牡蛎疱疹病毒魁蚶株基因组测定与分析

发布时间：2021-02-26 18:59

　　首例双壳贝类感染疱疹样病毒粒子的案例于1972年发现于美国的美洲牡蛎（Crassostrea virginica）,同时也是无脊椎动物感染疱疹样病毒粒子的首例报道。而疱疹病毒对双壳贝类的危害真正引起人们广泛关注,是上世纪90年代初以来,一种疱疹样病毒粒子导致的法国、西班牙、新西兰、美国和墨西哥等全球多个国家养殖长牡蛎,以及我国养殖栉孔扇贝夏季高温季节大规模死亡案例的发生。对分离自法国长牡蛎的病毒粒子进行全基因组测序和分析结果显示,该病毒为一种新的疱疹病毒,与已知感染脊椎动物的其他疱疹病毒亲缘关系较远。在国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Virus, ICTV）2012年发布的病毒分类报告中,该病毒被正式命名为牡蛎疱疹病毒（Ostreid herpesvirus 1, OsHV-1）,并被分类在疱疹病毒目（Herpesviridae）、软体动物疱疹病毒科（Malacoherpesviridae）、牡蛎病毒属（Ostreavirus）,是该病毒属迄今唯一病毒种。通过对引起我国北方沿海栉孔扇贝大规模死亡的急性病毒性坏死病毒（Ac... 

【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 牡蛎疱疹病毒OsHV-1研究概况
        1.1.1 牡蛎疱疹病毒的发现过程
        1.1.2 牡蛎疱疹病毒其它病毒株的发现过程
        1.1.3 牡蛎疱疹病毒的流行病学特点
        1.1.4 组织病理变化
        1.1.5 影响死亡率的其它因素
        1.1.6 OsHV-1的起源分析
        1.1.7 传播途径
        1.1.8 影响病原传播的因素
        1.1.9 预防疾病爆发可采取的措施
        1.1.10 牡蛎疱疹病毒分子水平研究进展
    1.2 测序技术发展过程
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代DNA测序技术
        1.2.3 第三代测序技术
    1.3 疱疹病毒基因组的研究进展
        1.3.1 疱疹病毒的分类
        1.3.2 疱疹病毒基因组结构的特点
    1.4 本论文研究的目的与意义
第二章 OsHV-1魁蚶株基因组全序列的测定和分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 样品采集
        2.1.2 主要试剂
        2.1.3 主要仪器设备
        2.1.4 牡蛎疱疹病毒魁蚶株的检测
        2.1.5 病毒纯化和DNA提取
        2.1.6 扩增魁蚶疱疹病毒核酸序列
        2.1.7 OsHV-1魁蚶株基因组的分段PCR扩增
        2.1.8 PCR产物的连接、转化
        2.1.9 阳性克隆的鉴定和扩大培养
        2.1.10 末端序列的测定
        2.1.11 序列拼接和生物信息学分析
    2.2 结果和分析
        2.2.1 病毒检测结果的分析
        2.2.2 OsHV-1-SB全序列结构分析
        2.2.3 OsHV-1-SB基因组中潜在的ORF分析
        2.2.4 OsHV-1-SB与OsHV-1、AVNV比较分析
        2.2.5 碱基突变产生的ORF变化
        2.2.6 OsHV-1-SB可变数目串联重复序列分析
        2.2.7 SNP分析
        2.2.8 进化分析
    2.3 小结
第三章 中国沿海养殖贝类OsHV-1感染状况调查
    3.1 实验材料
        3.1.1 样品采集
        3.1.2 实验材料
        3.1.3 样品DNA的提取
        3.1.4 PCR检测
    3.2 结果
        3.2.1 所有批次样品检测结果
        3.2.2 不同品种贝类检测结果
    3.3 讨论
参考文献
致谢
个人简历
学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]福建牡蛎养殖业的现状、问题与对策[J]. 曾志南,宁岳.  海洋科学. 2011(09)
[2]扇贝养殖海区中小型浮游生物携带AVNV的荧光定量检测[J]. 蔡玉勇,任伟成,曲朋,贾志磊,王崇明,李赟.  中国水产科学. 2011(04)
[3]扇贝养殖海区浮游生物及大型海藻携带AVNV病毒的检测分析[J]. 王娜,李赟,任伟成,蔡玉勇,王崇明.  中国水产科学. 2010(05)
[4]栉孔扇贝急性病毒性坏死病毒（AVNV）卵内的垂直传播途径[J]. 于佐安,王崇明,李赟,任伟成,蔡玉勇.  水产学报. 2009(06)
[5]浮游微藻携带和传播WSSV的研究[J]. 张家松,董双林,田相利,董云伟.  海洋环境科学. 2007(03)
[6]贝藻混养生态系互利机制中的作用因子[J]. 韦玮,方建光,董双林.  中国水产科学. 2005(02)
[7]栉孔扇贝急性病毒性坏死症病原人工感染研究[J]. 艾海新,王崇明,王秀华,刘英杰,李赟,贺桂珍,宋微波.  中国水产科学. 2003(05)
[8]栉孔扇贝病原感染与病害发生关系探讨[J]. 贺桂珍,李贇,王崇明,黄剑宇,王秀华.  水产学报. 2003(03)
[9]贝藻混养互利机制的初步研究[J]. 韦玮,方建光,董双林,刘瑜.  海洋水产研究. 2002(03)
[10]栉孔扇贝一种球形病毒的分离纯化及其超微结构观察[J]. 王崇明,王秀华,宋晓玲,黄倢,宋微波.  水产学报. 2002(02)

博士论文
[1]栉孔扇贝急性病毒性坏死病毒基因组全序列的测定和核酸诊断技术的研究[D]. 任伟成.中国海洋大学 2009

硕士论文
[1]应用急性病毒性坏死病毒（AVNV）分子检测技术对其主要宿主的检测与分析[D]. 蔡玉勇.中国海洋大学 2010



本文编号：3053024