测
1.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型
1.2.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的 500bp片段扩增
1.2.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区筛选单倍型
1.2.2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区 750bp序列扩增
1.3 数据处理
2 实验结果分析
2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区点异质性
2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区长度异质性
第五章 新疆裸重唇鱼不同群体遗传多样性及差异研究总述
创新点与展望
6.1 创新点
6.2 展望
参考文献
附录
致谢
作者简介
附件
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体DNA控制区序列的6个凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体的遗传多样性分析[J]. 刘红,张海强,蔡生力,戴习林. 渔业科学进展. 2016(01)
[2]伊犁河三支流新疆裸重唇鱼的生长特性研究[J]. 牛玉娟,任道全,陈生熬,蔡林刚,牛建功,谢从新. 水生态学杂志. 2015(06)
[3]基于线粒体控制区的云南澜沧江和海南岛主要水系宽额鳢遗传变异分析[J]. 薛丹,章群,郜星晨,宫亚运,曹艳. 水生生物学报. 2015(06)
[4]伊犁河两种裂腹鱼类基因安全和种群分布的关系[J]. 牛建功,蔡林钢,李红,马徐发. 水产学杂志. 2015(04)
[5]线粒体DNA分子技术在斑点叉尾鮰物种鉴定中的应用[J]. 罗志萍,肖武汉,黄迎波,周慧平,袁晓芬,王华全. 安徽农业科学. 2015(11)
[6]不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康现江,罗青,白俊杰. 水产学报. 2014(09)
[7]黄鲫线粒体DNA控制区结构及长度多态性分析[J]. 蔡珊珊,徐胜勇,宋娜,高天翔,张朝晖. 水生生物学报. 2014(05)
[8]基于线粒体COI和Cyt b基因序列对新疆两水系斑重唇鱼遗传结构的分析[J]. 杨天燕,孟玮,马燕武,蔡林钢,郭焱. 淡水渔业. 2014(04)
[9]基于线粒体DNA标记的长江中游草鱼亲本增殖放流的遗传效果评估[J]. 李树华,陈大庆,段辛斌,刘绍平,汪登强. 淡水渔业. 2014(03)
[10]白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康现江,白俊杰. 河北大学学报(自然科学版). 2014(02)
博士论文
[1]斑鰶和青鳞小沙丁鱼的种群遗传结构与分子系统地理学研究[D]. 应一平.中国海洋大学 2011
[2]中国红鲤遗传多样性研究[D]. 王成辉.上海水产大学 2002
硕士论文
[1]伊犁河新疆裸重唇鱼个体生物学研究[D]. 牛玉娟.塔里木大学 2015
[2]基于线粒体DNA序列和微卫星标记分析波纹唇鱼不同地理群体的遗传多样性及遗传分化[D]. 胡静.海南大学 2012
[3]新疆裸重唇鱼染色体的核型及带型研究[D]. 孔磊.石河子大学 2010
[4]牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析[D]. 白晶晶.甘肃农业大学 2009
[5]鲢鳙长江野生群体和养殖群体微卫星的遗传多样性分析[D]. 田华.华中农业大学 2008
[6]青鳞小沙丁鱼（Sardinella zunasi）种群形态学和遗传学研究[D]. 杨天燕.中国海洋大学 2008
本文编号：3052598
【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校
【文章页数】：72 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英符号缩略词表
第一章 文献综述
1 新疆裸重唇鱼资源及保护
1.1 新疆裸重唇鱼的分类地位及分布简介
1.2 形态特征
1.3 生活环境
1.4 新疆裸重唇鱼研究概况
2 遗传多样性研究概况
2.1 遗传多样性概述
2.2 鱼类遗传多样性概述
2.3 鱼类遗传多样性的研究方法及应用
2.3.1 线粒体DNA D-loop区
2.3.1.1 线粒体DNA D-loop区结构特点
2.3.1.2 线粒体DNA D-loop区分子多态性的研究
（1）RFLP技术（Restriction fragment length polymorphism, RFLP）
（2）RAPD技术（Randomly Amplified Polymorphic DNA， RAPD）
（3）微卫星DNA（Microsatellite）
（4）PCR-SSCP技术
2.3.1.3 鱼类线粒体DNA D-loop区研究概况
2.3.2 线粒体DNA细胞色素b研究概况
3 线粒体异质性研究概述
4 研究目的与意义
第二章 基于线粒体DNA D-loop区序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性及差异研究
前言
1 实验材料
1.1 实验设备
1.2 实验试剂
1.3 实验样品采集
2 研究方法
2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA的提取及检测
2.1.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取
2.1.2 新疆裸重唇鱼基因组DNA检测
2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选
2.2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区扩增
2.2.2 SSCP-PCR筛选单倍型
2.2.2.1 非变性聚丙烯酰胺凝胶制备
2.2.2.2 银染显色
2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列扩增
2.4 目的条带纯化回收
2.5 目的条带的连接和转化
2.5.1 大肠杆菌感受态细胞制备：
2.5.2 连接
2.5.3 转化
2.5.4 阳性克隆的检测
2.5.5 菌液测序
2.6 数据处理
2.6.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析
2.6.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区遗传多样性分析
3 结果分析
3.1 新疆裸重唇鱼总DNA提取与检测
3.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区单倍型筛选
3.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的片段扩增
3.2.2 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型
3.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区碱基结构分析
3.3.1 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列差异比较
3.3.2 新疆裸重唇鱼、鲤和细鳞裂腹鱼线粒体DNA D-loop区序列分析
3.3.2.1 终止序列区
3.3.2.2 中央保守序列区
3.3.4.3 保守序列区
3.4 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性比较分析
3.4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列分析
3.4.2 群体遗传结构比较
3.4.3 群体的种群扩张分析
3.4.4 聚类分析结果
4 讨论
4.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区结构分析
4.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区遗传多样性比较分析
4.2.1 新疆裸重唇鱼四个群体的分子遗传多样性比较
4.2.2 新疆裸重唇鱼群体的遗传分化
4.2.3 群体的种群扩张分析
第三章 基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析
前言
1 实验材料和设备
1.1 实验材料
1.2 主要仪器
1.3 主要试剂
2 研究方法
2.1 新疆裸重唇鱼线粒体基因组DNA提取及纯度检测
2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA细胞色素b基因PCR扩增测序
2.3 数据处理
3 结果分析
3.1 新疆裸重唇鱼不同群体线粒体DNA细胞色素b序列变异比较
3.2 新疆裸重唇鱼不同群体群体遗传结构比较
3.3 新疆裸重唇鱼不同群体聚类分析
4 讨论
第四章 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区异质性初探
前言
1 实验材料与方法
1.1 实验材料与仪器试剂
1.1.1 实验材料
1.1.2 主要仪器
1.1.3 主要试剂
1.2 研究方法
1.2.1 新疆裸重唇鱼基因组DNA提取及检测
1.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区PCR-SSCP单倍型分型
1.2.2.1 新疆裸重唇鱼用于单倍型筛选的 500bp片段扩增
1.2.2.2 新疆裸重唇鱼线粒体DNA控制区筛选单倍型
1.2.2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区 750bp序列扩增
1.3 数据处理
2 实验结果分析
2.1 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区点异质性
2.3 新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区长度异质性
第五章 新疆裸重唇鱼不同群体遗传多样性及差异研究总述
创新点与展望
6.1 创新点
6.2 展望
参考文献
附录
致谢
作者简介
附件
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体DNA控制区序列的6个凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体的遗传多样性分析[J]. 刘红,张海强,蔡生力,戴习林. 渔业科学进展. 2016(01)
[2]伊犁河三支流新疆裸重唇鱼的生长特性研究[J]. 牛玉娟,任道全,陈生熬,蔡林刚,牛建功,谢从新. 水生态学杂志. 2015(06)
[3]基于线粒体控制区的云南澜沧江和海南岛主要水系宽额鳢遗传变异分析[J]. 薛丹,章群,郜星晨,宫亚运,曹艳. 水生生物学报. 2015(06)
[4]伊犁河两种裂腹鱼类基因安全和种群分布的关系[J]. 牛建功,蔡林钢,李红,马徐发. 水产学杂志. 2015(04)
[5]线粒体DNA分子技术在斑点叉尾鮰物种鉴定中的应用[J]. 罗志萍,肖武汉,黄迎波,周慧平,袁晓芬,王华全. 安徽农业科学. 2015(11)
[6]不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康现江,罗青,白俊杰. 水产学报. 2014(09)
[7]黄鲫线粒体DNA控制区结构及长度多态性分析[J]. 蔡珊珊,徐胜勇,宋娜,高天翔,张朝晖. 水生生物学报. 2014(05)
[8]基于线粒体COI和Cyt b基因序列对新疆两水系斑重唇鱼遗传结构的分析[J]. 杨天燕,孟玮,马燕武,蔡林钢,郭焱. 淡水渔业. 2014(04)
[9]基于线粒体DNA标记的长江中游草鱼亲本增殖放流的遗传效果评估[J]. 李树华,陈大庆,段辛斌,刘绍平,汪登强. 淡水渔业. 2014(03)
[10]白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析[J]. 董新培,穆淑梅,周楠,康现江,白俊杰. 河北大学学报(自然科学版). 2014(02)
博士论文
[1]斑鰶和青鳞小沙丁鱼的种群遗传结构与分子系统地理学研究[D]. 应一平.中国海洋大学 2011
[2]中国红鲤遗传多样性研究[D]. 王成辉.上海水产大学 2002
硕士论文
[1]伊犁河新疆裸重唇鱼个体生物学研究[D]. 牛玉娟.塔里木大学 2015
[2]基于线粒体DNA序列和微卫星标记分析波纹唇鱼不同地理群体的遗传多样性及遗传分化[D]. 胡静.海南大学 2012
[3]新疆裸重唇鱼染色体的核型及带型研究[D]. 孔磊.石河子大学 2010
[4]牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析[D]. 白晶晶.甘肃农业大学 2009
[5]鲢鳙长江野生群体和养殖群体微卫星的遗传多样性分析[D]. 田华.华中农业大学 2008
[6]青鳞小沙丁鱼（Sardinella zunasi）种群形态学和遗传学研究[D]. 杨天燕.中国海洋大学 2008
本文编号：3052598
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