半滑舌鳎Gadd45g基因的克
发布时间：2021-08-18 11:27
半滑舌鳎是一种在我国广泛养殖的经济鱼类，本文以山东海阳工厂化养殖的半滑舌鳎为研究对象，利用多种分子生物学技术手段系统研究了半滑舌鳎Gadd45g基因的全长cDNA克隆，分析其基因序列的进化性，较为系统的研究了基因在半滑舌鳎组织和性腺发育中的表达，成功将基因定位于半滑舌鳎染色体上。这些基础性的研究资料将填补半滑舌鳎Gadd45g基因研究的空白，为揭示半滑舌鳎的性别决定机制奠定了基础，对半滑舌鳎性别控制有积极地作用。1半滑舌鳎Gadd45g基因的克隆和功能分析本研究根据半滑舌鳎全基因组测序结果，利用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术和cDNA末端快速扩增（RACE）技术，成功的在半滑舌鳎中克隆得到了3种Gadd45g基因的全长cDNA序列。Gadd45g1和Gadd45g2基因全长分别是1270bp和1181bp，都有480bp的开放阅读框，分别编码159个氨基酸残基的蛋白，而Gadd45g3基因全长1147bp，编码155个氨基酸。利用生物分析软件和网站对基因编码的氨基酸进行比对分析，发现尽管他们均有保守结构域，但Gadd45g1基因和Gadd45g2基因相似度高，与硬骨鱼中的Gad...
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文缩略词表
前言
第一章 文献综述
1 鱼类性别决定
2 Gadd45g 基因的研究进展
3 半滑舌鳎研究概况
3.1 半滑舌鳎简介
3.2 半滑舌鳎研究进展
4 染色体荧光原位杂交
5 本研究的目的与意义
第二章 Gadd45g 基因在半滑舌鳎中的克隆与功能分析
1 材料
1.1 实验用鱼
1.2 主要试剂
1.3 信息材料
1.4 主要仪器
2 方法
2.1 样品采集
2.2 生理性别及遗传性别鉴定
2.2.1 生理性别的鉴定
2.2.2 遗传性别的鉴定
2.3 组织中总 RNA 的提取
2.4 cDNA 第一链的合成
2.5 基因组序列片段在 cDNA 中验证
2.5.1 序列验证引物的设计
2.5.2 PCR 反应验证序列
2.5.3 PCR 产物的纯化
2.5.4 目的片段的连接、转化
2.5.5 目的片段的测序
2.6 RACE 反应
2.6.1 RACE-Ready cDNA 的合成：
2.6.2 RACE 引物的设计
2.6.3 两步 PCR
2.6.4 目的片段回收与测序
2.7 序列拼接及理化性质分析
2.8 基因进化分析
2.9 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的表达分析
2.9.1 定量引物的设计
2.9.2 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的组织表达
2.9.3 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的在性腺发育中的表达
3. 结果
3.1 半滑舌鳎遗传性别和生理性别的确定
3.2 半滑舌鳎 Gadd45g 同源基因 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.1 半滑舌鳎 Gadd45g1 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.2 半滑舌鳎 Gadd45g2 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.3 半滑舌鳎 Gadd45g3 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.3 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 同源基因的氨基酸序列比对及系统进化树的构建
3.4 Gadd45g 同源基因间的 Ka/Ks 比值
3.4.1 半滑舌鳎和其他硬骨鱼中的 Gadd45g 型基因 Ka/Ks 比值
3.4.2 半滑舌鳎 Gadd45g3 基因与其他同源基因 Ka/Ks 比值
3.5 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因的表达
3.5.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因在成鱼各组织中的表达
3.5.2 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因在伪雄鱼性腺中的表达
3.5.3 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因在仔鱼性腺发育各时期中的表达
4 讨论
4.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因的结构与序列分析
4.2 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 基因的适应性进化分析
4.2.1 半滑舌鳎 Gadd45g1 和 Gadd45g2 基因的适应性进化分析
4.2.2 半滑舌鳎 Gadd45g3 基因的适应性进化分析
4.3 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的表达分析
4.3.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的组织表达分析
4.3.2 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的性腺表达分析
4.3.3 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 基因的仔鱼性腺表达及功能分析
第三章 半滑舌鳎 Gadd45g 基因的染色体荧光定位
1 材料
1.1 实验用鱼及文库
1.2 主要仪器
1.3 主要试剂
2 方法
2.1 半滑舌鳎相关基因的 FISH 引物设计
2.2 基因在半滑舌鳎 BAC 文库中的筛选定位
2.2.1 基因在一级混合池中的筛选
2.2.2 二级池的构建
2.2.3 质粒的提取
2.2.4 基因在二级池中的筛选
2.2.5 目的基因在 BAC 文库阳性克隆的验证
2.3 BAC 克隆在染色体中的 FISH 定位
2.3.1 标记探针的制备
2.3.2 染色体标本的制备
2.3.3 探针与染色体杂交
2.3.4 杂交后洗脱和镜检
3 结果
3.1 基因在半滑舌鳎 BAC 文库中的位置
3.1.1 3 个基因在半滑舌鳎 BAC 文库板池的检出
3.1.2 3 个基因在半滑舌鳎 BAC 文库二级池的检出
3.2 染色体和探针成功制备
3.3 BAC 克隆在染色体中的定位
4 讨论
4.1 半滑舌鳎 BAC-FISH 技术体系
4.2 Gadd45g 基因在半滑舌鳎染色体上的位置
参考文献
致谢
个人简历
发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]栉孔扇贝BAC文库的构建及质量评价[J]. 赵柏淞,程洁,陈亮,于娜,黄晓婷,包振民. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2013(11)
[2]PK15细胞cDNA T7噬菌体展示文库的构建及鉴定[J]. 王国栋,邓小芸,刘书梅. 南方农业学报. 2013(08)
[3]Gadd45在恶性肿瘤中的研究进展[J]. 王赟,季洪亮. 中国实验诊断学. 2013(06)
[4]树干毕赤酵母基因组文库的构建及纤维二糖酶基因的筛选[J]. 马经纬,张梁,薛卫,石贵阳. 食品与生物技术学报. 2013(05)
[5]半滑舌鳎快速生长及高雌性家系的筛选[J]. 陈松林,李仰真,张静,刘寿堂,孙德强,杜民,梁卓,刘峰,胡乔木,邵长伟,刘珊珊. 水产学报. 2013(04)
[6]半滑舌鳎养殖群体性腺发育观察[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,刘姗姗. 南方农业学报. 2012(12)
[7]Gadd45G基因在食管鳞癌组织中的异常甲基化及表达[J]. 郭炜,朱铁年,董稚明,张明慧,崔蕾. 肿瘤. 2013(01)
[8]半滑舌鰨养殖群体雌雄比例与自然性逆转率[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,杜民,刘姗姗,胡乔木. 中国水产科学. 2013(01)
[9]半滑舌鳎微卫星标记遗传连锁图谱的构建[J]. 赵永伟,宋文涛,廖小林,牛余泽,庞仁谊,高峰涛,沙珍霞,陈松林. 中国水产科学. 2012(06)
[10]鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析[J]. 张丽丽,程起群. 海洋渔业. 2012(01)
博士论文
[1]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）性别决定的基因组学研究[D]. 邵长伟.中国海洋大学 2012
[2]四种细胞色素P450酶在半滑舌鳎繁殖生理机能中的作用研究[D]. 陈彩芳.中国海洋大学 2010
[3]利用荧光原位杂交技术（FISH）对中国明对虾和栉孔扇贝若干重要基因定位的研究[D]. 郇聘.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
硕士论文
[1]半滑舌鳎性别相关基因DAZL和WT1a的克隆与表达分析[D]. 张红.中国海洋大学 2013
[2]半滑舌鳎养殖群体遗传性别和表型性别研究[D]. 梁卓.上海海洋大学 2012
[3]SublyticC5b-9诱导Gadd45γ表达对Thy-1肾炎GMCs凋亡病变的影响[D]. 车楠.南京医科大学 2009
[4]基于边缘检测的图像去噪方法在二维条码识别中的研究与应用[D]. 刘大伟.中国海洋大学 2008
本文编号：3349804
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文缩略词表
前言
第一章 文献综述
1 鱼类性别决定
2 Gadd45g 基因的研究进展
3 半滑舌鳎研究概况
3.1 半滑舌鳎简介
3.2 半滑舌鳎研究进展
4 染色体荧光原位杂交
5 本研究的目的与意义
第二章 Gadd45g 基因在半滑舌鳎中的克隆与功能分析
1 材料
1.1 实验用鱼
1.2 主要试剂
1.3 信息材料
1.4 主要仪器
2 方法
2.1 样品采集
2.2 生理性别及遗传性别鉴定
2.2.1 生理性别的鉴定
2.2.2 遗传性别的鉴定
2.3 组织中总 RNA 的提取
2.4 cDNA 第一链的合成
2.5 基因组序列片段在 cDNA 中验证
2.5.1 序列验证引物的设计
2.5.2 PCR 反应验证序列
2.5.3 PCR 产物的纯化
2.5.4 目的片段的连接、转化
2.5.5 目的片段的测序
2.6 RACE 反应
2.6.1 RACE-Ready cDNA 的合成：
2.6.2 RACE 引物的设计
2.6.3 两步 PCR
2.6.4 目的片段回收与测序
2.7 序列拼接及理化性质分析
2.8 基因进化分析
2.9 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的表达分析
2.9.1 定量引物的设计
2.9.2 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的组织表达
2.9.3 半滑舌鳎 3 个 Gadd45g 同源基因的在性腺发育中的表达
3. 结果
3.1 半滑舌鳎遗传性别和生理性别的确定
3.2 半滑舌鳎 Gadd45g 同源基因 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.1 半滑舌鳎 Gadd45g1 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.2 半滑舌鳎 Gadd45g2 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.2.3 半滑舌鳎 Gadd45g3 cDNA 序列的克隆与序列分析
3.3 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 同源基因的氨基酸序列比对及系统进化树的构建
3.4 Gadd45g 同源基因间的 Ka/Ks 比值
3.4.1 半滑舌鳎和其他硬骨鱼中的 Gadd45g 型基因 Ka/Ks 比值
3.4.2 半滑舌鳎 Gadd45g3 基因与其他同源基因 Ka/Ks 比值
3.5 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因的表达
3.5.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因在成鱼各组织中的表达
3.5.2 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因在伪雄鱼性腺中的表达
3.5.3 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因在仔鱼性腺发育各时期中的表达
4 讨论
4.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 同源基因的结构与序列分析
4.2 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 基因的适应性进化分析
4.2.1 半滑舌鳎 Gadd45g1 和 Gadd45g2 基因的适应性进化分析
4.2.2 半滑舌鳎 Gadd45g3 基因的适应性进化分析
4.3 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的表达分析
4.3.1 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的组织表达分析
4.3.2 半滑舌鳎中 3 种 Gadd45g 基因的性腺表达分析
4.3.3 半滑舌鳎 3 种 Gadd45g 基因的仔鱼性腺表达及功能分析
第三章 半滑舌鳎 Gadd45g 基因的染色体荧光定位
1 材料
1.1 实验用鱼及文库
1.2 主要仪器
1.3 主要试剂
2 方法
2.1 半滑舌鳎相关基因的 FISH 引物设计
2.2 基因在半滑舌鳎 BAC 文库中的筛选定位
2.2.1 基因在一级混合池中的筛选
2.2.2 二级池的构建
2.2.3 质粒的提取
2.2.4 基因在二级池中的筛选
2.2.5 目的基因在 BAC 文库阳性克隆的验证
2.3 BAC 克隆在染色体中的 FISH 定位
2.3.1 标记探针的制备
2.3.2 染色体标本的制备
2.3.3 探针与染色体杂交
2.3.4 杂交后洗脱和镜检
3 结果
3.1 基因在半滑舌鳎 BAC 文库中的位置
3.1.1 3 个基因在半滑舌鳎 BAC 文库板池的检出
3.1.2 3 个基因在半滑舌鳎 BAC 文库二级池的检出
3.2 染色体和探针成功制备
3.3 BAC 克隆在染色体中的定位
4 讨论
4.1 半滑舌鳎 BAC-FISH 技术体系
4.2 Gadd45g 基因在半滑舌鳎染色体上的位置
参考文献
致谢
个人简历
发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]栉孔扇贝BAC文库的构建及质量评价[J]. 赵柏淞,程洁,陈亮,于娜,黄晓婷,包振民. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2013(11)
[2]PK15细胞cDNA T7噬菌体展示文库的构建及鉴定[J]. 王国栋,邓小芸,刘书梅. 南方农业学报. 2013(08)
[3]Gadd45在恶性肿瘤中的研究进展[J]. 王赟,季洪亮. 中国实验诊断学. 2013(06)
[4]树干毕赤酵母基因组文库的构建及纤维二糖酶基因的筛选[J]. 马经纬,张梁,薛卫,石贵阳. 食品与生物技术学报. 2013(05)
[5]半滑舌鳎快速生长及高雌性家系的筛选[J]. 陈松林,李仰真,张静,刘寿堂,孙德强,杜民,梁卓,刘峰,胡乔木,邵长伟,刘珊珊. 水产学报. 2013(04)
[6]半滑舌鳎养殖群体性腺发育观察[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,刘姗姗. 南方农业学报. 2012(12)
[7]Gadd45G基因在食管鳞癌组织中的异常甲基化及表达[J]. 郭炜,朱铁年,董稚明,张明慧,崔蕾. 肿瘤. 2013(01)
[8]半滑舌鰨养殖群体雌雄比例与自然性逆转率[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,杜民,刘姗姗,胡乔木. 中国水产科学. 2013(01)
[9]半滑舌鳎微卫星标记遗传连锁图谱的构建[J]. 赵永伟,宋文涛,廖小林,牛余泽,庞仁谊,高峰涛,沙珍霞,陈松林. 中国水产科学. 2012(06)
[10]鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析[J]. 张丽丽,程起群. 海洋渔业. 2012(01)
博士论文
[1]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）性别决定的基因组学研究[D]. 邵长伟.中国海洋大学 2012
[2]四种细胞色素P450酶在半滑舌鳎繁殖生理机能中的作用研究[D]. 陈彩芳.中国海洋大学 2010
[3]利用荧光原位杂交技术（FISH）对中国明对虾和栉孔扇贝若干重要基因定位的研究[D]. 郇聘.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
硕士论文
[1]半滑舌鳎性别相关基因DAZL和WT1a的克隆与表达分析[D]. 张红.中国海洋大学 2013
[2]半滑舌鳎养殖群体遗传性别和表型性别研究[D]. 梁卓.上海海洋大学 2012
[3]SublyticC5b-9诱导Gadd45γ表达对Thy-1肾炎GMCs凋亡病变的影响[D]. 车楠.南京医科大学 2009
[4]基于边缘检测的图像去噪方法在二维条码识别中的研究与应用[D]. 刘大伟.中国海洋大学 2008
本文编号：3349804
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