玉筋鱼和赤魟的分子系统地理学研究
发布时间：2021-08-26 14:35
玉筋鱼（Ammodytes personatus）是西北太平洋重要的饵料与经济鱼类，在分布范围内存在分化较大的南、北两个世系，与同属的太平洋玉筋鱼（Ammodyteshexapterus）在形态特征上极为相似。赤魟（Dasyatis akajei）为西北太平洋的一种暖温性底层软骨鱼类，在广西淡水水系中亦有分布。本研究对两种玉筋鱼的线粒体基因组结构和组成进行了分析与比较，并在线粒体基因组水平上探讨了玉筋鱼南、北世系的分化程度。综合运用线粒体DNA控制区序列、AFLP和微卫星标记，系统开展了赤魟的遗传多样性、群体遗传结构及系统地理格局研究，同时分析了5种魟属鱼类的系统进化关系。主要结果如下：1．玉筋鱼和太平洋玉筋鱼线粒体基因组特征分析本研究扩增得到太平洋玉筋鱼和玉筋鱼南、北世系线粒体基因组全序列，全长分别为16,527bp,16,537bp和16,527bp，玉筋鱼北方世系和太平洋玉筋鱼的各序列片段长度一致，与玉筋鱼南方世系仅在16S rRNA和控制区上分别存在2bp、8bp的插入缺失。三者线粒体基因组包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区（控制区和O...
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：185 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 鱼类线粒体基因组研究概述
1.1.1 鱼类线粒体基因组的结构与组成
1.1.2 鱼类线粒体基因组的遗传特征
1.1.3 鱼类线粒体基因组的进化特点
1.1.4 鱼类线粒体基因组的应用
1.2 分子系统地理学在海洋鱼类中的研究进展
1.2.1 分子系统地理学简介
1.2.2 分子系统地理学常用的分子标记
1.2.3 海洋鱼类系统地理格局的影响因素
1.2.4 海洋鱼类分子系统地理学的应用
第二章 玉筋鱼和太平洋玉筋鱼线粒体基因组特征分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.3 结果与分析
2.3.1 结构与组成
2.3.2 碱基组成
2.3.3 蛋白质编码基因
2.3.4 非同义替代和同义替代
2.3.5 rRNA 基因和 tRNA 基因
2.3.6 非编码区
2.4 讨论
2.4.1 线粒体基因组结构
2.4.2 线粒体基因组碱基组成
2.4.3 线粒体基因组蛋白质编码基因分析
2.4.4 线粒体基因组其他片段分析
第三章 基于线粒体基因组全序列的玉筋鱼南、北世系遗传分化
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.3 结果与分析
3.3.1 序列多态分析
3.3.2 系统发育分析
3.3.3 分化时间估算
3.4 讨论
第四章 赤魟的分子系统地理学研究
4.1 赤魟的研究概况
4.1.1 赤魟形态学特征与生态习性
4.1.2 赤魟的研究进展
4.2 基于线粒体 DNA 控制区的赤魟分子系统地理学研究
4.2.1 前言
4.2.2 材料与方法
4.2.3 结果与分析
4.2.4 讨论
4.3 基于 AFLP 标记的赤魟分子系统地理学研究
4.3.1 前言
4.3.2 材料与方法
4.3.3 结果与分析
4.3.4 讨论
4.4 赤魟微卫星标记的开发和分子系统地理学研究
4.4.1 微卫星分子标记开发方法及研究进展
4.4.2 赤魟微卫星分子标记开发
4.4.3 赤魟种群的微卫星分析
4.4.4 结果与分析
4.4.5 讨论
第五章 魟属鱼类系统发育研究
5.1 魟属鱼类线粒体 DNA 控制区结构分析
5.1.1 前言
5.1.2 材料与方法
5.1.3 结果与分析
5.1.4 讨论
5.2 基于线粒体 DNA 序列片段的魟属鱼类系统发育分析
5.2.1 前言
5.2.2 材料与方法
5.2.3 结果与分析
5.2.4 讨论
第六章 总结
1 玉筋鱼和太平洋玉筋鱼的线粒体基因组结构
2 玉筋鱼南、北世系线粒体基因组的遗传分化
3 赤魟的种群遗传结构与系统地理格局
4 5种魟属鱼类的系统进化关系
5 线粒体 DNA、微卫星与 AFLP 三种标记的比较
参考文献
致谢
个人简历
在学期间的学术成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]鱼类线粒体DNA重排研究进展[J]. 龚理,时伟,司李真,孔晓瑜. 动物学研究. 2013(06)
[2]牙鲆微卫星标记的开发及多态性分析[J]. 张潇峮,徐亘博,廖小林,张家波,陈松林. 水产学报. 2011(07)
[3]10种软骨鱼线粒体基因组特征分析[J]. 申欣,田美,孟学平,程汉良. 渔业科学进展. 2011(03)
[4]Molecular phylogeny and evolution of Scomber（Teleostei:Scombridae）based on mitochondrial and nuclear DNA sequences[J]. 程娇,高天翔,苗振清,YANAGIMOTO Takashi. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(02)
[5]两种玉筋鱼形态学与生物学特征比较[J]. 张辉,戴伟湘,张岩,高天翔,吉田英雄. 中国水产科学. 2011(01)
[6]五种鲟鱼线粒体控制区异质性和系统发育分析[J]. 王巍,朱华,胡红霞,田照辉,董颖. 动物学研究. 2009(05)
[7]海洋鱼类分子系统地理学研究进展[J]. 高天翔,任桂静,刘进贤,肖永双. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2009(05)
[8]广东肇庆西江珍稀鱼类省级自然保护区鱼类多样性[J]. 李捷,李新辉,谭细畅,李跃飞,何美峰,罗建仁,林建志,苏少芳. 湖泊科学. 2009(04)
[9]对赤点石斑鱼多态性微卫星位点的跨种扩增和特征分析[J]. 董颖,韩洁,蔡厚才. 北京师范大学学报(自然科学版). 2008(05)
[10]从赤魟组织中分离到的福安肽的抗血管生成作用[J]. 廖铭能,于立坚,马润娣,苏伟明,黄来珍,于廷曦. 中国生化药物杂志. 2008(04)
博士论文
[1]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[2]应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化[D]. 时伟.中国海洋大学 2011
[3]斑鰶和青鳞小沙丁鱼的种群遗传结构与分子系统地理学研究[D]. 应一平.中国海洋大学 2011
[4]黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图谱的构建[D]. 张秀杰.华中农业大学 2010
[5]太平洋鲱和大头鳕的群体遗传学研究[D]. 刘名.中国海洋大学 2010
[6]半滑舌鳎微卫星标记开发、应用及遗传连锁图谱的构建[D]. 苗贵东.中国海洋大学 2010
[7]栉孔扇贝（Chlamys farreri）微卫星标记的筛选及应用[D]. 战爱斌.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]方氏云鳚和云鳚的形态学与遗传学研究[D]. 李琳.中国海洋大学 2013
[2]鲮微卫星分子标记的筛选及遗传多样性分析[D]. 刘佳瑶.上海海洋大学 2012
[3]中、日斑鰶耳石形态及线粒体基因组研究[D]. 潘晓哲.中国海洋大学 2012
[4]大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）生物学特征与遗传多样性研究[D]. 刘奇.中国海洋大学 2010
[5]中、日白姑鱼的形态学和遗传学研究[D]. 李昂.中国海洋大学 2010
[6]斜带石斑鱼和赤点石斑鱼线粒体基因组全序列研究[D]. 庄轩.厦门大学 2007
本文编号：3364423
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：185 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
1.1 鱼类线粒体基因组研究概述
1.1.1 鱼类线粒体基因组的结构与组成
1.1.2 鱼类线粒体基因组的遗传特征
1.1.3 鱼类线粒体基因组的进化特点
1.1.4 鱼类线粒体基因组的应用
1.2 分子系统地理学在海洋鱼类中的研究进展
1.2.1 分子系统地理学简介
1.2.2 分子系统地理学常用的分子标记
1.2.3 海洋鱼类系统地理格局的影响因素
1.2.4 海洋鱼类分子系统地理学的应用
第二章 玉筋鱼和太平洋玉筋鱼线粒体基因组特征分析
2.1 前言
2.2 材料与方法
2.3 结果与分析
2.3.1 结构与组成
2.3.2 碱基组成
2.3.3 蛋白质编码基因
2.3.4 非同义替代和同义替代
2.3.5 rRNA 基因和 tRNA 基因
2.3.6 非编码区
2.4 讨论
2.4.1 线粒体基因组结构
2.4.2 线粒体基因组碱基组成
2.4.3 线粒体基因组蛋白质编码基因分析
2.4.4 线粒体基因组其他片段分析
第三章 基于线粒体基因组全序列的玉筋鱼南、北世系遗传分化
3.1 前言
3.2 材料与方法
3.3 结果与分析
3.3.1 序列多态分析
3.3.2 系统发育分析
3.3.3 分化时间估算
3.4 讨论
第四章 赤魟的分子系统地理学研究
4.1 赤魟的研究概况
4.1.1 赤魟形态学特征与生态习性
4.1.2 赤魟的研究进展
4.2 基于线粒体 DNA 控制区的赤魟分子系统地理学研究
4.2.1 前言
4.2.2 材料与方法
4.2.3 结果与分析
4.2.4 讨论
4.3 基于 AFLP 标记的赤魟分子系统地理学研究
4.3.1 前言
4.3.2 材料与方法
4.3.3 结果与分析
4.3.4 讨论
4.4 赤魟微卫星标记的开发和分子系统地理学研究
4.4.1 微卫星分子标记开发方法及研究进展
4.4.2 赤魟微卫星分子标记开发
4.4.3 赤魟种群的微卫星分析
4.4.4 结果与分析
4.4.5 讨论
第五章 魟属鱼类系统发育研究
5.1 魟属鱼类线粒体 DNA 控制区结构分析
5.1.1 前言
5.1.2 材料与方法
5.1.3 结果与分析
5.1.4 讨论
5.2 基于线粒体 DNA 序列片段的魟属鱼类系统发育分析
5.2.1 前言
5.2.2 材料与方法
5.2.3 结果与分析
5.2.4 讨论
第六章 总结
1 玉筋鱼和太平洋玉筋鱼的线粒体基因组结构
2 玉筋鱼南、北世系线粒体基因组的遗传分化
3 赤魟的种群遗传结构与系统地理格局
4 5种魟属鱼类的系统进化关系
5 线粒体 DNA、微卫星与 AFLP 三种标记的比较
参考文献
致谢
个人简历
在学期间的学术成果
【参考文献】：
期刊论文
[1]鱼类线粒体DNA重排研究进展[J]. 龚理,时伟,司李真,孔晓瑜. 动物学研究. 2013(06)
[2]牙鲆微卫星标记的开发及多态性分析[J]. 张潇峮,徐亘博,廖小林,张家波,陈松林. 水产学报. 2011(07)
[3]10种软骨鱼线粒体基因组特征分析[J]. 申欣,田美,孟学平,程汉良. 渔业科学进展. 2011(03)
[4]Molecular phylogeny and evolution of Scomber（Teleostei:Scombridae）based on mitochondrial and nuclear DNA sequences[J]. 程娇,高天翔,苗振清,YANAGIMOTO Takashi. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2011(02)
[5]两种玉筋鱼形态学与生物学特征比较[J]. 张辉,戴伟湘,张岩,高天翔,吉田英雄. 中国水产科学. 2011(01)
[6]五种鲟鱼线粒体控制区异质性和系统发育分析[J]. 王巍,朱华,胡红霞,田照辉,董颖. 动物学研究. 2009(05)
[7]海洋鱼类分子系统地理学研究进展[J]. 高天翔,任桂静,刘进贤,肖永双. 中国海洋大学学报(自然科学版). 2009(05)
[8]广东肇庆西江珍稀鱼类省级自然保护区鱼类多样性[J]. 李捷,李新辉,谭细畅,李跃飞,何美峰,罗建仁,林建志,苏少芳. 湖泊科学. 2009(04)
[9]对赤点石斑鱼多态性微卫星位点的跨种扩增和特征分析[J]. 董颖,韩洁,蔡厚才. 北京师范大学学报(自然科学版). 2008(05)
[10]从赤魟组织中分离到的福安肽的抗血管生成作用[J]. 廖铭能,于立坚,马润娣,苏伟明,黄来珍,于廷曦. 中国生化药物杂志. 2008(04)
博士论文
[1]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[2]应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化[D]. 时伟.中国海洋大学 2011
[3]斑鰶和青鳞小沙丁鱼的种群遗传结构与分子系统地理学研究[D]. 应一平.中国海洋大学 2011
[4]黄颡鱼微卫星标记的开发及其遗传连锁图谱的构建[D]. 张秀杰.华中农业大学 2010
[5]太平洋鲱和大头鳕的群体遗传学研究[D]. 刘名.中国海洋大学 2010
[6]半滑舌鳎微卫星标记开发、应用及遗传连锁图谱的构建[D]. 苗贵东.中国海洋大学 2010
[7]栉孔扇贝（Chlamys farreri）微卫星标记的筛选及应用[D]. 战爱斌.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]方氏云鳚和云鳚的形态学与遗传学研究[D]. 李琳.中国海洋大学 2013
[2]鲮微卫星分子标记的筛选及遗传多样性分析[D]. 刘佳瑶.上海海洋大学 2012
[3]中、日斑鰶耳石形态及线粒体基因组研究[D]. 潘晓哲.中国海洋大学 2012
[4]大泷六线鱼（Hexagrammos otakii）生物学特征与遗传多样性研究[D]. 刘奇.中国海洋大学 2010
[5]中、日白姑鱼的形态学和遗传学研究[D]. 李昂.中国海洋大学 2010
[6]斜带石斑鱼和赤点石斑鱼线粒体基因组全序列研究[D]. 庄轩.厦门大学 2007
本文编号：3364423
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3364423.html
