基于RAD测序技术的单环刺螠（Urechis unicinctus）微卫星标记的开发及5个地理群体遗传结构分析

发布时间：2021-07-03 22:28

　　单环刺螠（Urechis unicinctus）是一种在我国黄、渤海海区新兴的海水养殖经济物种,其肉味鲜美,营养丰富,具有极其巨大的经济价值。但随着过度捕捞以及环境破坏,单环刺螠资源已经呈现衰退趋势,单环刺螠市场价格也不断攀升。人工养殖以及有计划的增殖放流迫在眉睫。虽然在山东地区人工育苗已经有所突破,但其地理种群遗传分析与遗传结构差异方面的研究还未曾报道,而发展的日趋成熟的微卫星标记辅助育种技术为水产养殖品种的人工良种选育以及快速繁育工作提供了可行而有效的工具。本研究基于RAD（restriction association site DNA）高通量测序法短时间获得大量单环刺螠微卫星序列,经过层层筛选,最终开发出22对高多态性微卫星标记。进而利用这些微卫星标记对黄渤海海区5个野生地理群体（山东省烟台市YT、山东省潍坊市WF、山东省青岛市QD、河北省秦皇岛市QHD、辽宁省大连市DL）进行群体遗传结构的分析和评估。1.单环刺螠微卫星标记的开发首先,利用改良后的酚—氯仿—异戊醇抽提法提取高质量的单环刺螠DNA,进而进行以Illumina HiSeq2500平台的单环刺螠RAD文库的构建,再对... 

【文章来源】：上海海洋大学上海市

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
引言
    1 单环刺螠概述
        1.1 单环刺螠生物特征及其经济价值
        1.2 单环刺螠的研究现状分析
    2 微卫星标记概述
        2.1 微卫星标记的特点
        2.2 微卫星DNA的组成及功能
        2.3 微卫星序列分离方法
        2.4 微卫星标记检测
        2.5 微卫星标记在海洋经济动物中的应用
            2.5.1 检测种群的遗传多样性
            2.5.2 群体遗传结构分析
            2.5.3 个体识别和亲缘关系鉴定
            2.5.4 基因的定位研究(QTL)
            2.5.5 遗传图谱构建
    3 RAD测序概述
        3.1 RAD测序技术特点
        3.2 RAD测序技术流程
        3.3 RAD测序技术的应用实例
    4 研究的目的和意义
第一章 基于单环刺螠基因组RAD测序获得微卫星序列
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 样品来源
            1.1.2 主要耗材和试剂
            1.1.3 实验仪器设备
        1.2 实验方法
            1.2.1 单环刺螠基因组DNA的提取
            1.2.2 酚—氯仿—异戊醇抽提法
            1.2.3 试剂盒法
            1.2.4 Chelex100法
            1.2.5 RAD测序
    2 实验结果
        2.1 单环刺螠基因组DNA的检测以及纯化
        2.2 单环刺螠RAD测序结果
        2.3 测序质量分布检查
        2.4 测序错误率分布检查
        2.5 GC含量分布检查
        2.6 原始测序数据组成
        2.7 RAD—Tag捕获率统计
        2.8 聚类结果统计
        2.9 组装结果统计及评估
        2.10 微卫星序列检测结果
    3 讨论
        3.1 单环刺螠基因组DNA提取优化
        3.2 利用RAD测序获取微卫星标记序列
第二章 单环刺螠微卫星标记的筛选及评价
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 实验样品
            1.1.2 实验试剂和仪器
        1.2 实验方法
            1.2.1 微卫星序列引物设计
            1.2.2 引物的初选
            1.2.3 引物的优化
            1.2.4 数据统计及评估
    2 实验结果
        2.1 微卫星标记的筛选
        2.2 多态性微卫星标记评价
    3 讨论
第三章 单环刺螠5个地理群体遗传结构分析
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
            1.1.1 实验样品
            1.1.2 实验试剂和仪器
        1.2 实验方法
            1.2.1 PCR扩增反应
            1.2.2 数据统计
    2 实验结果
        2.1 22 个微卫星标记在5个群体多态性分析
        2.2 群体遗传结构分析
    3 讨论
小结
参考文献
已完成的文章
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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[4]利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异[J]. 李宏俊,张晶晶,袁秀堂,张安国,柳圭泽,邵魁双,王立俊.  生态学报. 2016(02)
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博士论文
[1]单环刺螠硫化物应激数字基因表达谱分析及硫双加氧酶功能研究[D]. 张立涛.中国海洋大学 2014
[2]半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建及染色体定位的初步研究[D]. 姜黎明.中国海洋大学 2013
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硕士论文
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[2]单环刺螠纤溶酶的重组表达及活性研究[D]. 孙雪燕.中国海洋大学 2015
[3]利用RAD-seq测序构建美洲黑杨×小叶杨高密度遗传连锁图谱[D]. 王莹.南京林业大学 2014
[4]单环刺螠血红蛋白F-I全长cDNA序列克隆、原核表达及抗菌活性研究[D]. 陈翔.华侨大学 2014
[5]合浦珠母贝选育群体与家系的遗传多样性及其与生长表现的相关性分析[D]. 许成帅.上海海洋大学 2013
[6]刺参微卫星亲子鉴定应用及高温胁迫下表观遗传调控探讨[D]. 李雪燕.上海海洋大学 2014
[7]四种石首鱼科鱼类SSR标记的筛选及群体遗传多样性分析[D]. 孙典巧.浙江海洋学院 2012
[8]中国蛤蜊群体遗传结构与蛤蜊科贝类系统发育研究[D]. 倪乐海.中国海洋大学 2011
[9]刺参（Apostichopus japonicus）微卫星标记的筛选及群体分析[D]. 孙孝德.上海海洋大学 2011



本文编号：3263472