基于RNA-seq的热应激条件下虹鳟肝脏和头肾转录组分析
发布时间：2021-06-05 22:36
鱼类作为生活在水体环境中的变温动物,其代谢活动、生长发育、生理状况等都受到水温变化的影响。鱼类经常遭受日常或季节性的温度变化,虽然它们可以通过生理可塑性或微进化来应对一定范围内的温度变化,但当这种改变超出它们的耐受能力时会导致严重的疾病甚至死亡。随着全球变暖的不断加剧,大部分地区平均水温均在上升,这对半开放式水产养殖,特别是冷水鱼养殖是不可避免的挑战。由于鱼类在生态和经济上的重要性,它们的生理反应和热可塑性已成为当前应激研究的热点。虹鳟是世界范围内重要的养殖经济鱼类,该物种对夏季高温的耐受力十分有限,常导致大面积的减产或死亡,成为研究鱼类热应激反应的极好模型。对虹鳟热应激反应分子机制的了解,可为培育耐高温虹鳟新品系提供理论依据和基因资源,也有助于优化虹鳟养殖场的现场管理。然而,虹鳟热应激反应分子机制目前仍不清楚。肝脏和头肾是鱼类重要的热应激反应调控器官,本研究以虹鳟全同胞家系的雌鱼作为实验材料,取热激组（24℃）与对照组（18℃）各3尾鱼的两个组织（肝脏和头肾）用Hi Seq 4000?测序平台进行转录组测序及生物信息学分析。主要结果如下:1.通过测序并对测序得到的原始数据（raw r...
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
HSP70家族的分子伴侣功能模型
转位来激活它的转录活性，然后通过磷酸化和 HSPs 的负反馈调节它的活性从而促进 HSP70 的快速合成。图 1-2 是热激信号通路 Ca2+-CaM-HSF1-HSP70 传导机制示意图，热应激时，Ca2+浓度上升激活 CaM 激酶活性及 CaM 自身酶结合活性并作用于下游的两种靶蛋白，通过 2 条信号转导支路提高 HSF1 转录活性，进而调节 HSP70 的表达，使机体获得耐热性。
RNA-seq流程图
【参考文献】：
期刊论文
[1]温度变化对鱼类行为影响的研究进展[J]. 吕为群,袁明哲. 上海海洋大学学报. 2017(06)
[2]慢性热应激对虹鳟部分血清非特异性免疫指标的影响[J]. 夏斌鹏,刘哲,周彦静,王永杰,黄进强,李永娟,康玉军,王建福,刘晓霞. 农业生物技术学报. 2017(07)
[3]小分子热休克蛋白的结构与功能[J]. 李艳,张国强,邵东燕,师俊玲,黄庆生,杨慧,李琦,靳明亮. 生命科学. 2017(01)
[4]热应激对齐口裂腹鱼非特异性免疫功能及细胞凋亡的影响[J]. 黄正澜懿,陈世静,张争世,向梦斌,罗辉,叶华. 水生生物学报. 2016(06)
[5]鱼类应激生物学研究进展[J]. 孔淑碧,江德中,祖学勤,靳涛. 现代农业科技. 2015(16)
[6]急性热应激对西伯利亚鲟HSP70 mRNA表达、血清皮质醇和非特异性免疫的影响[J]. 田照辉,徐绍刚,王巍,胡红霞,马国庆. 水生生物学报. 2013(02)
[7]草鱼hsp70和hsp90对温度急性变化的响应[J]. 周鑫,董云伟,王芳,董双林. 水产学报. 2013(02)
[8]急性温度应激对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）幼鱼生化指标和肝脏HSP70 mRNA表达的影响[J]. 强俊,杨弘,王辉,徐跑,何杰. 海洋与湖沼. 2012(05)
[9]低温胁迫对罗非鱼生理生化指标的影响[J]. 黄姻,唐章生,林勇,陈忠,杨慧赞,张永德,彭婷,张妍. 水产科技情报. 2012(04)
[10]温度和病原菌感染对大黄鱼热激蛋白90基因表达的影响[J]. 林天势,薛良义,孙爱飞,朱艺峰. 中国细胞生物学学报. 2012(06)
博士论文
[1]高温应激与大黄蒽醌提取物对团头鲂生理反应及相关应激蛋白表达的影响[D]. 刘波.南京农业大学 2012
硕士论文
[1]热应激过程中虹鳟热休克蛋白基因HSP40和HSP90β mRNA表达变化[D]. 李珍.甘肃农业大学 2016
[2]热应激对虹鳟免疫指标及热休克蛋白基因HSP47 mRNA表达的影响[D]. 王艳妮.甘肃农业大学 2016
[3]低温胁迫对黄姑鱼生理生化指标和Hsp70基因表达模式的影响[D]. 罗胜玉.浙江海洋大学 2016
[4]温度刺激和鳗弧菌感染对牙鲆Hsp90基因表达的影响[D]. 生安志.扬州大学 2015
[5]低温胁迫对奥尼罗非鱼的生长、肌肉组成和血液生理生化指标的影响[D]. 贾明亮.广东海洋大学 2010
[6]不同温度条件下鲤鱼摄食节律与呼吸代谢的研究[D]. 陈松波.东北农业大学 2004
本文编号：3213047
【文章来源】：甘肃农业大学甘肃省
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
HSP70家族的分子伴侣功能模型
转位来激活它的转录活性，然后通过磷酸化和 HSPs 的负反馈调节它的活性从而促进 HSP70 的快速合成。图 1-2 是热激信号通路 Ca2+-CaM-HSF1-HSP70 传导机制示意图，热应激时，Ca2+浓度上升激活 CaM 激酶活性及 CaM 自身酶结合活性并作用于下游的两种靶蛋白，通过 2 条信号转导支路提高 HSF1 转录活性，进而调节 HSP70 的表达，使机体获得耐热性。
RNA-seq流程图
【参考文献】：
期刊论文
[1]温度变化对鱼类行为影响的研究进展[J]. 吕为群,袁明哲. 上海海洋大学学报. 2017(06)
[2]慢性热应激对虹鳟部分血清非特异性免疫指标的影响[J]. 夏斌鹏,刘哲,周彦静,王永杰,黄进强,李永娟,康玉军,王建福,刘晓霞. 农业生物技术学报. 2017(07)
[3]小分子热休克蛋白的结构与功能[J]. 李艳,张国强,邵东燕,师俊玲,黄庆生,杨慧,李琦,靳明亮. 生命科学. 2017(01)
[4]热应激对齐口裂腹鱼非特异性免疫功能及细胞凋亡的影响[J]. 黄正澜懿,陈世静,张争世,向梦斌,罗辉,叶华. 水生生物学报. 2016(06)
[5]鱼类应激生物学研究进展[J]. 孔淑碧,江德中,祖学勤,靳涛. 现代农业科技. 2015(16)
[6]急性热应激对西伯利亚鲟HSP70 mRNA表达、血清皮质醇和非特异性免疫的影响[J]. 田照辉,徐绍刚,王巍,胡红霞,马国庆. 水生生物学报. 2013(02)
[7]草鱼hsp70和hsp90对温度急性变化的响应[J]. 周鑫,董云伟,王芳,董双林. 水产学报. 2013(02)
[8]急性温度应激对吉富品系尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）幼鱼生化指标和肝脏HSP70 mRNA表达的影响[J]. 强俊,杨弘,王辉,徐跑,何杰. 海洋与湖沼. 2012(05)
[9]低温胁迫对罗非鱼生理生化指标的影响[J]. 黄姻,唐章生,林勇,陈忠,杨慧赞,张永德,彭婷,张妍. 水产科技情报. 2012(04)
[10]温度和病原菌感染对大黄鱼热激蛋白90基因表达的影响[J]. 林天势,薛良义,孙爱飞,朱艺峰. 中国细胞生物学学报. 2012(06)
博士论文
[1]高温应激与大黄蒽醌提取物对团头鲂生理反应及相关应激蛋白表达的影响[D]. 刘波.南京农业大学 2012
硕士论文
[1]热应激过程中虹鳟热休克蛋白基因HSP40和HSP90β mRNA表达变化[D]. 李珍.甘肃农业大学 2016
[2]热应激对虹鳟免疫指标及热休克蛋白基因HSP47 mRNA表达的影响[D]. 王艳妮.甘肃农业大学 2016
[3]低温胁迫对黄姑鱼生理生化指标和Hsp70基因表达模式的影响[D]. 罗胜玉.浙江海洋大学 2016
[4]温度刺激和鳗弧菌感染对牙鲆Hsp90基因表达的影响[D]. 生安志.扬州大学 2015
[5]低温胁迫对奥尼罗非鱼的生长、肌肉组成和血液生理生化指标的影响[D]. 贾明亮.广东海洋大学 2010
[6]不同温度条件下鲤鱼摄食节律与呼吸代谢的研究[D]. 陈松波.东北农业大学 2004
本文编号：3213047
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