红耳龟（Trachemys scripta elegans）在慢性盐度胁迫下的转录组分析
发布时间：2021-04-02 13:27
红耳龟（Trachemys scripta elegans）属于半水栖龟类,它以其性成熟早、繁殖力强、食性杂、生存耐受力强、对食物和生存空间占有力强等生物学特性入侵,影响入侵地生物多样性和生态系统平衡,被世界自然保护联盟（IUCN）列为全球100种最危险的外来物种之一。现如今,红耳龟已经在除南极洲以外的世界范围内成功入侵,并且在我国大部分地区也发现了红耳龟的野生种群。野外调查和室内养殖试验均表明红耳龟具有一定的耐盐性,可以在半咸水中生存。目前对红耳龟响应盐度胁迫的生理调节机制有一定的了解,但有关红耳龟响应盐度胁迫的分子机制研究尚属空白。本研究通过转录组和生理指标的测量从而分析获得与渗透调节相关的基因并了解红耳龟响应盐度胁迫的分子调控网络,为后续红耳龟盐度胁迫的研究提供分子生物学依据,并为红耳龟入侵机理的深入研究提供参考。本研究选用2龄红耳龟（体重:466.39±69.61g）购于海口市东山镇泓旺龟类养殖场,暂养于海南师范大学龟类养殖室两周,待其适应环境后,分别饲养在盐度为5‰（盐度5组）、15‰（盐度15组）和对照组（等体积的自来水）的水泥池中进行8周的盐度胁迫实验,之后冰冻麻醉并解剖...
【文章来源】：海南师范大学海南省
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Agilent2100检测结果
序列中最长的 unigene 有 22,866bp，最短的含有 201bp(表 2-3，图 2-3)。表 2-3 组装结果统计表Table 2-3 Summary of de novo assembly resultsType unigene transcriptsTotal sequence num: 205138 244815Total sequence base: 127206404 185942194Percent GC: 46.09 46.65Largest: 22866 22866Smallest: 201 201Average: 620.1 759.52N50: 964 1535N90: 249 268
2.2.3 基因功能注释2.2.3.1 NR 注释将 205,138 个 unigenes 注释到 NCBI_NR 中，结果表明有 35,572 个 unigenes 获得相应注释。并且红耳龟转录本与 NR 数据库比对后，比对获得最多序列的前两个物种是锦龟（20,538 个 unigenes）和绿海龟（6,884 个 unigenes）。在这些序列中有497 个 unigenes 在 NCBI 中没有找到相应的注释，可能是这些基因的同源性太低或者是潜在的新基因，如图 2-4 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]电压门控型钾通道在肿瘤中的研究进展[J]. 刘琼瑶,聂敏海. 临床口腔医学杂志. 2016(12)
[2]肝脏17-α羟化酶在糖异生中的作用及机制研究[J]. 赵洁洁,李小英. 诊断学理论与实践. 2016(04)
[3]盐度胁迫对花鲈幼鱼肠道抗氧化和非特异性免疫能力的影响[J]. 王海亮,温海深,张晓燕. 现代农业科技. 2016(04)
[4]盐度对点篮子鱼血清渗透压、离子含量及鳃丝Na+/K+-ATP酶活力的影响[J]. 章龙珍,罗集光,赵峰,张涛,宋超,王妤. 海洋渔业. 2015(05)
[5]低盐度胁迫对鲻鱼（Mugil cephalus）幼鱼鳃丝、肌肉、肠Na+-K+-ATP酶活性和MDA含量的影响[J]. 吴庆元,蒋玫,李磊,牛俊翔,沈新强. 生态与农村环境学报. 2014(04)
[6]Effect of Salinity on the Survival, Ions and Urea Modulation in Red-eared Slider（Trachemys scripta elegans）[J]. Meiling HONG,Ke ZHANG,Chaohua SHU,Di XIE,Haitao SHI. Asian Herpetological Research. 2014(02)
[7]精氨酸琥珀酸合酶的研究进展[J]. 黄祝. 生理科学进展. 2014(01)
[8]盐度变化对多鳞四指马（鱼友）幼鱼鳃丝Na+/K+-ATP酶及肝脏抗氧化酶活性的影响[J]. 张琴星,张涛,侯俊利,杨刚,杨阳,黄晓荣,刘鉴毅,章龙珍. 海洋渔业. 2013(03)
[9]盐度对花鳗鲡（Anguilla marmorata）和太平洋双色鳗鲡（A. bicolor pacifica）幼鳗鳃丝及肾脏Na+/K+-ATP酶活力的影响[J]. 罗鸣钟,关瑞章,靳恒. 海洋与湖沼. 2013(03)
[10]盐度胁迫对红耳龟生长与血液生化指标的影响[J]. 舒超华,张珂,洪美玲,谢迪,刘启超,史海涛. 四川动物. 2012(06)
博士论文
[1]SIK1在糖尿病肾病大鼠肾小球早期病变中的作用及机制研究[D]. 余杰.华中科技大学 2013
[2]感病草鱼脾脏的比较转录组分析[D]. 许宝红.湖南农业大学 2012
[3]调控NK细胞杀伤肿瘤细胞免疫新分子的发现和机制研究[D]. 龚玖瑜.第四军医大学 2012
[4]谷氨酰胺合成酶GlnA及其转录调节因子GlnR对2型猪链球菌致病力影响的研究[D]. 司有辉.华中农业大学 2009
[5]猪肌肉碱性氨基酸和葡萄糖转运载体cDNA克隆及mRNA表达调控的研究[D]. 冯定远.南京农业大学 2009
硕士论文
[1]基于转录组测序技术的大银鱼胚胎盐胁迫适应分子机理研究[D]. 宋慧.山西农业大学 2014
[2]低盐胁迫对鲻鱼（Mugil cephalus）幼鱼生理生化的影响[D]. 吴庆元.上海海洋大学 2014
[3]牙鲆抗寒相关基因的差异表达谱及SNP筛选研究[D]. 胡金伟.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
[4]红耳龟（Trachemys scripta elegans）在海南南渡江半咸水区域的生态适应性研究[D]. 杨江波.海南师范大学 2014
[5]红耳龟（Trachemys scripta elegans）对环境盐度的耐受性及生理适应机制[D]. 张珂.海南师范大学 2014
[6]海南万泉河红耳龟（Trachemys scripta elegans）野外繁殖研究[D]. 李闯.海南师范大学 2013
[7]SIK1在糖尿病大鼠肾组织的表达及二甲双胍和贞清方的干预作用[D]. 徐文光.华中科技大学 2012
[8]精氨酸对细毛羊肠道蛋白质合成、氨基酸转运蛋白mRNA表达及肠道健康的影响[D]. 赵宏丽.内蒙古农业大学 2012
本文编号：3115353
【文章来源】：海南师范大学海南省
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Agilent2100检测结果
序列中最长的 unigene 有 22,866bp，最短的含有 201bp(表 2-3，图 2-3)。表 2-3 组装结果统计表Table 2-3 Summary of de novo assembly resultsType unigene transcriptsTotal sequence num: 205138 244815Total sequence base: 127206404 185942194Percent GC: 46.09 46.65Largest: 22866 22866Smallest: 201 201Average: 620.1 759.52N50: 964 1535N90: 249 268
2.2.3 基因功能注释2.2.3.1 NR 注释将 205,138 个 unigenes 注释到 NCBI_NR 中，结果表明有 35,572 个 unigenes 获得相应注释。并且红耳龟转录本与 NR 数据库比对后，比对获得最多序列的前两个物种是锦龟（20,538 个 unigenes）和绿海龟（6,884 个 unigenes）。在这些序列中有497 个 unigenes 在 NCBI 中没有找到相应的注释，可能是这些基因的同源性太低或者是潜在的新基因，如图 2-4 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]电压门控型钾通道在肿瘤中的研究进展[J]. 刘琼瑶,聂敏海. 临床口腔医学杂志. 2016(12)
[2]肝脏17-α羟化酶在糖异生中的作用及机制研究[J]. 赵洁洁,李小英. 诊断学理论与实践. 2016(04)
[3]盐度胁迫对花鲈幼鱼肠道抗氧化和非特异性免疫能力的影响[J]. 王海亮,温海深,张晓燕. 现代农业科技. 2016(04)
[4]盐度对点篮子鱼血清渗透压、离子含量及鳃丝Na+/K+-ATP酶活力的影响[J]. 章龙珍,罗集光,赵峰,张涛,宋超,王妤. 海洋渔业. 2015(05)
[5]低盐度胁迫对鲻鱼（Mugil cephalus）幼鱼鳃丝、肌肉、肠Na+-K+-ATP酶活性和MDA含量的影响[J]. 吴庆元,蒋玫,李磊,牛俊翔,沈新强. 生态与农村环境学报. 2014(04)
[6]Effect of Salinity on the Survival, Ions and Urea Modulation in Red-eared Slider（Trachemys scripta elegans）[J]. Meiling HONG,Ke ZHANG,Chaohua SHU,Di XIE,Haitao SHI. Asian Herpetological Research. 2014(02)
[7]精氨酸琥珀酸合酶的研究进展[J]. 黄祝. 生理科学进展. 2014(01)
[8]盐度变化对多鳞四指马（鱼友）幼鱼鳃丝Na+/K+-ATP酶及肝脏抗氧化酶活性的影响[J]. 张琴星,张涛,侯俊利,杨刚,杨阳,黄晓荣,刘鉴毅,章龙珍. 海洋渔业. 2013(03)
[9]盐度对花鳗鲡（Anguilla marmorata）和太平洋双色鳗鲡（A. bicolor pacifica）幼鳗鳃丝及肾脏Na+/K+-ATP酶活力的影响[J]. 罗鸣钟,关瑞章,靳恒. 海洋与湖沼. 2013(03)
[10]盐度胁迫对红耳龟生长与血液生化指标的影响[J]. 舒超华,张珂,洪美玲,谢迪,刘启超,史海涛. 四川动物. 2012(06)
博士论文
[1]SIK1在糖尿病肾病大鼠肾小球早期病变中的作用及机制研究[D]. 余杰.华中科技大学 2013
[2]感病草鱼脾脏的比较转录组分析[D]. 许宝红.湖南农业大学 2012
[3]调控NK细胞杀伤肿瘤细胞免疫新分子的发现和机制研究[D]. 龚玖瑜.第四军医大学 2012
[4]谷氨酰胺合成酶GlnA及其转录调节因子GlnR对2型猪链球菌致病力影响的研究[D]. 司有辉.华中农业大学 2009
[5]猪肌肉碱性氨基酸和葡萄糖转运载体cDNA克隆及mRNA表达调控的研究[D]. 冯定远.南京农业大学 2009
硕士论文
[1]基于转录组测序技术的大银鱼胚胎盐胁迫适应分子机理研究[D]. 宋慧.山西农业大学 2014
[2]低盐胁迫对鲻鱼（Mugil cephalus）幼鱼生理生化的影响[D]. 吴庆元.上海海洋大学 2014
[3]牙鲆抗寒相关基因的差异表达谱及SNP筛选研究[D]. 胡金伟.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
[4]红耳龟（Trachemys scripta elegans）在海南南渡江半咸水区域的生态适应性研究[D]. 杨江波.海南师范大学 2014
[5]红耳龟（Trachemys scripta elegans）对环境盐度的耐受性及生理适应机制[D]. 张珂.海南师范大学 2014
[6]海南万泉河红耳龟（Trachemys scripta elegans）野外繁殖研究[D]. 李闯.海南师范大学 2013
[7]SIK1在糖尿病大鼠肾组织的表达及二甲双胍和贞清方的干预作用[D]. 徐文光.华中科技大学 2012
[8]精氨酸对细毛羊肠道蛋白质合成、氨基酸转运蛋白mRNA表达及肠道健康的影响[D]. 赵宏丽.内蒙古农业大学 2012
本文编号：3115353
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