短蛸幼体对鳗弧菌感染应答的关键免疫基因挖掘

发布时间：2021-04-24 04:03

　　短蛸（Octopus ocellatus）营养价值丰富,蛋白含量高,具有一定的药用价值,深受广大消费者喜爱,因此已成为我国北部沿海最重要的经济种之一。但由于短蛸的苗种供应不稳定、抗逆性较差、以及养殖成活率较低,因此目前市面上的多数短蛸还是依靠海捕获得。短蛸在养殖过程中容易出现细菌性疾病,尤其是弧菌属引起的疾病。鳗弧菌（Vibrio anguillarum）是水产养殖业危害最严重的鱼贝类病原菌之一,能引起世界范围内的多种淡海水养殖动物感染弧菌病,严重危害水产养殖业。因此,为改善短蛸的现有养殖模式,提高短蛸的种质质量及成活率,增强短蛸对环境的抗逆性,本研究中,我们从整体上挖掘和鉴定与免疫系统相关的基因,分析其在免疫过程中的表达规律,探讨其在免疫应答中发挥的作用,研究机体对外来病原微生物的应答机理,深入了解机体免疫应答过程中的具体机制,并筛选抗病基因,无论对水产养殖产业还是疾病防控,都具有十分重要的意义。本研究选取短蛸幼体为实验材料,通过其对鳗弧菌感染应答的RNA-Seq分析和关键免疫应答基因的挖掘,对机体对该病原体的免疫应答机制有更深入地了解与认识,也为贝类乃至海洋无脊椎动物对鳗弧菌的感染... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
引言
第一章 文献综述
    1.1 头足类养殖及其病害
    1.2 鳗弧菌致病特点
    1.3 头足类免疫学
        1.3.1 头足类免疫系统组成
        1.3.2 细胞免疫
        1.3.3 体液免疫
            1.3.3.1 凝集素
            1.3.3.2 抗菌肽
            1.3.3.3 溶酶体酶
            1.3.3.4 酚氧化酶
    1.4 RNA-Seq技术及其在贝类免疫中的应用
        1.4.1 RNA-Seq概述
        1.4.2 转录组测序技术在贝类免疫中的应用
    1.5 蛋白互作网络
    1.6 本研究的创新性和意义
第二章 短蛸幼体在鳗弧菌刺激前后的RNA-Seq分析
    前言
    1 实验材料
    2 实验方法
        2.1 鳗弧菌感染短蛸幼体及实验分组
        2.2 短蛸幼体RNA的提取
        2.3 Total RNA纯化
        2.4 Total RNA的反转录
        2.5 mRNA的纯化
        2.6 转录组文库构建
        2.7 cDNA的纯化
        2.8 双链cDNA3’末端加A尾
        2.9 双链cDNA测序接头添加
        2.10 再次纯化cDNA
        2.11 对再纯化的cDNA进行PCR扩增
        2.12 纯化PCR产物
        2.13 cDNA文库质检
        2.14 文库测序
    3 RNA-Seq数据分析
        3.1 Raw reads预处理
        3.2 差异基因表达分析
        3.3 DEGs的 GO富集分析
        3.4 DEGs的 KEGG信号通路富集分析
        3.5 DEGs蛋白互作网络构建
        3.6 qRT-PCR验证分析
    4 实验结果
        4.1 短蛸幼体Total RNA的样品检测
        4.2 RNA-Seq测序数据质量评估
        4.3 差异表达基因韦恩图分析
        4.4 差异基因火山图分析
        4.5 差异基因的热图分析
        4.6 GO注释和基因功能富集分析
        4.7 KEGG富集分析
        4.8 免疫相关蛋白互作网络构建和分析
        4.9 qRT-PCR验证
    5 讨论
        5.1 短蛸幼体免疫应答过程中的关键基因和信号通路的功能分析
            （1）ATG家族
            （2）CalM基因
            （3）CREB3L1 基因
            （4）GCLM基因
            （5）cGMP-PKG信号通路分析
            （6）趋化因子信号通路
            （7）Rap1信号通路
            （8）其它关键免疫基因和信号通路
        5.2 小结
第三章 结论
参考文献
致谢
发表的论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]Rap1的生物学功能与调控的研究进展[J]. 翁元峰,杨志彪.  生物化工. 2018(05)
[2]肝癌相关基因表达谱分析及TOP2A表达的临床意义[J]. 朱千东,何其宽,周青青,余正平,钱海鑫.  肝胆胰外科杂志. 2018(05)
[3]海洋头足类人工养殖产业浅析[J]. 崔春辉,王兴强,曹梅,陈百尧,伏光辉,孙苗苗,李永.  安徽农学通报. 2018(11)
[4]中国经济头足类增养殖现状及展望[J]. 宋旻鹏,汪金海,郑小东.  海洋科学. 2018(03)
[5]青蛤（Cyclina sinensis）AP-1基因的克隆及在鳗弧菌（Vibrio anguillarum）侵染下的表达分析[J]. 丁丹,潘宝平,王玉梅,侯梓园,闫春财.  海洋与湖沼. 2018(01)
[6]转录组学测序技术应用与市场分析[J]. 王跃,毛开云,王恒哲,马征远.  生物产业技术. 2017(05)
[7]虎斑乌贼人工繁育技术[J]. 刘苏,杨宇晴,黄国光,张海发,黄培卫,黄锦雄.  海洋与渔业. 2017(08)
[8]中华绒螯蟹免疫蛋白互作网络提取及分析[J]. 王彬,宁黔冀,王倩,彭玮,郝彤,孙金生.  天津师范大学学报(自然科学版). 2017(04)
[9]高通量测序技术及其在贝类转录组研究中的应用[J]. 刘敏,叶晟,杨凤,吴立新.  安徽农业科学. 2017(07)
[10]两种弧菌对菲律宾蛤仔代谢途径影响的比较研究[J]. 刘小莉,侯承宗,来涌凯,高军,李洁,尚秋爽,龙静,邓小玉,邱文彬,孙虎山.  水产科学. 2017(02)

博士论文
[1]缢蛏肝胰脏cDNA文库构建和免疫相关基因的克隆与表达研究[D]. 冯冰冰.上海海洋大学 2011
[2]文蛤弧菌病的病原分析、免疫应答及抗性选育研究[D]. 岳欣.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2011

硕士论文
[1]短蛸人工繁育过程中的基础生物学研究[D]. 董根.中国海洋大学 2014
[2]青蛤（Cyclina sinensis）转录组文库测序及免疫相关序列分析[D]. 赵婷.天津师范大学 2014



本文编号：3156637