基于高通量测序技术分析虾贝混养池塘环境中微生物多样性
发布时间：2021-04-13 07:02
近年来,随着水产养殖业的迅速发展,多品种混合养殖逐渐成为一种新兴的养殖模式,其能够改善长期单品种、高密度养殖带来的水质恶化、生长缓慢和病害多发等问题。微生物与水质管理、饲料营养、病害防控等方面密切相关,在混养生态系统中发挥非常重要的作用。本研究采集“虾贝混养”池塘中深泥（底泥表层以下20cm）、浅泥（底泥表层）、牡蛎、对虾、浮游生物和水体共6种组分,利用16S和18S通用引物扩增样品中原核和真核微生物,构建PCR文库,进行高通量测序,并对测序得到的原始数据进行生物信息学分析。为了研究混养环境中微生物多样性,本研究采用了多种分析工具和方法,得到结果如下:1、凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）和香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）体内真核微生物研究方法的建立——用于抑制对虾和牡蛎18S rDNA序列特异性扩增的探针（blocking primer）的开发:针对对虾设计的阻断探针（X-BP2-DPO）是一条可靠、简便、高效的用于抑制对虾和牡蛎宿主18S rDNA序列扩增的修饰引物序列。X-BP2-DPO对于对虾宿主18S rDNA基因扩增抑制率高...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
（A—E）多物种 18S rDNA 序列比对
图 2-3 不同浓度的针对对虾宿主的阻断探针对于对虾（A）、真核微生物（B）、浮游动物（C）序列扩增的抑制效果。分别用浓度为 0.4 μM、0.8 μM、1.6 μM 的 6 种阻断探针扩增对虾样品（3 个不同的对虾样品）。抑制效果较好的探针用红色矩形标记。Fig. 2-3 Inhibitory effects of blocking primers at varying concentrations against shrimp sequenceamplification (A), eukaryotic microorganisms (B), zooplankton (C) templates. Samples wereamplified with six different blocking primers at concentrations of 0.4 μM, 0.8 μM, and 1.6 μM.
图 2-4 不同浓度的针对对虾宿主的阻断探针对于牡蛎序列扩增的抑制效果。Fig. 2-4 Inhibitory effects of the blocking primers against shrimp on oyster DNAamplification atvarious concentrations.
本文编号：3134851
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
（A—E）多物种 18S rDNA 序列比对
图 2-3 不同浓度的针对对虾宿主的阻断探针对于对虾（A）、真核微生物（B）、浮游动物（C）序列扩增的抑制效果。分别用浓度为 0.4 μM、0.8 μM、1.6 μM 的 6 种阻断探针扩增对虾样品（3 个不同的对虾样品）。抑制效果较好的探针用红色矩形标记。Fig. 2-3 Inhibitory effects of blocking primers at varying concentrations against shrimp sequenceamplification (A), eukaryotic microorganisms (B), zooplankton (C) templates. Samples wereamplified with six different blocking primers at concentrations of 0.4 μM, 0.8 μM, and 1.6 μM.
图 2-4 不同浓度的针对对虾宿主的阻断探针对于牡蛎序列扩增的抑制效果。Fig. 2-4 Inhibitory effects of the blocking primers against shrimp on oyster DNAamplification atvarious concentrations.
本文编号：3134851
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3134851.html
