草鱼呼肠孤病毒起源的环状RNA circ-S 7 （-）654-1292、circ-S 5 （-）1088-1360的功
发布时间：2021-07-16 10:58
Circ RNA（circular RNA）是近些年研究的热点,它是一种依靠共价键结合的闭合环状分子,与普通的线性RNA相比,circ RNA对RNA外切酶或RNase R更具有抵抗性,更加稳定。circ RNA能够通过与mi RNA、蛋白结合、调控基因转录、编码蛋白等途径发挥作用。随着高通量测序技术的发展和进步,越来越多的circ RNA在古细菌、真菌、植物、动物、人体中被发现,最近还发现γ疱疹病毒、乙肝病毒也可以编码circ RNA。草鱼呼肠孤病毒（Grass carp reovirus,GCRV）是草鱼出血病的病原体,以往有关GCRV的研究主要集中在病毒编码的蛋白基因、病毒与宿主互作等方面,目前没有关于GCRV circ RNAs的报道。1、基于高通量测序技术对GCRV编码的circ RNAs研究为了探讨GCRV形成circ RNAs的潜力,对感染GCRV-873株的CIK细胞进行了circ RNA测序,将测序结果与GCRV基因组序列比对,得到了32种来源于GCRV的circ RNAs,其中31条是来源于GCRV基因组ds RNA的反义链。用Web Logo3软件对circ RN...
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
circRNA的类型及形成方式[20]
第一章草鱼呼肠孤病毒起源的环状RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究4与EIF4A3相互作用的117,000个circRNA，也找到了带有85个AGO2结合位点被称为RBP超级海绵的hsa_circ_0024707[37]。1.3.4circRNA具有蛋白质编码潜力circRNA被归类为长非编码RNA，但最近的证据显示内源性circRNA与多核糖体存在一定关联，因此circRNA具有潜在的蛋白质编码能力[38,39,40]（图1-2）。来自成肌细胞的circZNF609存在于多聚核糖体中，并包含两个框内起始密码子，它们之间的间隔为150nt，它还带有一个5"保守的内部核糖体进入位点（IRES），因此通过帽子结构非依赖方式它能够产生两种相似强蛋白。使用特异性siRNA敲除circZNF609可减少人和小鼠成肌细胞系的增殖，证明circZNF609在肌细胞发生中发挥作用[38]。随后，通过对m6A模式进行分析，发现circZNF609的IRES高度甲基化[39]，这可能与其帽子结构非依赖翻译机制相关。在人类Hs68细胞系中，623个circRNA发生m6A甲基化，其中25个circRNA的翻译起始位点≥150nt。另一方面，发现250个circRNA与多核糖体相关，对应于约0.6circRNA/百万读段具有可翻译的编码潜能[40]。已证明约有72种人类circRNA可以表达circRNADb数据库中列出的蛋白质[41]。此外，果蝇，大鼠和小鼠的34–158个circRNA被发现与多核糖体相关，这些circRNA也可能被翻译成蛋白质[42]。但是，由于circRNA可能共享与其对应的线性RNA相同的编码序列，因此很难鉴定蛋白的真正来源。而且，核糖体的文库建设困难，用于鉴定circRNA编码肽的工具有限。到目前为止，尚未从植物中检测到编码蛋白质或肽的circRNA，还需要进行进一步的研究。图1-2circRNA的功能示意图[43]
草鱼呼肠孤病毒起源的环状RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究第二章23AF403397.1。2.2.6GCRVcircRNA-miRNA-mRNA调节网络构建GCRV感染草鱼后，鱼体内的miRNA可分为来源于宿主和来源于病毒两大类。其中病毒的miRNA从Vir-Mir数据库（http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi）[16,17]获得，宿主编码的miRNA来源于miRBase数据库（http://www.mirbase.org/）。利用TargetScan（http://www.targetscan.org/）软件和miRanda软件（http://www.microrna.org/microrna/home.do）构建[18]GCRVcircRNA-miRNA-mRNA调节网络，并用Cytoscape软件绘制互作网络图[19]。2.2.7GO和KEGG分析利用Metascape（http://metascape.org/）在线分析工具对基因进行GO和KEGG富集分析。3.结果3.1GCRV编码circRNAs丰度对GCRV感染的CIK细胞进行circRNA测序，测序得到的数据去除低质量序列后得到cleanreads，将其与GCRV基因组的进行比对，以寻找GCRV编码的circRNAs。通过对junctionreads进行计数，确定circRNA的种类和reads数。经过比对，共鉴定到32种病毒编码的候选circRNAs，共计112个reads。它们的丰度如图2-1所示，每种circRNA的reads数从2个到9个不等，其中数量最多的为GCRV-VcircRNA-32有9个。图2-1GCRV编码的circRNAs的种类及reads数Fig2-1ThetypesandjunctionreadsnumberofcircRNAsencodedbyGCRV
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鲢鳙鲤鲫罗非，粤鄂苏赣湘辽宁：六鱼争辉！中国淡水鱼养殖现状分析[J]. 刘敏,孙广文,王卓铎. 当代水产. 2019(12)
[2]草鱼出血病的综合防治[J]. 康正荣. 中兽医学杂志. 2018(06)
[3]草鱼呼肠病毒研究进展[J]. 李贤,曾伟伟,王庆,王英英,李莹莹,石存斌,吴淑勤. 动物医学进展. 2016(07)
[4]草鱼出血病病毒的生长特性及高滴价培养[J]. 方勤,柯丽华,蔡宜权. 病毒学杂志. 1989(03)
[5]草鱼出血病潜伏期和发展期的血液病理研究[J]. 朱心玲,贾丽珠,张明瑛. 水生生物学报. 1987(01)
博士论文
[1]HBV编码的circRNA的鉴定及功能研究[D]. 朱敏.苏州大学 2019
[2]基于全转录组水平的CIK细胞对GCRV感染的应答及GCRV的circRNAs研究[D]. 刘波.苏州大学 2018
本文编号：3286879
【文章来源】：苏州大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
circRNA的类型及形成方式[20]
第一章草鱼呼肠孤病毒起源的环状RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究4与EIF4A3相互作用的117,000个circRNA，也找到了带有85个AGO2结合位点被称为RBP超级海绵的hsa_circ_0024707[37]。1.3.4circRNA具有蛋白质编码潜力circRNA被归类为长非编码RNA，但最近的证据显示内源性circRNA与多核糖体存在一定关联，因此circRNA具有潜在的蛋白质编码能力[38,39,40]（图1-2）。来自成肌细胞的circZNF609存在于多聚核糖体中，并包含两个框内起始密码子，它们之间的间隔为150nt，它还带有一个5"保守的内部核糖体进入位点（IRES），因此通过帽子结构非依赖方式它能够产生两种相似强蛋白。使用特异性siRNA敲除circZNF609可减少人和小鼠成肌细胞系的增殖，证明circZNF609在肌细胞发生中发挥作用[38]。随后，通过对m6A模式进行分析，发现circZNF609的IRES高度甲基化[39]，这可能与其帽子结构非依赖翻译机制相关。在人类Hs68细胞系中，623个circRNA发生m6A甲基化，其中25个circRNA的翻译起始位点≥150nt。另一方面，发现250个circRNA与多核糖体相关，对应于约0.6circRNA/百万读段具有可翻译的编码潜能[40]。已证明约有72种人类circRNA可以表达circRNADb数据库中列出的蛋白质[41]。此外，果蝇，大鼠和小鼠的34–158个circRNA被发现与多核糖体相关，这些circRNA也可能被翻译成蛋白质[42]。但是，由于circRNA可能共享与其对应的线性RNA相同的编码序列，因此很难鉴定蛋白的真正来源。而且，核糖体的文库建设困难，用于鉴定circRNA编码肽的工具有限。到目前为止，尚未从植物中检测到编码蛋白质或肽的circRNA，还需要进行进一步的研究。图1-2circRNA的功能示意图[43]
草鱼呼肠孤病毒起源的环状RNAcirc-S7(-)654-1292、circ-S5(-)1088-1360的功能研究第二章23AF403397.1。2.2.6GCRVcircRNA-miRNA-mRNA调节网络构建GCRV感染草鱼后，鱼体内的miRNA可分为来源于宿主和来源于病毒两大类。其中病毒的miRNA从Vir-Mir数据库（http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi）[16,17]获得，宿主编码的miRNA来源于miRBase数据库（http://www.mirbase.org/）。利用TargetScan（http://www.targetscan.org/）软件和miRanda软件（http://www.microrna.org/microrna/home.do）构建[18]GCRVcircRNA-miRNA-mRNA调节网络，并用Cytoscape软件绘制互作网络图[19]。2.2.7GO和KEGG分析利用Metascape（http://metascape.org/）在线分析工具对基因进行GO和KEGG富集分析。3.结果3.1GCRV编码circRNAs丰度对GCRV感染的CIK细胞进行circRNA测序，测序得到的数据去除低质量序列后得到cleanreads，将其与GCRV基因组的进行比对，以寻找GCRV编码的circRNAs。通过对junctionreads进行计数，确定circRNA的种类和reads数。经过比对，共鉴定到32种病毒编码的候选circRNAs，共计112个reads。它们的丰度如图2-1所示，每种circRNA的reads数从2个到9个不等，其中数量最多的为GCRV-VcircRNA-32有9个。图2-1GCRV编码的circRNAs的种类及reads数Fig2-1ThetypesandjunctionreadsnumberofcircRNAsencodedbyGCRV
【参考文献】：
期刊论文
[1]草鲢鳙鲤鲫罗非，粤鄂苏赣湘辽宁：六鱼争辉！中国淡水鱼养殖现状分析[J]. 刘敏,孙广文,王卓铎. 当代水产. 2019(12)
[2]草鱼出血病的综合防治[J]. 康正荣. 中兽医学杂志. 2018(06)
[3]草鱼呼肠病毒研究进展[J]. 李贤,曾伟伟,王庆,王英英,李莹莹,石存斌,吴淑勤. 动物医学进展. 2016(07)
[4]草鱼出血病病毒的生长特性及高滴价培养[J]. 方勤,柯丽华,蔡宜权. 病毒学杂志. 1989(03)
[5]草鱼出血病潜伏期和发展期的血液病理研究[J]. 朱心玲,贾丽珠,张明瑛. 水生生物学报. 1987(01)
博士论文
[1]HBV编码的circRNA的鉴定及功能研究[D]. 朱敏.苏州大学 2019
[2]基于全转录组水平的CIK细胞对GCRV感染的应答及GCRV的circRNAs研究[D]. 刘波.苏州大学 2018
本文编号：3286879
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