贝类DNA条形码的筛

发布时间：2021-06-27 17:20

　　贝类种类繁多,分布范围广泛,栖息环境多种多样,外部的形态结构以及生理解剖特点可以作为其分类的依据。然而,由于环境的变化,这些外部的分类特征具有极大的可塑性,这就给传统的利用形态特征对贝类进行分类鉴定带来了诸多困难。DNA条形码技术（DNA barcoding）是利用分子生物学技术对物种进行分类的方法,主要是通过PCR扩增和测序获得一段标准同源序列,再将该序列进行多重序列比对和聚类分析,从而将某一个物种准确地归为某一特定类群中的分类鉴定技术。虽然关于COI、12S、16S、18S和28S等基因作为DNA条形码的研究已有很多,但对条形码数据分析总结的研究依然很少,本研究挑选了具有代表性的新腹足目、帘蛤目、贻贝目和珍珠贝目的种类进行条形码数据分析,从而使实现条形码标准基因的筛选验证,以便应用。首先,通过对新腹足目、帘蛤目、贻贝目、和珍珠贝目的COI、16S、18S和28S基因部分序列的分析,进行DNA条形码标准基因的筛选。基于COI基因的序列分析发现,科间差异在基本集中在30%-70%之间,属间差异集中在20%-50%之间,种内差异集中在0.0%-7.5%之间,说明COI基因可以区到不同科、... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：92 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 引言
    1 DNA条形码技术
        1.1 DNA条形码的概念、原理
        1.2 DNA条形码的标准
        1.3 DNA条形码的优势
        1.4 DNA条形码的分析流程
        1.5 DNA条形码的分析方法
        1.6 DNA条形码在海洋生物中的应用
            1.6.1 DNA条形码在鱼类中的应用
            1.6.3 DNA条形码在贝类中的应用
    2 分子系统发育学
        2.1 分子系统发育学的研究方法
        2.2 核苷酸序列的比对和系统进化树的构建
第二章 贝类DNA条形码标准基因的筛选
    1 研究内容
    2 方法
    3 结果与分析
        3.1 COI作为贝类DNA条形码标准基因的分析
            3.1.1 新腹足目的种间差异和种内差异
                3.1.1.1 新腹足目的科间间差异
                3.1.1.4 骨螺科的种内差异
            3.1.2 帘蛤目的种间差异和种内差异
                3.1.2.1 帘蛤目各科间COI基因条形码差异
                3.1.2.2 帘蛤目各科属间COI基因条形码差异
                3.1.2.3 帘蛤科文蛤属内COI基因条形码差异
                3.1.2.3 帘蛤科的种内差异
                3.1.3.2 珍珠贝目的种内差异
            3.1.4 贻贝目的种间差异和种内差异
                3.1.4.1 贻贝目的种间差异
                3.1.4.2 贻贝目的种内差异
            3.1.5 总结
        3.2 16S作为贝类DNA条形码标准基因的分析
            3.2.1 帘蛤目的种间差异和种内差异
                3.2.1.1 帘蛤目的科间差异
                3.2.1.3 文蛤属内差异
                3.2.1.4 帘蛤科的种内差异
            3.2.2 贻贝目的种间差异和种内差异
                3.2.2.1 贻贝科的属间差异
                3.2.2.2 贻贝科的种内差异
            3.2.3 珍珠贝目的种间差异和种内差异
                3.2.3.1 珍珠贝目的种间差异
                3.2.3.2 珍珠贝目的种内差异
            3.2.4 新腹足目的种间差异和种内差异
                3.2.4.1 新腹足目的科间差异
                3.2.4.2 新腹足目各科属间差异
                3.2.4.3 骨螺科的属内差异
                3.2.4.4 骨螺科的种内差异
            3.2.5 总结
        3.3 18S作为贝类DNA条形码标准基因的分析
            3.3.1 帘蛤目的种间差异和种内差异
                3.3.1.1 帘蛤目的科间差异
                3.3.1.2 帘蛤目各科的属间差异
                3.3.1.3 帘蛤目的种内差异
            3.3.2 珍珠贝目的种间差异和种内差异
                3.3.2.1 珍珠贝目的种间差异
                3.3.2.2 珍珠贝目的种内差异
            3.3.3 贻贝目的种间差异和种内差异
                3.3.3.1 贻贝目的种间差异
                3.3.3.2 贻贝目的种内差异
            3.3.4 新腹足目的种间差异和种内差异
                3.3.4.1 新腹足目的科间差异
                3.3.4.2 新腹足目各科的属间差异
                3.3.4.3 新腹足目的种内差异
            3.3.5 总结
        3.4 28S作为贝类DNA条形码标准基因的分析
            3.4.1 帘蛤目的种间差异和种内差异
                3.4.1.1 帘蛤目的科间差异
                3.4.1.2 帘蛤目各科的属间差异
                3.4.1.3 帘蛤科的种内差异
            3.4.2 贻贝目的种间差异和种内差异
                3.4.2.1 贻贝科的属间差异
                3.4.2.2 贻贝科的种内差异
            3.4.3 珍珠贝目的种间差异和种内差异
                3.4.3.1 珍珠贝目的种间差异
                3.4.3.2 珍珠贝目的种内差异
            3.4.4 新腹足目的种间差异和种内差异
                3.4.4.1 新腹足目的科间差异
                3.4.4.2 新腹足目各科的属间差异
                3.4.4.3 骨螺科的种内差异
            3.4.5 总结
    4 讨论
第三章 贝类COI和 16S基因部分序列及系统分类分析
    1 研究内容
    2 实验材料与方法
        2.1 实验材料
        2.2 DNA提取与PCR扩增
        2.3 测序和数据处理
    3 实验结果与分析
        3.1 COI基因部分序列的分析
        3.2 16S 基因部分序列的分析
    4 讨论
第四章 魁蚶不同地理群体的遗传多样性及种群结构
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 基因组DNA提取和PCR扩增
        1.3 测序和数据处理
    2 结果与分析
        2.1 COI、12S、18S和 28S序列的碱基组成及变异分析
        2.2 遗传多样性分析
    3 讨论
        3.1 魁蚶五个群体的遗传多样性
        3.2 基于COI、12S、18S和 28S序列特征进行群体鉴定和遗传多样性分析的可行性
参考文献
作者简介
硕士期间成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体COI序列探讨安徽长江流域黄鳝群体遗传分化[J]. 胡玉婷,江河,潘庭双,凌俊,段国庆.  东北农业大学学报. 2016(02)
[2]基于线粒体COI基因的毛蚶群体遗传多样性[J]. 田吉腾,侯丫,刘志鸿,杨爱国,吴彪,周丽青,董春光.  海洋科学. 2016(01)
[3]利用微卫星标记的魁蚶混交家系鉴定[J]. 孙楠,李琪,于红,孔令锋.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2015(09)
[4]采用DNA条形码技术对厦门海域鱼卵、仔稚鱼种类的鉴定[J]. 周美玉,陈骁,杨圣云.  海洋环境科学. 2015(01)
[5]基于COⅠ基因的西南大西洋部分经济鱼类DNA条形码鉴定[J]. 张馨月,刘岩,张秀梅,高天翔.  水生生物学报. 2014(06)
[6]海南珠母贝属Pinctada6个种的分类鉴定[J]. 温海洋,石耀华,顾志峰,战欣,王爱民.  热带生物学报. 2014(01)
[7]国内动物DNA条形码研究进展评述[J]. 姚雪楠,刘越,薛堃,冯晓晓,张水仙,马徐,李军德.  中国农业科技导报. 2013(06)
[8]魁蚶4个地理群体遗传多样性微卫星分析[J]. 田吉腾,刘志鸿,杨爱国,吴彪,周丽青.  渔业科学进展. 2013(06)
[9]浙江沿海斑尾刺虾虎鱼的DNA条形码[J]. 顾翠平,高鹏,陈永久.  浙江海洋学院学报(自然科学版). 2013(06)
[10]中国帘蛤目16种经济贝类DNA条形码及分子系统发育的研究[J]. 王琳楠,闫喜武,秦艳杰,聂鸿涛,牛泓博,张国范.  大连海洋大学学报. 2013(05)

博士论文
[1]珍珠贝亚目和蚶目DNA条形码与系统发生学研究[D]. 冯艳微.中国海洋大学 2012

硕士论文
[1]中国近海蚶总科（Arcoidea）贝类的系统发育及泥蚶（Tegillarca granosa）不同群体遗传多样性研究[D]. 刘春芳.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2014
[2]中国沿海头足类DNA条形码与分子系统发育研究[D]. 代丽娜.中国海洋大学 2012
[3]围胸总目、短尾次目（甲壳动物亚门）DNA条形码研究[D]. 原帅.山西师范大学 2012



本文编号：3253272