牛磺酸对红鳍东方鲀热应激转录调控机制的影响

发布时间：2021-08-27 23:11

　　为探究牛磺酸对红鳍东方鲀的热应激调控的影响,以初始体重为（32.28±0.20）g的红鳍东方鲀（Takifugurubripes）作为研究对象,实验随机分为3组,每组设置3个重复,通过在低鱼粉饲料中分别添加3个水平的牛磺酸[0%（T1,对照）、1.0%（T2）和5.0%（T3）],配制3组实验饲料。养殖56 d后,水温（28±0.3）℃,急性热应激30 min,取肝脏。使用RNA-Seq测序技术对3组红鳍东方鲀肝脏转录组进行分析,并分别对3个转录组测序文库进行两两比较,设置显著差异基因筛选条件为P<0.05,共获得167个差异表达基因,其中上调基因111个,下调基因56个。GO功能分析发现,在T3vs T1组中,差异表达基因（DEGs）显著富集在蛋白质分解过程、丝氨酸型内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸水解酶活性、内肽酶活性、L-氨基酸肽的肽酶活性和肽酶活性。KEGG富集分析发现,T2vs T1组中,这些DEGs主要参与细胞黏附分子、神经活性配体-受体相互作用通路;而T3vs T1组中,这些DEGs主要参与神经活性配体受体相互作用和代谢途径。选取3个显著差异表达基因进行实时荧光... 

【文章来源】：中国水产科学. 2020,27(10)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

RT-q PCR与RNA-seq检测基因差异倍数比较图

如图1所示,在急性热应激后,T2 vs T1组共得到13个差异表达基因,其中包括11个上调表达基因,2个下调表达基因;T3 vs T1组共得到154个差异表达基因,其中包括100个上调表达基因,54个下调表达基因。对所有基因进行FPKM层次聚类分析,得到结果如图2所示。以log2(ratios)值进行聚类,图中红色代表基因高表达,蓝色代表基因低表达,从红到蓝表明log2(ratios)值从大到小,即基因表达量从高到低。图2 差异表达基因聚类图

差异表达基因聚类图

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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硕士论文
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[2]花斑裸鲤低氧胁迫转录组学及其主要差异基因表达调控研究[D]. 赵永丽.青海大学 2018
[3]基于转录组技术揭示红鳍东方鲀的渗透压调节机制[D]. 孙梦蕾.大连海洋大学 2017
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本文编号：3367283