铁钉菜（Ishige okamurae）转录组分析

发布时间：2021-04-21 16:02

　　铁钉菜是铁钉菜属（Ishige）的代表物种。铁钉菜能够适应复杂多变的潮间带生境，能够在极度失水胁迫下保持一定的细胞活性，因此铁钉菜被认为是潮间带褐藻中耐受严酷干燥与日晒的典型物种，表现出较强的环境适应性。其抗干露、渗透压变化等众多环境胁迫的机制机理，已引发科研人员的广泛关注与探索。但是，与抗逆相关的众多基因、通路尚处于未知状态。本论文通过Illumina HiSeq2000平台对铁钉菜进行高通量转录组测序，共获得12,548,489条原始序列，总长达2,258,728,020bp，平均读长为180bp，GC含量为52.19%。拼接之后，共获得78,583条scaffolds，平均读长为613bp，N50值为1709。通过nr注释，设定阈值为10-5，共得到25,357个unigenes。通过COG注释，共得到14,623个有功能匹配的unigenes，分布于25个COG的条目中。通过KEGG通路分析，共有4,184个unigenes注释到294条通路上。其中，有1,562个unigenes注释到“代谢（Metabolism）”相关的通路中；849个unigenes注释到“遗传信息处理（... 

【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：101 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1 铁钉菜概述
        1.1 铁钉菜的生物学特性
        1.2 铁钉菜的研究现状
    2 转录组学研究概述
        2.1 转录组学研究的基本方法及分析流程
        2.2 褐藻转录组研究现状
    3 比较基因组学研究概述
    4 本研究的目的和意义
第二章 铁钉菜转录组测序及分析
    1 实验材料与主要试剂
        1.1 实验材料
        1.2 主要试剂及配制方法
        1.3 主要软件
    2 实验方法
        2.1 RNA 提取及质量检测
        2.2 文库的构建及测序
        2.3 测序数据的处理
        2.4 测序数据的分析
    3 结果与讨论
        3.1 RNA 提取结果分析
        3.2 测序原始数据的基本分析
        3.3 铁钉菜转录组基因注释分析
    4 本章小结
第三章 铁钉菜转录组的比较基因组学研究
    1 研究方法
    2 结果与讨论
        2.1 基于比较基因组学的铁钉菜转录组结构学分析
        2.2 基于比较基因组学的铁钉菜转录组功能学分析
    3 本章小结
第四章 结论与展望
参考文献
致谢
个人简历
发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]Comparative analysis on transcriptome sequencings of six Sargassum species in China[J]. WANG Guoliang,SUN Jing,LIU Guiming,WANG Liang,YU Jun,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,GUO Haiyan,WANG Xumin,WU Shuangxiu.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[2]Transcriptome sequencing of essential marine brown and red algal species in China and its significance in algal biology and phylogeny[J]. WU Shuangxiu,SUN Jing,CHI Shan,WANG Liang,WANG Xumin,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,LIU Tao,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[3]Analysis of Saccharina japonica transcriptome using the high-throughput DNA sequencing technique and its vanadium-dependent haloperoxidase gene[J]. LIANG Xiayuan,WANG Xumin,CHI Shan,WU Shuangxiu,SUN Jing,LIU Cui,CHEN Shengping,YU Jun,LIU Tao.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[4]Transcriptome-wide evolutionary analysis on essential brown algae（Phaeophyceae）in China[J]. SUN Jing,WANG Liang,WU Shuangxiu,WANG Xumin,XIAO Jingfa,CHI Shan,LIU Cui,REN Lufeng,ZHAO Yuhui,LIU Tao,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[5]Origin and evolution of alginate-c5-mannuronan-epimerase gene based on transcriptomic analysis of brown algae[J]. WANG Ren,WANG Xumin,ZHANG Yalan,YU Jun,LIU Tao,CHEN Shengping,CHI Shan.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[6]Tryptophan synthase of Phaeophyceae originated from the secondary host nucleus[J]. ZHANG Yalan,CHI Shan,WU Shuangxiu,LIU Cui,YU Jun,WANG Xumin,CHEN Shengping,LIU Tao.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[7]Endogenous viral elements in algal genomes[J]. WANG Liang,WU Shuangxiu,LIU Tao,SUN Jing,CHI Shan,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,WANG Xumin,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[8]De novo sequencing and comparative analysis of three red algal species of Family Solieriaceae to discover putative genes associated with carrageenan biosysthesis[J]. SONG Lipu,WU Shuangxiu,SUN Jing,WANG Liang,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,LI Xingang,YIN Jinlong,WANG Xumin,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[9]Phylogenomic analysis of transcriptomic sequences of mitochondria and chloroplasts of essential brown algae（Phaeophyceae）in China[J]. JIA Shangang,WANG Xumin,LI Tianyong,QIAN Hao,SUN Jing,WANG Liang,YU Jun,REN Lufeng,YIN Jinlong,LIU Tao,WU Shuangxiu.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[10]Comparative analysis of four essential Gracilariaceae species in China based on whole transcriptomic sequencing[J]. XU Jiayue,SUN Jing,YIN Jinlong,WANG Liang,WANG Xumin,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,REN Lufeng,WU Shuangxiu,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)

博士论文
[1]叶托马尾藻、铁钉菜和蓝斑背肛海兔的生物活性成分研究[D]. 汤海峰.沈阳药科大学 2001



本文编号：3152061