白氏文昌鱼STATa和STATb基因的克
发布时间：2021-07-18 16:34
信号转导及转录激活蛋白（signal transducer and activator of transcription,STAT）是一类重要的转录因子,在生物体内发挥着多种生物学功能。截止到目前为止,关于文昌鱼STAT的相关研究还未见报道。因此,本论文以白氏文昌鱼（Branchiostoma belcheri）的STAT家族基因为研究对象,通过分子克隆、实时定量、Co-IP等分子生物学手段及生物信息学方法对白氏文昌鱼STAT家族基因的进化、功能及作用机制进行研究,得到了以下几个方面的结果:1.通过RT-PCR、RACE技术扩增了白氏文昌鱼STAT家族基因序列（将它们分别命名为AmphiSTATa和AmphiSTATb）,其中AmphiSTA Ta的cDNA全长为3901 bp,其中5’UTR片段大小为140 bp,ORF片段大小为273 bp,3’UTR片段大小为1022 bp;AmphiSTATb的cDNA全长为3878 bp,其中5’UTR片段大小为173 bp,ORF片段大小为2436 bp,3’UTR片段大小为1269 bp。2.序列保守性及结构分析显示:AmphiSTATa...
【文章来源】：南京师范大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
总RNA琼脂糖凝胶电泳条带Figure2.1AgarosegelelectrophoresisladderoftotalRNA
第二章白氏文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的克隆及生物信息学分析22隆片段也位于2000bp-3000bp之间（图2.2C，F）。我们将所得到的PCR片段分别连接到T-VectorpMD19（Simple）载体上后测序，将得到的所有测序结果去掉5"RACE和3"RACE的末端通用引物后，我们得到AmphiSTATa基因的中间PCR片段大小为2739bp（图2.2B）；AmphiSTATa基因的5"RACE克隆片段PCR产物大小为807bp（图2.2A）；AmphiSTATa基因的3"RACE克隆片段PCR产物大小为2075bp（图2.2C）；AmphiSTATb基因的中间PCR片段大小为2436bp（图2.2E）；AmphiSTATb基因的5"RACE克隆片段PCR产物大小为327bp（图2.2D）；AmphiSTATb基因的3"RACE克隆片段PCR产物大小为2471bp（图2.2F）。使用DNAMAN软件分别将每个基因的5"RACE片段、中间片段、3"RACE片段进行拼接后得到AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的全长（图2.3）。最终的拼接结果显示，AmphiSTATa基因的cDNA总长为3901bp，其中5’UTR片段大小为140bp，ORF片段大小为2739bp，3’UTR片段大小为1022bp（图2.3A），编码912aa；AmphiSTATb基因的cDNA总长为3878bp，其中5’UTR片段大小为173bp，ORF片段大小为2436bp，3’UTR片段大小为1269bp（图2.3B），编码811aa。图2.2AmphiSTATaandAmphiSTATb琼脂糖凝胶电泳条带Figure2.2AgarosegelelectrophoreticbandsofAmphiSTATaandAmphiSTATb
第二章白氏文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的克隆及生物信息学分析23图2.3AmphiSTATa和AmphiSTATbcDNA全长示意图。AmphiSTATacDNA全长（A）和AmphiSTATbcDNA全长（B）由5’UTR，ORF和3’UTR三部分组成。黑色线段代表UTR区域，方框代表ORF区域。Figure2.3TheAmphiSTATaandAmphiSTATbcDNAfull-lengthstructureschematicdiagram.TheAmphiSTATacDNAfull-length(A)andtheAmphiSTATbcDNAfull-length(B)werecomposedofthreeparts-the5’UTR,ORFand3’UTR.TheblacklineindicatedtheUTRregion.TheboxindicatedtheORFregion.2.3.3AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白序列分析通过蛋白序列分析显示，文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白均包含N-terminal结构域、STAT5Coiled-coil结构域、DNA结合结构域及SH2结构域。其中STAT5Coiled-coil结构域为STAT5亚家族特异的结构域，而我们的预测结果表明AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白所对应的结构域均为STAT5Coiled-coil结构域，因此我们确定AmphiSTATa和AmphiSTATb与STAT5亚家族同源性更高（图2.4）。图2.4AmphiSTATa、AmphiSTATb和STAT家族成员蛋白结构域示意图。Figure2.4TheproteindomainofAmphiSTATa,AmphiSTATbandotherSTATfamilymembers.2.3.4AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白序列同源性分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]转基因JAK3体外长期扩增T淋巴祖细胞的实验研究[J]. 赵声明,顾惜春,常乃柏,许晓东,彭明婷. 中华医学杂志. 2006(24)
本文编号：3289948
【文章来源】：南京师范大学江苏省 211工程院校
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
总RNA琼脂糖凝胶电泳条带Figure2.1AgarosegelelectrophoresisladderoftotalRNA
第二章白氏文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的克隆及生物信息学分析22隆片段也位于2000bp-3000bp之间（图2.2C，F）。我们将所得到的PCR片段分别连接到T-VectorpMD19（Simple）载体上后测序，将得到的所有测序结果去掉5"RACE和3"RACE的末端通用引物后，我们得到AmphiSTATa基因的中间PCR片段大小为2739bp（图2.2B）；AmphiSTATa基因的5"RACE克隆片段PCR产物大小为807bp（图2.2A）；AmphiSTATa基因的3"RACE克隆片段PCR产物大小为2075bp（图2.2C）；AmphiSTATb基因的中间PCR片段大小为2436bp（图2.2E）；AmphiSTATb基因的5"RACE克隆片段PCR产物大小为327bp（图2.2D）；AmphiSTATb基因的3"RACE克隆片段PCR产物大小为2471bp（图2.2F）。使用DNAMAN软件分别将每个基因的5"RACE片段、中间片段、3"RACE片段进行拼接后得到AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的全长（图2.3）。最终的拼接结果显示，AmphiSTATa基因的cDNA总长为3901bp，其中5’UTR片段大小为140bp，ORF片段大小为2739bp，3’UTR片段大小为1022bp（图2.3A），编码912aa；AmphiSTATb基因的cDNA总长为3878bp，其中5’UTR片段大小为173bp，ORF片段大小为2436bp，3’UTR片段大小为1269bp（图2.3B），编码811aa。图2.2AmphiSTATaandAmphiSTATb琼脂糖凝胶电泳条带Figure2.2AgarosegelelectrophoreticbandsofAmphiSTATaandAmphiSTATb
第二章白氏文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb基因的克隆及生物信息学分析23图2.3AmphiSTATa和AmphiSTATbcDNA全长示意图。AmphiSTATacDNA全长（A）和AmphiSTATbcDNA全长（B）由5’UTR，ORF和3’UTR三部分组成。黑色线段代表UTR区域，方框代表ORF区域。Figure2.3TheAmphiSTATaandAmphiSTATbcDNAfull-lengthstructureschematicdiagram.TheAmphiSTATacDNAfull-length(A)andtheAmphiSTATbcDNAfull-length(B)werecomposedofthreeparts-the5’UTR,ORFand3’UTR.TheblacklineindicatedtheUTRregion.TheboxindicatedtheORFregion.2.3.3AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白序列分析通过蛋白序列分析显示，文昌鱼AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白均包含N-terminal结构域、STAT5Coiled-coil结构域、DNA结合结构域及SH2结构域。其中STAT5Coiled-coil结构域为STAT5亚家族特异的结构域，而我们的预测结果表明AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白所对应的结构域均为STAT5Coiled-coil结构域，因此我们确定AmphiSTATa和AmphiSTATb与STAT5亚家族同源性更高（图2.4）。图2.4AmphiSTATa、AmphiSTATb和STAT家族成员蛋白结构域示意图。Figure2.4TheproteindomainofAmphiSTATa,AmphiSTATbandotherSTATfamilymembers.2.3.4AmphiSTATa和AmphiSTATb蛋白序列同源性分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]转基因JAK3体外长期扩增T淋巴祖细胞的实验研究[J]. 赵声明,顾惜春,常乃柏,许晓东,彭明婷. 中华医学杂志. 2006(24)
本文编号：3289948
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