三种十足目重要经济种类转录组组装与分析
发布时间：2021-03-17 16:30
随着DNA测序技术的不断发展,基于转录组的组装分析来进行生物的代谢、系统发育等研究展现了独特的优势。对无参考基因组的非模式生物来说,转录组测序分析是获得其基因表达信息的重要手段。本文对葛氏长臂虾（Palaemon gravieri）、九齿扇虾（Ibacus novemdentatus Gibbes）和普通黄道蟹（Cancer pagurus）三种十足目生物的转录组数据进行测序和组装,并进行功能注释,相关研究的结果可为3个物种的功能基因研究和系统发育研究提供基础数据。论文的主要成果如下:对葛氏长臂虾的鳃组织、肌肉组织进行转录组测序后得到404,65,590条原始序列及去除杂质之后获得的40,282,258条高质量序列（Clean Data）,数据量为6.04G。对获得的高质量序列进行组装得到了大量转录本,进一步的去冗余组装获得15,089条非冗余基因,其N50值为1909 bp。将去冗余组装获得的非冗余基因通过blastx比对,进行了Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO几大数据库的基因功能注释,有8593个Unigene得到了注释,注释率为56.95...
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组生物信息分析流程图
葛氏长臂虾Unigene长度分布
拼接转录本与基因序列长度分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]罗氏沼虾转录组免疫相关SNP的挖掘与分析[J]. 唐修阳,王传聪,项杰,欧江涛,王资生. 江苏农业科学. 2019(04)
[2]泽兰实蝇雄性附腺高通量转录组测序数据组装和分析[J]. 鲁武锋,李丽芳,廖贤斌,兰明先,夏涛,王瑞仙,李梦月,李建一,高熹,吴国星. 环境昆虫学报. 2019(04)
[3]基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因[J]. 董丽君,孟宪红,孔杰,罗坤,栾生,史晓丽. 中国水产科学. 2019(01)
[4]花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发[J]. 林珲,李永平,薛珠政,陈敏氡,朱海生,温庆放. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2019(03)
[5]杜仲愈伤组织转录组分析及其类黄酮合成相关基因的qRT-PCR分析[J]. 张俊娥,邓华锋. 中草药. 2018(16)
[6]转录组和蛋白质组在动物毒素研究中的应用[J]. 曹园,高美风,孔毅. 药物生物技术. 2018(04)
[7]Sequencing, de novo assembly and characterization of the spotted scat Scatophagus argus（Linnaeus 1766） transcriptome for discovery of reproduction related genes and SSRs[J]. 杨尉,陈华谱,崔雪凡,张克伟,江东能,邓思平,朱春华,李广丽. Journal of Oceanology and Limnology. 2018(04)
[8]全长转录组测序技术在非模式植物转录组学研究中的应用[J]. 王瑞娴,李川. 分子植物育种. 2019(02)
[9]单细胞转录组测序及其在神经系统研究中的应用[J]. 李亚雷. 基因组学与应用生物学. 2019(10)
[10]外源物质调控芥蓝幼苗MAM3基因表达及其生物信息学分析[J]. 毛舒香,王军伟,徐浩然,黄英娟,柏艾梅,王圣泽,黄科,吴秋云. 分子植物育种. 2019(01)
博士论文
[1]基于转录组学的蒙古牛抗寒机制的研究[D]. 齐昱.内蒙古农业大学 2017
[2]舟形藻（Navicula sp.N6）废水培养及其转录组分析[D]. 毕桂灿.华南农业大学 2016
[3]基于家系构建及转录组与蛋白质组联合分析青虾生长特性及其调控机制[D]. 李同明.山东农业大学 2016
[4]半滑舌鳎和牙鲆的转录组测序及初步分析[D]. 王文基.中国海洋大学 2014
[5]长臂虾科（甲壳动物亚门：十足目：真虾下目：长臂虾总科）分子系统学研究[D]. 甘志彬.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
[6]凡纳滨对虾系统发生地位及适应性进化分析[D]. 袁剑波.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
硕士论文
[1]WaspBase数据库构建以及寄生蜂基因家族扩张与收缩分析[D]. 郎坤.安徽农业大学 2018
[2]高盐胁迫下翅碱蓬的全转录组研究[D]. 曹晟阳.大连海洋大学 2018
[3]温度对岩扇贝幼贝基因表达影响的研究[D]. 刘阳.大连海洋大学 2018
[4]黄翅大白蚁肠道转录组数据分析及相关功能基因的克隆表达[D]. 曹春静.山东大学 2018
[5]IHNV分离及感染的分子基础研究[D]. 茆安婷.吉林农业大学 2018
[6]口虾蛄不同地理群体线粒体DNA控制区和转录组变异研究[D]. 张阳.浙江海洋大学 2018
[7]基于转录组学研究碗蕨科（Dennstaedtiaceae）的系统发育关系[D]. 刘莉.上海师范大学 2018
[8]三种珍珠贝（蚌）转录组对比分析及部分功能基因研究[D]. 潘晓艳.广东海洋大学 2017
[9]基于转录组学技术探究中华绒螯蟹胚胎发育期间的基因和通路表达特征[D]. 董鹏生.上海海洋大学 2017
[10]雨生红球藻的转录组测序及乙酰转移酶基因的克隆和分析[D]. 王坤鹏.深圳大学 2017
本文编号：3087390
【文章来源】：浙江海洋大学浙江省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
转录组生物信息分析流程图
葛氏长臂虾Unigene长度分布
拼接转录本与基因序列长度分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]罗氏沼虾转录组免疫相关SNP的挖掘与分析[J]. 唐修阳,王传聪,项杰,欧江涛,王资生. 江苏农业科学. 2019(04)
[2]泽兰实蝇雄性附腺高通量转录组测序数据组装和分析[J]. 鲁武锋,李丽芳,廖贤斌,兰明先,夏涛,王瑞仙,李梦月,李建一,高熹,吴国星. 环境昆虫学报. 2019(04)
[3]基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因[J]. 董丽君,孟宪红,孔杰,罗坤,栾生,史晓丽. 中国水产科学. 2019(01)
[4]花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发[J]. 林珲,李永平,薛珠政,陈敏氡,朱海生,温庆放. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2019(03)
[5]杜仲愈伤组织转录组分析及其类黄酮合成相关基因的qRT-PCR分析[J]. 张俊娥,邓华锋. 中草药. 2018(16)
[6]转录组和蛋白质组在动物毒素研究中的应用[J]. 曹园,高美风,孔毅. 药物生物技术. 2018(04)
[7]Sequencing, de novo assembly and characterization of the spotted scat Scatophagus argus（Linnaeus 1766） transcriptome for discovery of reproduction related genes and SSRs[J]. 杨尉,陈华谱,崔雪凡,张克伟,江东能,邓思平,朱春华,李广丽. Journal of Oceanology and Limnology. 2018(04)
[8]全长转录组测序技术在非模式植物转录组学研究中的应用[J]. 王瑞娴,李川. 分子植物育种. 2019(02)
[9]单细胞转录组测序及其在神经系统研究中的应用[J]. 李亚雷. 基因组学与应用生物学. 2019(10)
[10]外源物质调控芥蓝幼苗MAM3基因表达及其生物信息学分析[J]. 毛舒香,王军伟,徐浩然,黄英娟,柏艾梅,王圣泽,黄科,吴秋云. 分子植物育种. 2019(01)
博士论文
[1]基于转录组学的蒙古牛抗寒机制的研究[D]. 齐昱.内蒙古农业大学 2017
[2]舟形藻（Navicula sp.N6）废水培养及其转录组分析[D]. 毕桂灿.华南农业大学 2016
[3]基于家系构建及转录组与蛋白质组联合分析青虾生长特性及其调控机制[D]. 李同明.山东农业大学 2016
[4]半滑舌鳎和牙鲆的转录组测序及初步分析[D]. 王文基.中国海洋大学 2014
[5]长臂虾科（甲壳动物亚门：十足目：真虾下目：长臂虾总科）分子系统学研究[D]. 甘志彬.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
[6]凡纳滨对虾系统发生地位及适应性进化分析[D]. 袁剑波.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
硕士论文
[1]WaspBase数据库构建以及寄生蜂基因家族扩张与收缩分析[D]. 郎坤.安徽农业大学 2018
[2]高盐胁迫下翅碱蓬的全转录组研究[D]. 曹晟阳.大连海洋大学 2018
[3]温度对岩扇贝幼贝基因表达影响的研究[D]. 刘阳.大连海洋大学 2018
[4]黄翅大白蚁肠道转录组数据分析及相关功能基因的克隆表达[D]. 曹春静.山东大学 2018
[5]IHNV分离及感染的分子基础研究[D]. 茆安婷.吉林农业大学 2018
[6]口虾蛄不同地理群体线粒体DNA控制区和转录组变异研究[D]. 张阳.浙江海洋大学 2018
[7]基于转录组学研究碗蕨科（Dennstaedtiaceae）的系统发育关系[D]. 刘莉.上海师范大学 2018
[8]三种珍珠贝（蚌）转录组对比分析及部分功能基因研究[D]. 潘晓艳.广东海洋大学 2017
[9]基于转录组学技术探究中华绒螯蟹胚胎发育期间的基因和通路表达特征[D]. 董鹏生.上海海洋大学 2017
[10]雨生红球藻的转录组测序及乙酰转移酶基因的克隆和分析[D]. 王坤鹏.深圳大学 2017
本文编号：3087390
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