感染GCRV草鱼和赤眼鳟miRNA的鉴定与分析

发布时间：2021-08-05 12:25

　　由草鱼呼肠孤病毒（Grass carp reo virus, GCRV）引发的草鱼出血病一直是制约草鱼养殖业可持续健康发展的一大难题。要解决这一难题,就必须从引发该病的分子遗传调控机理的研究入手,找到草鱼发病后鱼体自身的抗病机制。近年来,关于microRNA （miRNA）领域的研究受到广泛关注。大量研究证实miRNA与生物的生长、发育、代谢、疾病的发生、发展以及诊断治疗密切相关。本研究选择草鱼和与之同属的抗病力强的赤眼鳟为研究对象,对草鱼和赤眼鳟在正常和感染GCRV下,分别采集了草鱼和赤眼鳟的胸腺、头肾、中肾、鳃、肝脏、脾脏、肌肉7个组织的混合样本运用第二代miRNA高通量测序筛选品种间的差异表达的miRNA,并利用生物信息学分析手段对其进行靶基因的预测和富集性分析,找到差异表达的miRNA及其靶基因,以及基因之间的调控网络,揭示草鱼出血病miRNA的分子调控机制,为草鱼与赤眼鳟的抗病杂交育种提供理论依据。主要研究结果如下：1.草鱼和赤眼鳟miRNA Solexa测序构建了草鱼和赤眼鳟的小RNA文库。草鱼miRNA文库经测序得到可用于比对的序列（valid reads）共计8,834... 

【文章来源】：湖南农业大学湖南省

【文章页数】：112 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1 病毒性草鱼出血病研究进展
        1.1 病毒性草鱼出血病的病原与防治
            1.1.1 草鱼呼肠孤病毒(GCRV)
            1.1.2 GCRV的疫苗免疫
        1.2 GCRV的免疫途径和免疫相关基因
            1.2.1 鱼类的先天性免疫途径
            1.2.2 GCRV的受体基因
            1.2.3 GCRV的免疫相关基因
            1.2.4 GCRV的免疫相关信号通路
            1.2.5 GCRV对草鱼细胞凋亡的影响
    2 动物miRNA的研究进展
        2.1 miRNA的概念
        2.2 miRNA的作用机制
        2.3 小RNA的分类
        2.4 miRNA的检测与鉴定方法
        2.5 miRNA的研究进展
            2.5.1 miRNA的表达特征
            2.5.2 miRNA与疾病相关研究进展
            2.5.3 鱼类中已报道的miRNA
            2.5.4 miRNA的进化与保守性
        2.6 miRNA靶基因研究方法
    3 研究目的与意义
第二章 草鱼和赤眼鳟miRNA Solexa测序
    1 材料与方法
        1.1 材料
            1.1.1 实验动物
            1.1.2 攻毒实验的病毒
        1.2 方法
            1.2.1 人工攻毒
            1.2.2 试验样品采集
            1.2.3 总RNA的提取
            1.2.4 总RNA质量检测
            1.2.5 RNA混合样本的构建
            1.2.6 草鱼和赤眼鳟cDNA测序文库的构建
            1.2.7 测序文库质检所用仪器和试剂
            1.2.8 上机测序
            1.2.9 测序数据分析
            1.2.10 主要分析的数据库
            1.2.11 数据分析所用程序
    2 结果与分析
        2.1. miRNA测序数据
            2.1.1 测序数据总览
            2.1.2 Clean小RNA长度分布
        2.2 miRNA的检出与分类
    3 讨论
        3.1 实验样本的选择
        3.2 草鱼和赤眼鳟miRNA文库的构建及测序
第三章 草鱼和赤眼鳟miRNA的特征分析
    1 材料与方法
        1.1 材料
        1.2 方法
    2 结果与分析
        2.1 草鱼和赤眼鳟miRNA的共表达和差异表达结果
        2.2 差异基因表达水平的聚类分析
        2.3 miRNA成簇分析
        2.4 miRNA的进化分析和家族分析
        2.5 miRNA种子序列分析
    3 讨论
        3.1 草鱼和赤眼鳟miRNA的特征分析
        3.2 差异表达miRNA的成簇调控及进化分析
第四章 草鱼和赤眼鳟miRNA的验证、靶基因预测及通路分析
    1 材料与方法
        1.1 实验数据
        1.2 miRNA荧光定量PCR验证方法
            1.2.1 引物设计
            1.2.2 主要实验试剂
            1.2.3 主要实验仪器
            1.2.4 实验步骤
            1.2.5 数据分析方法
        1.3 miRNA靶基因预测方法
        1.4 生物信息数据分析
            1.4.1 GO分析
            1.4.2 KEGG分析
    2 结果与分析
        2.1 miRNA的qPCR验证
        2.2 靶基因预测
        2.3 KEGG分析
        2.4 GO富集分析
    3 讨论
        3.1. miRNA测序结果的可信度
        3.2. miRNA靶基因预测分析
        3.3 KEGG和GO富集分析
第五章 结论、创新点及研究展望
    1 结论
    2 特色与创新
    3 下一步研究展望
参考文献
附录
致谢
作者简介


【参考文献】：
期刊论文
[1]赤眼鳟Mx基因全长cDNA克隆及其经GCRV攻毒后的组织表达分析[J]. 彭慧珍,刘敏,刘巧林,肖调义,苏建明,许宝红,刘宇洁.  水生生物学报. 2014(06)
[2]大宗淡水鱼池塘循环水养殖技术研发进展[J]. 戈贤平.  科学养鱼. 2014(08)
[3]MicroRNA研究的基本方法及流程[J]. 张韶辉,魏广和,刘立新.  济宁医学院学报. 2013(02)
[4]山羊肌肉组织microRNA Solexa测序与生物信息学分析[J]. 凌英会,张晓东,王丽娟,殷捷,向浩,李运生,张运海,张子军,丁建平,章孝荣.  畜牧兽医学报. 2013(03)
[5]鱼类microRNAs研究进展[J]. 唐雪莲,李洪,付京花.  水产科学. 2013(01)
[6]应用Solexa测序技术挖掘山羊卵巢组织microRNA[J]. 张晓东,凌英会,张运海,李运生,刘亚,曹鸿国,张子军,殷宗俊,丁建平,章孝荣.  中国农业科学. 2013(01)
[7]赤眼鳟生物学研究进展[J]. 刘巧林,肖调义,刘敏,周伟.  水产科学. 2012(11)
[8]在感染与非感染H5N1亚型禽流感病毒状态下SPF鸭miRNA-17a*表达量检测及比较分析[J]. 丛立新,宿甲子,孟继伦,邢沈阳,赵志辉,张金玉.  黑龙江畜牧兽医. 2012(21)
[9]绒山羊骨骼肌miRNAs及其靶基因表达谱分析[J]. 韩志玲,赵德超,付绍印,吕晓曼,高爱琴,张文广,李金泉.  畜牧兽医学报. 2012(10)
[10]猪繁殖与呼吸综合征病毒相关猪microRNA的初步筛选[J]. 郜原,薄联锋,武小椿,孙柏,温俊歌,孙岩,徐志坤,张德礼.  中国兽医杂志. 2012(03)

博士论文
[1]猪骨骼肌发育中相关miRNA的鉴定及miR-21生物学功能研究[D]. 白立景.中国农业大学 2014
[2]草鱼与赤眼鳟杂交F1遗传特征及对草鱼呼肠孤病毒抗性的研究[D]. 刘巧林.湖南农业大学 2013
[3]感病草鱼脾脏的比较转录组分析[D]. 许宝红.湖南农业大学 2012

硕士论文
[1]农药氟虫腈作用下斑马鱼microRNA-155对cyb561d2的调控作用研究[D]. 黄涵年.浙江理工大学 2014
[2]普通野生稻花期相关MicroRNA的鉴定及功能分析[D]. 陈宗祥.中国农业科学院 2013
[3]草鱼出血病细胞培养灭活疫苗微囊制备与口服免疫效果研究[D]. 李瑞伟.上海海洋大学 2013
[4]草鱼Mx基因的克隆及表达特征的研究[D]. 彭丽敏.西北农林科技大学 2012
[5]MiRNA let-7d在牙鲆变态发育过程中的表达及其靶基因预测[D]. 吴明林.上海海洋大学 2011



本文编号：3323746