七鳃鳗CD82的分子克隆及生物信息学分析
发布时间：2021-08-15 09:15
CD82分子为四次跨膜超家族（transmembrane4super-family，TM4SF）的代表成员，表达在人体的许多组织中，可以广泛参与细胞的生长，粘附，凋亡等多种生命活动，在进化上高度保守。七鳃鳗作为最为原始的无颌类脊椎动物，是沟通无脊椎动物和脊椎动物的桥梁，追寻脊椎动物的免疫起源和进化发展的模式生物。目前主要针对高等脊椎动物的CD82研究比较集中，而对于一些较为低等的无颌类脊椎动物的研究甚少，尚不清楚CD82具备哪些功能及相应的调节机制。从日本七鳃鳗免疫小体cDNA文库中筛选出一条与哺乳动物的CD82分子具有很高同源性的EST序列，利用Primer5.0软件自行设计引物，采取基因克隆方法得到了CD82基因的编码区序列，开放阅读框长度为801bp的七鳃鳗CD82基因，编码266个氨基酸。生物信息学分析表明，CD82具有四个跨膜结构域（TM1-TM4），TM1和TM2之间形成了一个小的胞外环EC1，TM3和TM4组成一个大的胞外环EC2，EC2上有3个潜在的N型糖基化位点。利用blast、Biodit对不同的物种的CD82进行序列比对，此外，也对CD82高级结构、抗原表位和保守...
【文章来源】：辽宁师范大学辽宁省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1. 绪论
1.1 KAI1/CD82 的分子结构特点
1.2 KAI1/CD82 基因表达的调节
1.3 KAI1/CD82 的翻译后修饰
1.3.1 十六(烷)酰化
1.3.2 糖基化
1.4 参与免疫应答
1.4.1 与 T 细胞的免疫应答
1.4.2 与 B 细胞的免疫应答
1.5 参与调节细胞黏附
1.6 调节细胞的迁移
1.7 诱导细胞的凋亡
1.8 CD82 与肿瘤的关系
1.9 展望
2 七鳃鳗 CD82 的分子克隆
2.1 材料
2.1.1 实验材料
2.1.2 仪器设备
2.1.3 药品及试剂
2.2 方法
2.2.1 引物设计
2.2.2 白细胞分离
2.2.3 脂肪体总 RNA 的提取
2.2.4 反转录成 cDNA
2.2.5 PCR 扩增
2.2.6 目的片段的回收
2.2.7 目的片段与载体连接及转化
2.2.8 阳性菌落的鉴定
2.2.9 重组质粒的提取及测序
2.3 结果
2.3.1 免疫小体总 RNA 的提取
2.3.2 日本七鳃鳗 CD82 的基因克隆
2.4 讨论
2.5 小结
3 CD82 氨基酸序列的生物信息学分析
3.1 使用的在线网站和软件(表 3.1)
3.2 结果
3.2.1 一级结构分析
3.2.2 功能结构域预测
3.2.3 二级结构预测
3.2.4 三级结构模拟
3.2.5 抗原表位预测
3.2.6 同源序列比对
3.2.7 保守性分析
3.2.8 系统发育分析
3.3 讨论
3.4 小结
4 半定量 RT-PCR 检测 CD82 在七鳃鳗各组织中的相对表达量
4.1 材料
4.1.1 实验材料
4.1.2 仪器设备
4.1.3 药品及试剂
4.2 方法
4.2.1 菌液刺激七鳃鳗
4.2.2 白细胞的分离及组织提取
4.2.3 白细胞及组织总 RNA 的提取
4.2.4 半定量 RT-PCR 法检测 CD82 在七鳃鳗中相对表达量
4.3 结果
4.3.1 七鳃鳗各组织总 RNA 提取
4.3.2 CD82 在七鳃鳗不同组织中的相对表达量
4.4 讨论
4.5 小结
5 原核表达载体的构建
5.1 材料
5.1.1 仪器设备
5.1.2 药品及试剂
5.2 方法
5.2.1 设计引物
5.2.2 PCR 扩增
5.2.3 目的片段的回收与双酶切
5.2.4 重组表达菌的鉴定
5.3 结果
5.4 讨论
5.5 小结
6 结论
本论文的创新点
参考文献
附录A 脂肪体 cDNA 文库中 CD82 的 EST 序列
附录B 不同物种的 CD82 的 FASTA 格式氨基酸序列
研究生期间发表文章及研究成果
致谢
本文编号：3344265
【文章来源】：辽宁师范大学辽宁省
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1. 绪论
1.1 KAI1/CD82 的分子结构特点
1.2 KAI1/CD82 基因表达的调节
1.3 KAI1/CD82 的翻译后修饰
1.3.1 十六(烷)酰化
1.3.2 糖基化
1.4 参与免疫应答
1.4.1 与 T 细胞的免疫应答
1.4.2 与 B 细胞的免疫应答
1.5 参与调节细胞黏附
1.6 调节细胞的迁移
1.7 诱导细胞的凋亡
1.8 CD82 与肿瘤的关系
1.9 展望
2 七鳃鳗 CD82 的分子克隆
2.1 材料
2.1.1 实验材料
2.1.2 仪器设备
2.1.3 药品及试剂
2.2 方法
2.2.1 引物设计
2.2.2 白细胞分离
2.2.3 脂肪体总 RNA 的提取
2.2.4 反转录成 cDNA
2.2.5 PCR 扩增
2.2.6 目的片段的回收
2.2.7 目的片段与载体连接及转化
2.2.8 阳性菌落的鉴定
2.2.9 重组质粒的提取及测序
2.3 结果
2.3.1 免疫小体总 RNA 的提取
2.3.2 日本七鳃鳗 CD82 的基因克隆
2.4 讨论
2.5 小结
3 CD82 氨基酸序列的生物信息学分析
3.1 使用的在线网站和软件(表 3.1)
3.2 结果
3.2.1 一级结构分析
3.2.2 功能结构域预测
3.2.3 二级结构预测
3.2.4 三级结构模拟
3.2.5 抗原表位预测
3.2.6 同源序列比对
3.2.7 保守性分析
3.2.8 系统发育分析
3.3 讨论
3.4 小结
4 半定量 RT-PCR 检测 CD82 在七鳃鳗各组织中的相对表达量
4.1 材料
4.1.1 实验材料
4.1.2 仪器设备
4.1.3 药品及试剂
4.2 方法
4.2.1 菌液刺激七鳃鳗
4.2.2 白细胞的分离及组织提取
4.2.3 白细胞及组织总 RNA 的提取
4.2.4 半定量 RT-PCR 法检测 CD82 在七鳃鳗中相对表达量
4.3 结果
4.3.1 七鳃鳗各组织总 RNA 提取
4.3.2 CD82 在七鳃鳗不同组织中的相对表达量
4.4 讨论
4.5 小结
5 原核表达载体的构建
5.1 材料
5.1.1 仪器设备
5.1.2 药品及试剂
5.2 方法
5.2.1 设计引物
5.2.2 PCR 扩增
5.2.3 目的片段的回收与双酶切
5.2.4 重组表达菌的鉴定
5.3 结果
5.4 讨论
5.5 小结
6 结论
本论文的创新点
参考文献
附录A 脂肪体 cDNA 文库中 CD82 的 EST 序列
附录B 不同物种的 CD82 的 FASTA 格式氨基酸序列
研究生期间发表文章及研究成果
致谢
本文编号：3344265
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3344265.html
