栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及时空表达模式分析

发布时间：2021-08-07 05:59

　　长末端重复序列（LTR）逆转录转座子在真核生物中是普遍存在的,通过"复制-黏贴"的方式插入到基因组的其它位置,影响基因的活性及基因组的结构。DNA测序技术的快速发展为分子生物学研究提供了大量的组学资源,也为全基因组水平逆转录转座子的系统分析提供了数据支持。本研究基于已发表的栉孔扇贝（Chlamys farreri）基因组信息,系统分析了栉孔扇贝LTR逆转录转座子的基因组分布特征及在胚胎发育各个时期和成体各个组织的表达模式。研究发现栉孔扇贝LTR总长度与染色体长度呈正相关关系,而LTR密度（每Mb染色体上的LTR拷贝数）与染色体长度呈负相关关系;Gypsy、Ngaro和DIRS是栉孔扇贝基因组中数量最多、总长度最长的三类LTR亚家族,且主要分布在基因间区;相比于其它种类的LTR,Gypsy和Ngaro在胚胎发育各个时期和各个成体组织/器官中具有显著的表达优势,而且在胚胎发育过程中呈现动态表达模式,其中表达量的峰值和低谷分别出现在担轮幼虫时期和壳顶幼虫时期;Gypsy和Ngaro在大部分组织/器官中占据表达优势,唯一例外的组织是肝胰腺,其表达量最高的LTR类型为ERV1。本研究对栉孔扇贝逆... 

【文章来源】：中国海洋大学学报(自然科学版). 2020,50(10)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

LTR逆转录转座子各个亚家族的长度分布

为了进一步调查转座子的分布与基因的关系,本研究统计了Gypsy、Ngaro、DIRS三大类拷贝数量较多的逆转录转座子在基因上下游3 kb及基因内部的分布情况。三类逆转录转座子均表现为在基因间区的分布最多,Gypsy、DIRS分布在基因间区的转座子占比都在50%以上,Ngaro分布在基因间区的比例是三类LTR中最低的,而Ngaro在基因区分布的比例较其它两类偏高(见图2)。三类逆转录转座在基因区有相似的分布规律,绝大部分分布在内含子区域,分布在CDS区域的转座子数量较少(见图3)。图3 Gypsy、Ngaro、DIRS逆转录转座子在基因区的分布

Gypsy、Ngaro、DIRS逆转录转座子在基因区的分布

【参考文献】：
期刊论文
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[3]建鲤基因组中一个ty3-gypsy反转录转座子的发现与分析[J]. 丁炜东,曹丽萍,曹哲明,邴旭文.  中国水产科学. 2016(02)



本文编号：3327220