黄鳝基因组物理图谱的构建及染色体范围内的基因表达分析

发布时间：2021-08-14 19:01

　　黄鳝是一种具有重要经济价值的淡水鱼,在其生命过程中经历天然性逆转,即幼年黄鳝多为雌性,经过排卵后转变为间性,进而分化为雄性。这种特殊的性别分化模式为我们提供了研究脊椎动物性别发育的宝贵材料。黄鳝基因组核型为2n=24,是硬骨鱼中染色体数目最少的物种,因此,黄鳝在脊椎动物全基因组进化的过程中具有重要的地位。在黄鳝全基因组测序草图完成的基础上,本研究利用荧光原位杂交技术,对基因组草图序列进行了全基因组范围的拼装,构建了全基因组精细物理图谱,进一步利用黄鳝性腺转录组数据寻找到性别发育相关基因的染色体分布模式,取得的主要结果如下：1.利用双色和三色荧光原位杂交技术,以黄鳝基因组BAC克隆和PCR合成片段作为探针,确定了186个Scaffolds在染色体上的位置,完成了草图中550Mb序列的拼装和定位,约占测序序列的80%。确定了12条连锁群,对应12条染色体,并按照拼装长度从大到小的顺序,定名为黄鳝1到12号染色体,长度依次为75.9 Mb、65.1Mb、51.6 Mb、51.2 Mb、50.1Mb、48.1Mb、42.4 Mb、42.0 Mb、41.9 Mb、35.0 Mb、29.3 Mb、... 

【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：124 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１－１菱光原位杂交原理??缺口平移法将连有地高辛或者生物素的ｄＵＴＰ梭入目的基因合成探针，合成的探针和固??

按照这种逻转，我们最终获得了?１２条染色体分别对应的分子标记。选取每??个连锁群上的分子标记做探针对黄轄中期染色体分裂相分别进行巧光原位杂交，??得到１２个标记有每条染色体的核型图（见图２－１）。??５１??

价体的一端为着丝粒，另一端为端粒，它是一个单向的结构。??我们暂不考虑染色体的着丝粒和端粒的位置，只确定Ｓｃａｆｆｏｌｄ之间相互的位??置关系，在这种关系的判断中共有ＬＪ下几种情况（图２－２）；??ａ?ｂ?ｃ???ｄ?ｅ?ｆ??■■■■??图２－２利用焚光原位杂交确定连锁顺序策略??图中每个數字代表探针对应的Ｓｃａｆｆｏｌｄｓ，所有红色信号探针来自于生物素标记体系，绿??色信号来自于地高辛标记体系。Ｓｃａｆｆｏｌｄ?４采用生物素地高辛议标记，由紅色和绿色信号叠??加而成，因此显示黄色信号。ａ、ｂ、Ｃ可Ｗ用来判断位于染色体边缘的Ｓｃａｆｆｏｌｄｓ之间的顺序，??ｄ、ｆ判断位于染色体中部Ｓｅａ航Ｉｄｓ的顺序，ｅ判断多数Ｓｅａ佈Ｉｄｓ已知情况下某些Ｓｅａ航Ｉｄｓ??的位置。??１）?ｔＡ染色体总长的１／２处为界，两个Ｓｃａｆｆｏｌｄ都位于中点的一边，我们一般采??用巧色－双信号法判断。比如Ｓｃａｆｆｏｌｄ?７３和Ｓｃａｆｆｏｌｄｌ８６的共定位可！＾１表明７３??相对于１８６位于靠近一端的位置，我们把７３靠近的这一端暂定为起始端Ｓ??端，那么１８６就位于相对于７３靠近终止端Ｅ端的位置（图２－２ａ）。同样，Ｓｃａｆｆｏｌｄ??１８６和Ｓｃａｆｆｏｌｄ?１７的巧光原位杂交结果表明

【参考文献】：
期刊论文
[1]Genetic basis and biotechnological manipulation of sexual dimorphism and sex determination in fish[J]. MEI Jie,GUI Jian-Fang.  Science China（Life Sciences）. 2015(02)
[2]黄鳝Nup93基因的分子克隆及其在性腺和肾的显著表达（英文）[J]. 商璇,何焱,张雷,陈波,何春江,程汉华,周荣家.  遗传学报. 2006(01)
[3]黄鳝二价体的一种“类刷形染色体”现象[J]. 杜丽萍,余其兴,周荣家,崔建勋,郭一清.  科学通报. 1997(15)
[4]大鳞副泥鳅ZZ/ZW型性别决定的细胞遗传学证据[J]. 常重杰,余其兴.  遗传. 1997(03)
[5]黄鳝由间性发育转变为雄性发育的细胞生物学研究[J]. 肖亚梅,刘筠.  水产学报. 1995(04)
[6]黄鳝繁殖生物学研究──Ⅱ．黄鳝的雌性发育[J]. 肖亚梅.  湖南师范大学自然科学学报. 1995(04)
[7]黄鳝二价染色体高分辨G带制备及模式图构建[J]. 余其兴,樊连春,崔建勋,任修海,李奎,余先觉.  中国科学（B辑 化学 生命科学 地学）. 1993(09)
[8]黄鳝染色体组中组成型异染色质的分布[J]. 易詠兰,陈宏溪,陈敏容.  水生生物学集刊. 1984(02)
[9]黄鳝的染色体组型研究[J]. 李渝成,李康,周暾.  武汉大学学报(自然科学版). 1982(01)



本文编号：3343010