基于PCR-DGGE技术的不同饲喂模式下草鱼肠道菌群多样性分析
发布时间：2021-06-06 03:20
本论文使用PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术对不同饲喂模式下草鱼肠道菌群结构进行了研究。主要通过提取不同饲喂模式下的草鱼肠壁和肠道内容物、池塘水样和底泥中微生物的总DNA,并根据微生物16S rDNA基因的V3保守区设计带GC夹的引物对总DNA进行PCR扩增,扩增产物纯化后使用DGGE进行分离,对DGGE图谱中的清晰可辨条带进行切胶回收、克隆测序,对测序序列进行同源性分析并建立系统发育树。对不同饲喂模式下草鱼肠道内、水样和底泥的微生物进行DGGE指纹图谱的多样性分析,并用Quantity One软件进行UPGMA聚类分析。从DGGE图谱中回收的优势菌的22个克隆在与NCBI数据库中微生物的BLAST比对中发现所有克隆同源性在89%-100%之间,其中有3个克隆的同源性为100%,未知菌含量占饲喂牧草草鱼肠道优势菌群落的44.4%。研究的主要结果如下：1、对22条克隆测序后进行系统进化分析,结果显示,这22条条带分别归属于5个细菌类群：厚壁菌门（Firmicutes）、变形细菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobact...
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 鱼类肠道菌群的研究现状与进展
1.1.1 鱼类肠道菌群的数量及其组成
1.1.2 肠道菌群的作用
1.1.3 影响鱼类肠道菌群的因素
1.2 肠道微生物多样性的研究方法
1.2.1 传统方法在肠道微生物多样性研究中的应用
1.2.2 分子生物学方法在肠道微生物多样性研究中的应用
1.3 PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)
1.3.1 变性梯度凝胶电泳技术简介
1.3.2 变性梯度凝胶电泳技术基本原理
1.3.3 PCR-DGGE在菌群多样性研究中的应用
1.3.4 PCR-DGGE技术的优缺点与对策
1.4 本研究的立题背景及研究意义
第二章 不同饲喂模式下草鱼肠道菌群的PCR-DGGE分析
2.1 材料
2.1.1 饲喂模式与实验动物
2.1.2 主要仪器设备
2.2 方法
2.2.1 肠道样品的制备
2.2.1.1 肠道内容物的采集
2.2.1.2 肠道壁的采集
2.2.1.3 水样与底泥的采集
2.2.2 样品总DNA的提取
2.2.2.1 肠道细菌总DNA的提取
2.2.2.2 水样细菌总DNA的提取
2.2.2.3 底泥细菌总DNA的提取
2.2.3 细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.2.4 DNA片段的纯化
2.2.5 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
2.2.5.1 DGGE分析中所用到的试剂配方
2.2.5.2 DGGE分析的实验步骤
2.2.6 优势条带的回收
2.2.7 优势条带的克隆与测序
2.2.7.1 优势条带DNA的PCR扩增
2.2.7.2 优势条带的克隆与测序
2.2.8 数据分析
2.2.9 构建系统发育树
2.3 结果与分析
2.3.1 微生物总DNA的提取
2.3.1.1 肠道细菌总DNA的提取
2.3.1.2 水样及底泥细菌总DNA的提取
2.3.2 细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.2.1 肠道细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.2.2 水样及底泥细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.3 DGGE指纹图谱及肠道菌群群落差异
2.3.4 优势条带的克隆、测序及系统发育分析
2.4 讨论
2.4.1 PCR-DGGE技术可有效的研究肠道微生物区系
2.4.2 不同饲喂模式下草鱼肠道菌群结构的PCR-DGGE分析
2.4.3 水样和底泥微生物与草鱼肠道菌群的关系
2.4.4 投喂牧草可提高草鱼肠道菌的多样性
2.4.5 饲喂牧草的草鱼体内含分解消化纤维素的细菌
结论
参考文献
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲喂模式对草鱼的生长性能和免疫器官的影响[J]. 谭情,王荣华,肖光明,肖克宇,钟蕾,文祝友,于喆,江为民,刘统. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(06)
[2]PCR—DGGE法分析婴儿肠道菌群多样性[J]. 费鹏,白洪健,程述震,曹飞扬,郭鸰,姜亦超,苑秀娟,江岩. 食品与机械. 2013(02)
[3]不同饲草对草鱼生长和品质的影响[J]. 陈丽婷,肖光明,王晓清,王璐明,胡毅,秦溱. 科学养鱼. 2012(10)
[4]摄食不同饵料草鱼肠道菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分子鉴定[J]. 郁二蒙,毕香梅,谢骏,王广军,余德光,龚望宝,王海英,李志斐. 生物技术通报. 2012(09)
[5]主养草鱼池塘三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE比较[J]. 王琴,熊邦喜,朱玉婷,施培松,余育和. 农业生物技术学报. 2012(03)
[6]DGGE技术及其在食品微生物研究中应用[J]. 岑璐伽,唐善虎,郝小倩,李雪. 粮食与油脂. 2012(01)
[7]应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性[J]. 马悦欣,王颖,杨凤,闫喜武,霍忠明. 大连海洋大学学报. 2011(03)
[8]变性梯度凝胶电泳在微生物生态学中的应用[J]. 李德斌,杨洪一,卢磊. 生物技术通报. 2010(12)
[9]黄颡鱼肠道及养殖水体中菌群的分析[J]. 周金敏,吴志新,曾令兵,王树云,毕鹏,陈孝煊. 华中农业大学学报. 2010(05)
[10]PCR-DGGE分析技术在环境科学研究中的应用[J]. 金明兰,尹军. 吉林建筑工程学院学报. 2010(05)
硕士论文
[1]草鱼早期发育阶段细菌群落的研究[D]. 祝东梅.华中农业大学 2008
[2]草鱼肠道优势菌种的分离、鉴定及对纤维素降解的初步研究[D]. 吕欣荣.湖南农业大学 2008
[3]产纤维素酶兼性厌氧芽孢杆菌的分离筛选及在动物生产上的初步应用[D]. 吴敏峰.四川农业大学 2007
本文编号：3213492
【文章来源】：湖南农业大学湖南省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 鱼类肠道菌群的研究现状与进展
1.1.1 鱼类肠道菌群的数量及其组成
1.1.2 肠道菌群的作用
1.1.3 影响鱼类肠道菌群的因素
1.2 肠道微生物多样性的研究方法
1.2.1 传统方法在肠道微生物多样性研究中的应用
1.2.2 分子生物学方法在肠道微生物多样性研究中的应用
1.3 PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)
1.3.1 变性梯度凝胶电泳技术简介
1.3.2 变性梯度凝胶电泳技术基本原理
1.3.3 PCR-DGGE在菌群多样性研究中的应用
1.3.4 PCR-DGGE技术的优缺点与对策
1.4 本研究的立题背景及研究意义
第二章 不同饲喂模式下草鱼肠道菌群的PCR-DGGE分析
2.1 材料
2.1.1 饲喂模式与实验动物
2.1.2 主要仪器设备
2.2 方法
2.2.1 肠道样品的制备
2.2.1.1 肠道内容物的采集
2.2.1.2 肠道壁的采集
2.2.1.3 水样与底泥的采集
2.2.2 样品总DNA的提取
2.2.2.1 肠道细菌总DNA的提取
2.2.2.2 水样细菌总DNA的提取
2.2.2.3 底泥细菌总DNA的提取
2.2.3 细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.2.4 DNA片段的纯化
2.2.5 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
2.2.5.1 DGGE分析中所用到的试剂配方
2.2.5.2 DGGE分析的实验步骤
2.2.6 优势条带的回收
2.2.7 优势条带的克隆与测序
2.2.7.1 优势条带DNA的PCR扩增
2.2.7.2 优势条带的克隆与测序
2.2.8 数据分析
2.2.9 构建系统发育树
2.3 结果与分析
2.3.1 微生物总DNA的提取
2.3.1.1 肠道细菌总DNA的提取
2.3.1.2 水样及底泥细菌总DNA的提取
2.3.2 细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.2.1 肠道细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.2.2 水样及底泥细菌16S rDNA-V3片段的PCR扩增
2.3.3 DGGE指纹图谱及肠道菌群群落差异
2.3.4 优势条带的克隆、测序及系统发育分析
2.4 讨论
2.4.1 PCR-DGGE技术可有效的研究肠道微生物区系
2.4.2 不同饲喂模式下草鱼肠道菌群结构的PCR-DGGE分析
2.4.3 水样和底泥微生物与草鱼肠道菌群的关系
2.4.4 投喂牧草可提高草鱼肠道菌的多样性
2.4.5 饲喂牧草的草鱼体内含分解消化纤维素的细菌
结论
参考文献
致谢
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲喂模式对草鱼的生长性能和免疫器官的影响[J]. 谭情,王荣华,肖光明,肖克宇,钟蕾,文祝友,于喆,江为民,刘统. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2013(06)
[2]PCR—DGGE法分析婴儿肠道菌群多样性[J]. 费鹏,白洪健,程述震,曹飞扬,郭鸰,姜亦超,苑秀娟,江岩. 食品与机械. 2013(02)
[3]不同饲草对草鱼生长和品质的影响[J]. 陈丽婷,肖光明,王晓清,王璐明,胡毅,秦溱. 科学养鱼. 2012(10)
[4]摄食不同饵料草鱼肠道菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分子鉴定[J]. 郁二蒙,毕香梅,谢骏,王广军,余德光,龚望宝,王海英,李志斐. 生物技术通报. 2012(09)
[5]主养草鱼池塘三种混养模式下鱼类肠道菌群PCR-DGGE比较[J]. 王琴,熊邦喜,朱玉婷,施培松,余育和. 农业生物技术学报. 2012(03)
[6]DGGE技术及其在食品微生物研究中应用[J]. 岑璐伽,唐善虎,郝小倩,李雪. 粮食与油脂. 2012(01)
[7]应用PCR-DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性[J]. 马悦欣,王颖,杨凤,闫喜武,霍忠明. 大连海洋大学学报. 2011(03)
[8]变性梯度凝胶电泳在微生物生态学中的应用[J]. 李德斌,杨洪一,卢磊. 生物技术通报. 2010(12)
[9]黄颡鱼肠道及养殖水体中菌群的分析[J]. 周金敏,吴志新,曾令兵,王树云,毕鹏,陈孝煊. 华中农业大学学报. 2010(05)
[10]PCR-DGGE分析技术在环境科学研究中的应用[J]. 金明兰,尹军. 吉林建筑工程学院学报. 2010(05)
硕士论文
[1]草鱼早期发育阶段细菌群落的研究[D]. 祝东梅.华中农业大学 2008
[2]草鱼肠道优势菌种的分离、鉴定及对纤维素降解的初步研究[D]. 吕欣荣.湖南农业大学 2008
[3]产纤维素酶兼性厌氧芽孢杆菌的分离筛选及在动物生产上的初步应用[D]. 吴敏峰.四川农业大学 2007
本文编号：3213492
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