松江鲈遗传标记开发与保护遗传学研究
发布时间：2021-03-28 08:17
鉴定保护单元对于濒危物种的监测和管理至关重要。群体的遗传特征,包括群体遗传结构、遗传多样性水平、基因交流、本地适应性等,是保护单元制定的重要理论依据。遗传多样性是物种维持进化潜力的重要因素。本文的研究对象松江鲈（Trachidermus fasciatus）隶属于鲉形目、杜父鱼科、松江鲈属,是一种小型底栖降海产卵洄游性鱼类。受人类活动的影响,如修建水坝、过度捕捞、环境污染、产卵场破坏等,目前松江鲈群体数量已大大减少,其栖息地已呈片段化分布。鉴于此原因并考虑到其文化、生态及进化学上的价值,在1988年中国政府将其列为国家二级保护动物。阐明群体遗传特征对于松江鲈保护措施的制定和实施具有重要意义,但是目前关于松江鲈保护遗传学和群体遗传学方面的研究仍然存在分歧,特别是关于中国松江鲈群体遗传结构的研究结果并不清晰,更是缺乏基因组方面的研究,极大地限制了其管理和保护工作。本文采用了多态性的微卫星分子标记和更高分辨率的群体基因组学手段对松江鲈群体系统地开展了保护遗传学研究,以期为其保护单元的划分提供理论依据。主要研究结果如下:1、采用磁珠富集法开发了25个松江鲈高多态性微卫星位点。选取富阳群体24个...
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)山东省
【文章页数】：137 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
磁珠富集法流程图（Kantartzi，2013）
图 1.2 三引物荧光标记法扩增原理（Schuelke，2000）Fig. 1.2 Amplification scheme for tailed PCR（Schuelke，2000）微卫星的出现和应用促使了保护遗传学的革新。高度多态的（通常具有多个等位基因）微卫星标记更适合用于瓶颈效应（bottleneck）的检测，近交衰退及有效群体大小的估计等。微卫星标记亦可用于个体的归群（assignment）分析，从而可检测群体间个体的扩散情况（Berryetal.，2004）、追溯个体的来源（Roqueset al.，1999）、入侵生物学分析（Gotzek et al.，2015）以及亲缘关系的鉴定（Quelleret al.，1993）等。大部分的微卫星位于基因组的非编码区域内，主要存在于基因间区域或基因内含子区域，通常被认为在选择上处于中性（Ellegren，2004）。因此微卫星标记常常被应用于管理单元的划分等保护遗传学研究中（Moritz，1999）。随着测序技术的不断发展，越来越多基于高通量测序技术的微卫星开发手段
松江鲈遗传标记开发与保护遗传学研究位点关联的序列进行测序（亦称为 RAD-tag过随机打断（如利用超声波）后进行选择，故统的 RAD-seq 主要步骤包括：限制性内切酶标签用以区分个体），混样，随机打断，片集，上机测序。传统 RAD 文库构建流程如图
【参考文献】：
期刊论文
[1]松江鲈人工繁殖和育苗的初步研究[J]. 申海玉,韩超,富惠光. 湖北农业科学. 2013(11)
[2]基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析[J]. 高天翔,毕潇潇,赵林林,李创举. 水生生物学报. 2013(02)
[3]中国境内松江鲈鱼群体遗传变异的ISSR分析[J]. 马召腾,刘至治,潘连德,蒋鑫. 水产学报. 2012(07)
[4]鸭绿江下游流域松江鲈资源研究进展[J]. 王丹生. 辽东学院学报(自然科学版). 2012(02)
[5]松江鲈鱼野生群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化[J]. 曾珍,刘至治,潘连德,唐文乔,王茜,耿云皓. 动物学研究. 2012(02)
[6]The loss of genetic diversity during captive breeding of the endangered sculpin, Trachidermus fasciatus, based on ISSR markers: implications for its conservation[J]. 毕潇潇,杨巧莉,高天翔,李创举. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(05)
[7]淞江鲈在中国地理分布的历史变迁及其原因[J]. 王金秋,成功. 生态学报. 2010(24)
[8]中国境内松江鲈鱼的种群特征以及资源保护[J]. 潘连德,蔡飞,马召腾,蒋鑫. 水产科技情报. 2010(05)
[9]关于淞江鲈学名和模式产地以及地理分布之探讨[J]. 王幼槐. 海洋渔业. 2006(04)
[10]鸭绿江的松江鲈鱼[J]. 衣维国,梁平,梁天红,黄毅力. 河北渔业. 2006(02)
博士论文
[1]松江鲈（Trachidermus fasciatus）种群的形态学与遗传学研究[D]. 毕潇潇.中国海洋大学 2013
[2]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[3]长吻鮠越冬的生理生化适应[D]. 梁友光.华中农业大学 2005
本文编号：3105199
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)山东省
【文章页数】：137 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
磁珠富集法流程图（Kantartzi，2013）
图 1.2 三引物荧光标记法扩增原理（Schuelke，2000）Fig. 1.2 Amplification scheme for tailed PCR（Schuelke，2000）微卫星的出现和应用促使了保护遗传学的革新。高度多态的（通常具有多个等位基因）微卫星标记更适合用于瓶颈效应（bottleneck）的检测，近交衰退及有效群体大小的估计等。微卫星标记亦可用于个体的归群（assignment）分析，从而可检测群体间个体的扩散情况（Berryetal.，2004）、追溯个体的来源（Roqueset al.，1999）、入侵生物学分析（Gotzek et al.，2015）以及亲缘关系的鉴定（Quelleret al.，1993）等。大部分的微卫星位于基因组的非编码区域内，主要存在于基因间区域或基因内含子区域，通常被认为在选择上处于中性（Ellegren，2004）。因此微卫星标记常常被应用于管理单元的划分等保护遗传学研究中（Moritz，1999）。随着测序技术的不断发展，越来越多基于高通量测序技术的微卫星开发手段
松江鲈遗传标记开发与保护遗传学研究位点关联的序列进行测序（亦称为 RAD-tag过随机打断（如利用超声波）后进行选择，故统的 RAD-seq 主要步骤包括：限制性内切酶标签用以区分个体），混样，随机打断，片集，上机测序。传统 RAD 文库构建流程如图
【参考文献】：
期刊论文
[1]松江鲈人工繁殖和育苗的初步研究[J]. 申海玉,韩超,富惠光. 湖北农业科学. 2013(11)
[2]基于线粒体Cytb基因全序列的松江鲈群体遗传结构分析[J]. 高天翔,毕潇潇,赵林林,李创举. 水生生物学报. 2013(02)
[3]中国境内松江鲈鱼群体遗传变异的ISSR分析[J]. 马召腾,刘至治,潘连德,蒋鑫. 水产学报. 2012(07)
[4]鸭绿江下游流域松江鲈资源研究进展[J]. 王丹生. 辽东学院学报(自然科学版). 2012(02)
[5]松江鲈鱼野生群体遗传多样性的RAPD分析和SCAR标记的转化[J]. 曾珍,刘至治,潘连德,唐文乔,王茜,耿云皓. 动物学研究. 2012(02)
[6]The loss of genetic diversity during captive breeding of the endangered sculpin, Trachidermus fasciatus, based on ISSR markers: implications for its conservation[J]. 毕潇潇,杨巧莉,高天翔,李创举. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(05)
[7]淞江鲈在中国地理分布的历史变迁及其原因[J]. 王金秋,成功. 生态学报. 2010(24)
[8]中国境内松江鲈鱼的种群特征以及资源保护[J]. 潘连德,蔡飞,马召腾,蒋鑫. 水产科技情报. 2010(05)
[9]关于淞江鲈学名和模式产地以及地理分布之探讨[J]. 王幼槐. 海洋渔业. 2006(04)
[10]鸭绿江的松江鲈鱼[J]. 衣维国,梁平,梁天红,黄毅力. 河北渔业. 2006(02)
博士论文
[1]松江鲈（Trachidermus fasciatus）种群的形态学与遗传学研究[D]. 毕潇潇.中国海洋大学 2013
[2]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[3]长吻鮠越冬的生理生化适应[D]. 梁友光.华中农业大学 2005
本文编号：3105199
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