波纹巴非蛤转录组分析与微卫星标记开发
发布时间：2021-08-06 03:04
波纹巴非蛤（Paphia undulata）是中国和东南亚地区的重要海水养殖贝类,国内有关波纹巴非蛤的研究主要集中在人工育苗及营养分析方面,关于波纹巴非蛤的遗传学研究较少。本研究测序了波纹巴非蛤的转录组,并在此基础上发掘免疫相关基因以及开发微卫星标记。主要取得了如下结果:1、采用Illumina HiseqTM 2000测序平台对巴非蛤斧足组织进行高通量测序,获得26,173,215条reads,总长度为5,286,668,078 bp。组装获得60,201条Unigenes,平均长度为875 bp。其中N50的长度为1478 bp,长度大于0.5 kb的Unigenes有23,296个,大于1kb的Unigenes有10,434个,在Nr、Nt、Swiss-Prot、TrEMBL、COG和KEGG数据库中对所有Unigenes进行注释,共注释了22,260个Unigenes,其中有6,718个Unigenes被富集到KEGG数据库中的237个通路上,5,786和15,017个Unigenes分别被注释到COG数据库和GO数据库中。2、通过对波纹巴非蛤转录组数据库...
【文章来源】：集美大学福建省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
波纹非蛤Unigenes长nscriptomesequ巴非蛤转录组长度分布(B)
2.2.6.2NF括 P105结果发现和 DorUnigene2.2.6.3本5、7、9(Unigen(Mytilus2 NF-κBF-κB 蛋白5，P100，果现，分别有rsal 蛋白的基es 和 IKK 复3 MAPK 信实验中共识、13 B 和ne 3162)、和s galloprovFigure 2-信号通路是一个大家果蝇 Relish。有 2 个、1 个基因具有同复合物的具信号通路识别了 24 个MLT，三和 917 (Univincialis)体图 2-4 c4 Schematic路家族，主要。后者通常个、1 个和同源性。我们具有同源性。个编码 MKK三个基因编码igene 13629内的转录生complement 途representatio要包括两大类常包括 RelC和 2 个 Unig们还发现了。KK 同系物码蛋白的氨9)。通过序生长因子激途径示意图on of complem类：NF-κB、RelB、Regenes 被鉴定了 11 个 Uni物的 Unigene氨基酸数目分列相似性比酶，矛尾鱼ment pathway蛋白和 RelA、果蝇 D定是和 p10igenes 与 Ies。他们分分别 672 (U比对发现它鱼(LatimeriayRel 蛋白。前Dorsal 和0、 p105、κB 蛋白相分为同型异构Unigene 74它们分别和地a chalumna前者一般包Dif 蛋白。Relish、相似、12 个构体 2、4、472)、 837地中海贻贝ae) 体内的包7的
2.3 讨2.3.1外源调理作用定了几类[106-108]，巴非蛤水化合物集素和别领域有讨论波纹巴非源凝集素（用和在免疫类凝结素，并且他们的转录组中物识别领域甘露聚糖凝有保留，并Figure 2-5非蛤免疫相（Lectins）是疫过程中吞诸如 C 类们的生物学功中，虽然比对域（CRDs）凝集素（M并普遍分布图 2-5Schematic re相关基因是由碳水化噬作用起着类型外援凝集功能和应对对到部分 C有重要作用BL）都是这在多细胞生TLR 信号通epresentation因发掘与分合物识别蛋着重要作用集素、半乳对寄生虫和细型凝集素用。实际上这个家族的生物体中，通路示意图of TLR sign分析蛋白组成的[105]。到目前乳凝素、乳糖细菌的表达素，它们大多上，C 类型凝的[110]，此外在与 β 半乳alling pathwa超级家族，前为止，在糖、甘露糖达过程也被研多是钙化碳凝集素是一外，半乳凝集乳糖苷绑定ay.在异己识别在双壳类物种糖或唾液酸绑研究过[87,10碳水化的凝集一个超级家族集素在碳水定过程有重要别、凝集、种中已经确绑定凝集素9]。在波纹集素，在碳族，胶原凝水化合物识要作用[111]。确素纹碳凝识
【参考文献】：
期刊论文
[1]波纹巴非蛤染色体核型分析[J]. 蔡明夷,郭洋,柯才焕,蔡冰冰,刘贤德. 厦门大学学报(自然科学版). 2012(05)
[2]转录组测序（RNA-seq）策略及其数据在分子标记开发上的应用[J]. 李小白,向林,罗洁,胡标林,田胜平,谢鸣,孙崇波. 中国细胞生物学学报. 2013(05)
[3]利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星DNA标记分离与筛选的研究[J]. 郭昱嵩,谢子强,邓岳文,刘楚吾. 中国农学通报. 2012(17)
[4]果蝇先天性免疫研究进展[J]. 曹慧,李宗芸,王秋香. 昆虫知识. 2009(02)
[5]皱纹盘鲍和盘鲍南方养殖群体遗传变异的微卫星分析[J]. 杜博,龚世园,童馨,黄桂菊,喻达辉. 南方水产. 2007(06)
[6]鼻咽癌转录组学研究的现状与进展[J]. 黄琛,武明花,李桂源. 生物化学与生物物理进展. 2007(11)
[7]病原菌感染宿主的转录组学研究进展[J]. 薛建江,邱景富. 河北北方学院学报(医学版). 2007(05)
[8]微卫星标记及其在贝类遗传选育研究中的应用[J]. 刘芳,刘卫东,王强,刘晓慧,赫崇波,侯林. 水产科学. 2006(05)
[9]虾夷扇贝的多态性微卫星座位[J]. 赵莹莹,朱晓琛,孙效文,梁利群,孙洋,刘丹. 动物学报. 2006(01)
[10]SSR分子标记开发策略及评价[J]. 张增翠,侯喜林. 遗传. 2004(05)
博士论文
[1]大黄鱼SSR遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL定位[D]. 叶华.湖南农业大学 2010
[2]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[3]栉孔扇贝（Chlamys farreri）微卫星标记的筛选及应用[D]. 战爱斌.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]两种淡水龟微卫星标记的筛选及乌龟养殖群体遗传多样性分析[D]. 章芸.浙江师范大学 2010
[2]多花黄精微卫星标记的开发和利用[D]. 程文娟.安徽师范大学 2010
本文编号：3324943
【文章来源】：集美大学福建省
【文章页数】：56 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
波纹非蛤Unigenes长nscriptomesequ巴非蛤转录组长度分布(B)
2.2.6.2NF括 P105结果发现和 DorUnigene2.2.6.3本5、7、9(Unigen(Mytilus2 NF-κBF-κB 蛋白5，P100，果现，分别有rsal 蛋白的基es 和 IKK 复3 MAPK 信实验中共识、13 B 和ne 3162)、和s galloprovFigure 2-信号通路是一个大家果蝇 Relish。有 2 个、1 个基因具有同复合物的具信号通路识别了 24 个MLT，三和 917 (Univincialis)体图 2-4 c4 Schematic路家族，主要。后者通常个、1 个和同源性。我们具有同源性。个编码 MKK三个基因编码igene 13629内的转录生complement 途representatio要包括两大类常包括 RelC和 2 个 Unig们还发现了。KK 同系物码蛋白的氨9)。通过序生长因子激途径示意图on of complem类：NF-κB、RelB、Regenes 被鉴定了 11 个 Uni物的 Unigene氨基酸数目分列相似性比酶，矛尾鱼ment pathway蛋白和 RelA、果蝇 D定是和 p10igenes 与 Ies。他们分分别 672 (U比对发现它鱼(LatimeriayRel 蛋白。前Dorsal 和0、 p105、κB 蛋白相分为同型异构Unigene 74它们分别和地a chalumna前者一般包Dif 蛋白。Relish、相似、12 个构体 2、4、472)、 837地中海贻贝ae) 体内的包7的
2.3 讨2.3.1外源调理作用定了几类[106-108]，巴非蛤水化合物集素和别领域有讨论波纹巴非源凝集素（用和在免疫类凝结素，并且他们的转录组中物识别领域甘露聚糖凝有保留，并Figure 2-5非蛤免疫相（Lectins）是疫过程中吞诸如 C 类们的生物学功中，虽然比对域（CRDs）凝集素（M并普遍分布图 2-5Schematic re相关基因是由碳水化噬作用起着类型外援凝集功能和应对对到部分 C有重要作用BL）都是这在多细胞生TLR 信号通epresentation因发掘与分合物识别蛋着重要作用集素、半乳对寄生虫和细型凝集素用。实际上这个家族的生物体中，通路示意图of TLR sign分析蛋白组成的[105]。到目前乳凝素、乳糖细菌的表达素，它们大多上，C 类型凝的[110]，此外在与 β 半乳alling pathwa超级家族，前为止，在糖、甘露糖达过程也被研多是钙化碳凝集素是一外，半乳凝集乳糖苷绑定ay.在异己识别在双壳类物种糖或唾液酸绑研究过[87,10碳水化的凝集一个超级家族集素在碳水定过程有重要别、凝集、种中已经确绑定凝集素9]。在波纹集素，在碳族，胶原凝水化合物识要作用[111]。确素纹碳凝识
【参考文献】：
期刊论文
[1]波纹巴非蛤染色体核型分析[J]. 蔡明夷,郭洋,柯才焕,蔡冰冰,刘贤德. 厦门大学学报(自然科学版). 2012(05)
[2]转录组测序（RNA-seq）策略及其数据在分子标记开发上的应用[J]. 李小白,向林,罗洁,胡标林,田胜平,谢鸣,孙崇波. 中国细胞生物学学报. 2013(05)
[3]利用FIASCO技术进行波纹巴非蛤微卫星DNA标记分离与筛选的研究[J]. 郭昱嵩,谢子强,邓岳文,刘楚吾. 中国农学通报. 2012(17)
[4]果蝇先天性免疫研究进展[J]. 曹慧,李宗芸,王秋香. 昆虫知识. 2009(02)
[5]皱纹盘鲍和盘鲍南方养殖群体遗传变异的微卫星分析[J]. 杜博,龚世园,童馨,黄桂菊,喻达辉. 南方水产. 2007(06)
[6]鼻咽癌转录组学研究的现状与进展[J]. 黄琛,武明花,李桂源. 生物化学与生物物理进展. 2007(11)
[7]病原菌感染宿主的转录组学研究进展[J]. 薛建江,邱景富. 河北北方学院学报(医学版). 2007(05)
[8]微卫星标记及其在贝类遗传选育研究中的应用[J]. 刘芳,刘卫东,王强,刘晓慧,赫崇波,侯林. 水产科学. 2006(05)
[9]虾夷扇贝的多态性微卫星座位[J]. 赵莹莹,朱晓琛,孙效文,梁利群,孙洋,刘丹. 动物学报. 2006(01)
[10]SSR分子标记开发策略及评价[J]. 张增翠,侯喜林. 遗传. 2004(05)
博士论文
[1]大黄鱼SSR遗传连锁图谱的构建及生长相关性状的QTL定位[D]. 叶华.湖南农业大学 2010
[2]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[3]栉孔扇贝（Chlamys farreri）微卫星标记的筛选及应用[D]. 战爱斌.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]两种淡水龟微卫星标记的筛选及乌龟养殖群体遗传多样性分析[D]. 章芸.浙江师范大学 2010
[2]多花黄精微卫星标记的开发和利用[D]. 程文娟.安徽师范大学 2010
本文编号：3324943
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