瘤背石磺潮汐感知的分子机制探究
发布时间：2021-08-09 22:35
瘤背石磺（Onchidium reevesii）是生活于滩涂湿地的半咸水两栖性生物是一种具有很高的食用和药用价值的贝类[1,2]。其生活分布区域常见淡水与海水交汇处的高潮带,其温度适应能力十分强、分布范围广阔、野生资源量非常丰富,江苏盐城,上海崇明、浙江温州、福建福安等地一直以来均有销售,被认为是有助治料风湿病、哮喘病,产后大补身体的很有特色的水产品。从形态角度观察瘤背石磺并未进化出完整的心血管系统,仅在皮肤组织内部存有少量的血窦,使其通过皮肤呼吸来获取氧气的能力不足,因而瘤背石磺进化出“肺囊”来作为身体获取氧气的主要器官。行为学上,瘤背石磺也表现出长期且精确的“归家行为”,高潮期生活在巢穴、洞穴和岩缝中,低潮时段出来摄取暴露在潮间带滩涂泥土表面物上的腐殖质和藻类等食物,从不同巢穴中出来的石磺在潮水再次涨起来1小时前能同时回家,推测可能是因为其内在的位置记忆能力,体现出此过程的高度精确性和复杂性,分析可能由外部环境授时因子（光线强弱、海风大小、湿度变化和潮水声浪等）或者生物体内节律性分子机制的精确运转等因素的相互影响该归巢行为的产生。本研究旨在构建第一个瘤背石磺全...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
瘤背石磺神经环组织的高通量测序分析流程图
上海海洋大学博士学位论文21图2-1瘤背石磺神经环组织全长转录组序列的GO注释分类图Fig2-1GOclassificationchartofthefull-lengthtranscriptsequenceoftheO.reevesiineuralring注：纵坐标为GO三个大类的下一层级的GOterm，横坐标表示为有多少条转录本被注释到该term下（包括该term的子term）。不同颜色的分类表示Goterm的三种基本分类（最上方的红色柱形为生物学过程，中间位置的蓝色柱形为细胞成分，最下方的绿色柱形是分子功能）。Note:TheordinateistheGOtermbelowthethreemajorcategoriesofGO,andtheabscissaisthenumberoftranscriptsthatareannotatedundertheterm(includingthesub-termsoftheterm).3differentclassificationsrepresentthethreebasicclassificationsofGoterm(Thetopredbaristhebiologicalprocess,thebluebarinthemiddleisthecellcomponent,andthebottomgreenbaristhemolecularfunction.).
上海海洋大学博士学位论文22全长转录本序列经KOG数据库注释之后的分类结果如图2-2所示。结果显示出，在KOG数据库所有的26个分组中注释到信号转导机制分类下的转录本序列是最多，超过了3,500条序列，除去未命名的蛋白，本转录本参与度最低的是细胞运动。图2-2瘤背石磺神经环组织全长转录组序列的KOG注释分类图Fig2-2KOGclassificationchartofthefull-lengthtranscriptsequenceoftheO.reevesiineuralring注：横坐标为KOG的26个group，纵坐标为注释到该group下的转录本个数。Note:Theabscissaisthe26groupsofKOG,andtheordinateisthenumberoftranscriptscommentedtothisgroup.对瘤背石磺神经环的全长转录本进行KO注释之后，再依据转录本序列所参与到的KEGG代谢通路进行分类结果如图2-3所示。如图所示，注释到KEGG上分类最多的信号通路是信号转导通路，在该通路上共富集有4,731个转录本序列，该通路属于环境信息处理过程。
【参考文献】：
期刊论文
[1]瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异分析[J]. 史艳梅,黄笑含,杨铁柱,许国绿,沈和定. 基因组学与应用生物学. 2019(04)
[2]瘤背石磺产卵规律与天文潮汐关系[J]. 刘杰,黄金田. 上海海洋大学学报. 2018(01)
[3]瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析[J]. 杨铁柱,沈和定,史艳梅,刘欣,吴欣,李杰. 海洋科学. 2017(03)
[4]生物节律基因非编码RNA调控机制[J]. 王艳利,曲丽娜,李莹辉. 中国生物化学与分子生物学报. 2016(04)
[5]PacBio Sequencing and Its Applications[J]. Anthony Rhoads,Kin Fai Au. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(05)
[6]石磺营养价值、活性物质的研究现状及开发前景[J]. 孙变娜,沈和定,吴洪喜,刘宸. 江苏农业科学. 2013(08)
[7]四种石磺营养成分分析及价值评价[J]. 管菊,沈和定,钱静,张坤霞,郑培. 食品工业科技. 2013(17)
[8]生物节律的研究进展[J]. 石斌. 中国医药指南. 2012(11)
[9]人工光环境对大鼠眼压的影响及应用中医阴阳钟理论进行干预的实验研究[J]. 柏玉洁,王育良. 中国中医眼科杂志. 2011(06)
[10]我国华东沿海4种石磺形态学比较[J]. 吴旭峰,沈和定,吴文健,章承军,王玲,张雨. 动物学杂志. 2010(06)
硕士论文
[1]基于“天人相应”理论探讨二分二至节气对哮喘患者免疫功能的影响[D]. 施娜.北京中医药大学 2019
[2]瘤背石磺内参基因筛选和皮肤发育相关基因EGF和IF的克隆与表达分析[D]. 杨铁柱.上海海洋大学 2017
本文编号：3332924
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：118 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
瘤背石磺神经环组织的高通量测序分析流程图
上海海洋大学博士学位论文21图2-1瘤背石磺神经环组织全长转录组序列的GO注释分类图Fig2-1GOclassificationchartofthefull-lengthtranscriptsequenceoftheO.reevesiineuralring注：纵坐标为GO三个大类的下一层级的GOterm，横坐标表示为有多少条转录本被注释到该term下（包括该term的子term）。不同颜色的分类表示Goterm的三种基本分类（最上方的红色柱形为生物学过程，中间位置的蓝色柱形为细胞成分，最下方的绿色柱形是分子功能）。Note:TheordinateistheGOtermbelowthethreemajorcategoriesofGO,andtheabscissaisthenumberoftranscriptsthatareannotatedundertheterm(includingthesub-termsoftheterm).3differentclassificationsrepresentthethreebasicclassificationsofGoterm(Thetopredbaristhebiologicalprocess,thebluebarinthemiddleisthecellcomponent,andthebottomgreenbaristhemolecularfunction.).
上海海洋大学博士学位论文22全长转录本序列经KOG数据库注释之后的分类结果如图2-2所示。结果显示出，在KOG数据库所有的26个分组中注释到信号转导机制分类下的转录本序列是最多，超过了3,500条序列，除去未命名的蛋白，本转录本参与度最低的是细胞运动。图2-2瘤背石磺神经环组织全长转录组序列的KOG注释分类图Fig2-2KOGclassificationchartofthefull-lengthtranscriptsequenceoftheO.reevesiineuralring注：横坐标为KOG的26个group，纵坐标为注释到该group下的转录本个数。Note:Theabscissaisthe26groupsofKOG,andtheordinateisthenumberoftranscriptscommentedtothisgroup.对瘤背石磺神经环的全长转录本进行KO注释之后，再依据转录本序列所参与到的KEGG代谢通路进行分类结果如图2-3所示。如图所示，注释到KEGG上分类最多的信号通路是信号转导通路，在该通路上共富集有4,731个转录本序列，该通路属于环境信息处理过程。
【参考文献】：
期刊论文
[1]瘤背石磺和里氏拟石磺背部皮肤蛋白质组差异分析[J]. 史艳梅,黄笑含,杨铁柱,许国绿,沈和定. 基因组学与应用生物学. 2019(04)
[2]瘤背石磺产卵规律与天文潮汐关系[J]. 刘杰,黄金田. 上海海洋大学学报. 2018(01)
[3]瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析[J]. 杨铁柱,沈和定,史艳梅,刘欣,吴欣,李杰. 海洋科学. 2017(03)
[4]生物节律基因非编码RNA调控机制[J]. 王艳利,曲丽娜,李莹辉. 中国生物化学与分子生物学报. 2016(04)
[5]PacBio Sequencing and Its Applications[J]. Anthony Rhoads,Kin Fai Au. Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(05)
[6]石磺营养价值、活性物质的研究现状及开发前景[J]. 孙变娜,沈和定,吴洪喜,刘宸. 江苏农业科学. 2013(08)
[7]四种石磺营养成分分析及价值评价[J]. 管菊,沈和定,钱静,张坤霞,郑培. 食品工业科技. 2013(17)
[8]生物节律的研究进展[J]. 石斌. 中国医药指南. 2012(11)
[9]人工光环境对大鼠眼压的影响及应用中医阴阳钟理论进行干预的实验研究[J]. 柏玉洁,王育良. 中国中医眼科杂志. 2011(06)
[10]我国华东沿海4种石磺形态学比较[J]. 吴旭峰,沈和定,吴文健,章承军,王玲,张雨. 动物学杂志. 2010(06)
硕士论文
[1]基于“天人相应”理论探讨二分二至节气对哮喘患者免疫功能的影响[D]. 施娜.北京中医药大学 2019
[2]瘤背石磺内参基因筛选和皮肤发育相关基因EGF和IF的克隆与表达分析[D]. 杨铁柱.上海海洋大学 2017
本文编号：3332924
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