凡纳滨对虾系统发生地位及适应性进化分析
发布时间：2021-06-06 07:20
甲壳动物是节肢动物门下仅次于六足亚门包含物种最丰富的一类物种，凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）则隶属于甲壳亚门的十足目，是目前海水虾类中产量最高的单一海水经济养殖物种。目前，大量的研究工作都主要集中在水产养殖、病害防治和遗传育种等方面，对于对虾的系统发生问题以及进化过程中的各种生物学问题却少有研究。随着二代测序技术的不断发展，各种虾类的基因组和转录组数据也不断释放，这为我们对对虾的系统发生学和进化生物学问题的研究提供了有力的数据支持。本研究论文基于海量基因组和转录组数据，对凡纳滨对虾在节肢动物门下的系统发生和分化时间，以及在甲壳动物亚门下的系统发生进行了深入分析，并对凡纳滨对虾进化过程中的适应性进化进行的深入研究。论文包括以下三个部分：1.凡纳滨对虾的系统发生地位研究我们从九种节肢动物的全基因序列中挑选出了19,982个基因家族，并从中找到了85个单拷贝基因用于节肢动物的系统发生分析。我们构建了一棵非常保守的系统发生树，修正了传统分子系统发生树之间产生的争议，说明这85个单拷贝基因可以作为很好的分子标记用于节肢动物系统发生分析。通过对分化时间的估计发现，甲壳动物的...
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)山东省
【文章页数】：173 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
006年四种对虾在中国产量分布
图 1.2 十足目物种系统发生树(Heather D. Bracken,Alicia Toon et al. 2009)*Fig. 1.2 Phylogenetic trees of Decapoda* (A-C) 基于形态相似性；（D,E）基于形态支序分析；（F-J）基于分子系统发生学分析不仅如此，对虾属的亚属间的系统发生关系也存在广泛的争议。在 1997 年出版的《枝鳃虾类科属一世界对虾总科和樱虾总科虾类》专著中(Farfante an
图 2.1 节肢动物门系统发生树及基因家族扩增与缺失数目Fig. 2.1 Phylogeny of Arthropoda and the gene gain and gene lose statistical2.3.3基因家族扩增与缺失基因家族的扩增和缺失的情况会直接影响到一个物种在漫长的进化历史上的进化方向。从图 2.1 上我们可以看出，从节肢动物的祖先到蛛形纲的分化并没有发生多少基因家族的扩增（11 个）和缺失（2 个），说明了蛛形纲在节肢动物门内进化时期较早（约 5.05 亿年前）。而蛛形纲发生基因家族扩增和缺失的情况是在蛛形纲祖先形成之后，图 2.1 中显示蜘蛛和蜱虫之间在很早以前就发生了分化，而且从蛛形纲的祖先节点到两个物种的进化过程中产生了大量的基因家族的扩增和缺失。从昆虫纲和甲壳动物的祖先节点到这两个单系群体的分化并未发生多少基因家族的扩增（分别为 26 和 196 个），反而是发生了大量的基因家族的缺失（祖先节点到昆虫纲缺失 11,388 个基因家族，而到甲壳动物则缺失了 3,164 个
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属（Penaeus）物种系统发生关系[J]. 刘帅,李墨非,叶嘉,王亚,王春琳. 生物学杂志. 2012(05)
[2]凡纳滨对虾养殖池塘水温预测模型研究[J]. 岑伯明,胡洲,陈汉春. 宁波大学学报(理工版). 2012(01)
[3]分子系统发育分析的生物信息学方法[J]. 张树波,赖剑煌. 计算机科学. 2010(08)
[4]KaKsCalculator:Calculating Ka and Ks Through Model Selection and Model Averaging[J]. Gane Ka-Shu Wong. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2006(04)
[5]Feature Selection for the Prediction of Translation Initiation Sites[J]. Guo-Liang Li* and Tze-Yun Leong Medical Computing Laboratory, School of Computing, National University of Singapore, Singapore 117543.. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2005(02)
[6]南美白对虾的病害及防治研究现状[J]. 沈文英,阳会军,尹军霞. 水利渔业. 2004(01)
[7]EFFECTS OF TEMPERATURE AND DISSOLVED OXYGEN CONTENT ONOXYGEN CONSUMPTION RATE OF CHINESE PRAWN, GIANT TIGER PRAWN AND GIANT FRESHWATER PRAWN[J]. 戴习林,臧维玲,王为东,施永海,刘文翠,徐桂荣,李士华. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 1999(02)
[8]适应性进化与物种形成[J]. 刘培生. 化石. 1995(02)
本文编号：3213888
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)山东省
【文章页数】：173 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
006年四种对虾在中国产量分布
图 1.2 十足目物种系统发生树(Heather D. Bracken,Alicia Toon et al. 2009)*Fig. 1.2 Phylogenetic trees of Decapoda* (A-C) 基于形态相似性；（D,E）基于形态支序分析；（F-J）基于分子系统发生学分析不仅如此，对虾属的亚属间的系统发生关系也存在广泛的争议。在 1997 年出版的《枝鳃虾类科属一世界对虾总科和樱虾总科虾类》专著中(Farfante an
图 2.1 节肢动物门系统发生树及基因家族扩增与缺失数目Fig. 2.1 Phylogeny of Arthropoda and the gene gain and gene lose statistical2.3.3基因家族扩增与缺失基因家族的扩增和缺失的情况会直接影响到一个物种在漫长的进化历史上的进化方向。从图 2.1 上我们可以看出，从节肢动物的祖先到蛛形纲的分化并没有发生多少基因家族的扩增（11 个）和缺失（2 个），说明了蛛形纲在节肢动物门内进化时期较早（约 5.05 亿年前）。而蛛形纲发生基因家族扩增和缺失的情况是在蛛形纲祖先形成之后，图 2.1 中显示蜘蛛和蜱虫之间在很早以前就发生了分化，而且从蛛形纲的祖先节点到两个物种的进化过程中产生了大量的基因家族的扩增和缺失。从昆虫纲和甲壳动物的祖先节点到这两个单系群体的分化并未发生多少基因家族的扩增（分别为 26 和 196 个），反而是发生了大量的基因家族的缺失（祖先节点到昆虫纲缺失 11,388 个基因家族，而到甲壳动物则缺失了 3,164 个
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属（Penaeus）物种系统发生关系[J]. 刘帅,李墨非,叶嘉,王亚,王春琳. 生物学杂志. 2012(05)
[2]凡纳滨对虾养殖池塘水温预测模型研究[J]. 岑伯明,胡洲,陈汉春. 宁波大学学报(理工版). 2012(01)
[3]分子系统发育分析的生物信息学方法[J]. 张树波,赖剑煌. 计算机科学. 2010(08)
[4]KaKsCalculator:Calculating Ka and Ks Through Model Selection and Model Averaging[J]. Gane Ka-Shu Wong. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2006(04)
[5]Feature Selection for the Prediction of Translation Initiation Sites[J]. Guo-Liang Li* and Tze-Yun Leong Medical Computing Laboratory, School of Computing, National University of Singapore, Singapore 117543.. Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2005(02)
[6]南美白对虾的病害及防治研究现状[J]. 沈文英,阳会军,尹军霞. 水利渔业. 2004(01)
[7]EFFECTS OF TEMPERATURE AND DISSOLVED OXYGEN CONTENT ONOXYGEN CONSUMPTION RATE OF CHINESE PRAWN, GIANT TIGER PRAWN AND GIANT FRESHWATER PRAWN[J]. 戴习林,臧维玲,王为东,施永海,刘文翠,徐桂荣,李士华. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 1999(02)
[8]适应性进化与物种形成[J]. 刘培生. 化石. 1995(02)
本文编号：3213888
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