大连紫海胆性腺microRNA性别差异表达谱分析及靶基因预测
发布时间：2021-09-22 18:53
microRNA是一类内源的小非编码RNA，通过转录后抑制mRNA从而调控基因表达，在动物的个体发育、细胞分化、组织器官的形成等过程中发挥重要的作用。海胆隶属于棘皮动物门，是发育研究的模式生物，同时是一种重要的海洋经济动物，其性腺具有很高的经济价值。然而，到目前为止有关海胆性腺分化相关miRNA的尚未见报道。为此，本研究利用第二代高通量测序solexa测序平台构分别构建了成熟大连紫海胆雌雄性腺miRNA文库，鉴定了雌雄性腺组织中保守的miRNA和新miRNA。进一步对本次鉴定的miRNA进行组织差异表达分析，并对差异极大的miRNA预测靶基因和靶基因的GO功能注释。本研究首次揭示了大连紫海胆性腺分化的miRNA表达谱，并分析了海胆miRNA表达的性别差异。本研究主要结果如下：1.通过对雄性海胆性腺组织和雌性海胆性腺组织的测序，雄性海胆性腺样本共获得原始序列7,012,368条，用于miRNA分析的干净的序列2,146,398条，雌性海胆性腺样本共获得1,5159,991条原始数据，8,522,275条干净的序列。2.按照miRNA数据库和海胆基因组的比对情况，本研究共鉴定了66种保守的...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
动物miRNA的形成模式图
图 1-2 miRNA 介导的 mRNA 降解和翻译抑制Fig.1-2 mRNA cleavage and translational repression targeted by miRNA最近有科学家在对人、小鼠、大鼠和犬的基因组比对分析中指出，在 3′UTR 区域存在大量的调节结构域，而近一半的这些调节结构域与 miRNA 的调节有关，如 Johnston RJ 等发现线虫中的 miR-273 在 ASER 中表达，并结合其抑制靶基因 DIE-1(lsy-6 的上游调控因子)的 3′-UTR 区，最终促使 GCY-5 高表达且抑制 GCY-7 的表达，影响线虫的发育(Chang et al. 2004)。已有研究表明，miRNA 结合位点不只存在于 3’UTR 区，也存在于 5’UTR 区(Lytle et al. 2007; Lahiri et al. 2008; Lee et al. 2008)和基因编码区(Gu et al.5
图 2-1 小 RNA 建库流程Fig.2-1 The flow chart of construction of small RNA library2.2.4 小 RNA 测序分析下机后将使用联川生物的 ACGT101-miR v4.2 分析平台进行序列 pipeline 分析。在碱基测定和质量分数测定后得到原始序列 raw reads。然后将 Raw data 相同的序列归类到同一个 unique family 形成 Unique 序列，并且统计 Copy 数目。然后，去除由于样品制备，测序化学与处理以及测序仪器的光学数码处理而产生的非纯序列。最后去除接头序列和低质量的序列(即除垃圾序列，指序列中有 80%A，或 C，或 G，或 T，3N（不一定是连续的），只有 A、C 没有 G、T，或只有 G、T 没有 A、C，或者是连续的核苷酸二聚体，三聚体的序列。)后，再去除碱基长度小于 16 和大于 29 的序列和拷贝数小于 的序列后，得到的长度在 16~29nt 的序列作为可比对序列（mappable reads）。可比对序列将进一步用于小 RNA 预测。可比对序列将首先通过 Blast 分别比对到 Repbase 数据库、mRNA 序列以及 Rfam 数据库以鉴定并去除重复序列、mRNA 和除 miRNA 以外的小 RNA（rRNA、tRNA、snRNA
【参考文献】：
期刊论文
[1]虾夷马粪海胆不同家系和性别间性腺性状的比较[J]. 常亚青,张伟杰,丁君,石生宝,赵冲,张勃. 水产学报. 2010(07)
[2]miRNA在免疫系统中的研究进展[J]. 薛茜,杨安钢. 细胞与分子免疫学杂志. 2010(01)
[3]MicroRNA作用机制研究的新进展[J]. 赵爽,刘默芳. 中国科学（C辑:生命科学）. 2009(01)
[4]microRNA与免疫系统[J]. 丁瑜,张学峰,张嘉保. 中国生物制品学杂志. 2008(12)
[5]MicroRNA调控造血干细胞发育[J]. 孙建国,廖荣霞,周度金. 中国生物化学与分子生物学报. 2008(07)
[6]我国海胆养殖现状及存在问题[J]. 周玮,孙俭,王俊杰,杜俊义. 水产科学. 2008(03)
[7]海胆的生态习性及其养殖实用技术[J]. 蔡玉婷. 中国水产. 2006(08)
[8]海胆杂交育种技术研究进展[J]. 王丽梅. 水产科学. 2005(03)
[9]几种经济海胆生殖腺的研究进展[J]. 袁修宝,曾晓起. 海洋湖沼通报. 2004(02)
[10]三种海胆性腺总脂的脂肪酸组成的研究[J]. 童圣英,陈炜,由学策,刘焕亮. 水产学报. 1998(03)
博士论文
[1]牙鲆变态过程中microRNA的表达及其功能分析[D]. 付元帅.上海海洋大学 2011
[2]猪不同发育阶段microRNA转录组的鉴定[D]. 罗宗刚.四川农业大学 2011
硕士论文
[1]光棘球海胆MYP基因非编码区序列及其SNPs分析[D]. 耿慧君.辽宁师范大学 2009
本文编号：3404222
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：63 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
动物miRNA的形成模式图
图 1-2 miRNA 介导的 mRNA 降解和翻译抑制Fig.1-2 mRNA cleavage and translational repression targeted by miRNA最近有科学家在对人、小鼠、大鼠和犬的基因组比对分析中指出，在 3′UTR 区域存在大量的调节结构域，而近一半的这些调节结构域与 miRNA 的调节有关，如 Johnston RJ 等发现线虫中的 miR-273 在 ASER 中表达，并结合其抑制靶基因 DIE-1(lsy-6 的上游调控因子)的 3′-UTR 区，最终促使 GCY-5 高表达且抑制 GCY-7 的表达，影响线虫的发育(Chang et al. 2004)。已有研究表明，miRNA 结合位点不只存在于 3’UTR 区，也存在于 5’UTR 区(Lytle et al. 2007; Lahiri et al. 2008; Lee et al. 2008)和基因编码区(Gu et al.5
图 2-1 小 RNA 建库流程Fig.2-1 The flow chart of construction of small RNA library2.2.4 小 RNA 测序分析下机后将使用联川生物的 ACGT101-miR v4.2 分析平台进行序列 pipeline 分析。在碱基测定和质量分数测定后得到原始序列 raw reads。然后将 Raw data 相同的序列归类到同一个 unique family 形成 Unique 序列，并且统计 Copy 数目。然后，去除由于样品制备，测序化学与处理以及测序仪器的光学数码处理而产生的非纯序列。最后去除接头序列和低质量的序列(即除垃圾序列，指序列中有 80%A，或 C，或 G，或 T，3N（不一定是连续的），只有 A、C 没有 G、T，或只有 G、T 没有 A、C，或者是连续的核苷酸二聚体，三聚体的序列。)后，再去除碱基长度小于 16 和大于 29 的序列和拷贝数小于 的序列后，得到的长度在 16~29nt 的序列作为可比对序列（mappable reads）。可比对序列将进一步用于小 RNA 预测。可比对序列将首先通过 Blast 分别比对到 Repbase 数据库、mRNA 序列以及 Rfam 数据库以鉴定并去除重复序列、mRNA 和除 miRNA 以外的小 RNA（rRNA、tRNA、snRNA
【参考文献】：
期刊论文
[1]虾夷马粪海胆不同家系和性别间性腺性状的比较[J]. 常亚青,张伟杰,丁君,石生宝,赵冲,张勃. 水产学报. 2010(07)
[2]miRNA在免疫系统中的研究进展[J]. 薛茜,杨安钢. 细胞与分子免疫学杂志. 2010(01)
[3]MicroRNA作用机制研究的新进展[J]. 赵爽,刘默芳. 中国科学（C辑:生命科学）. 2009(01)
[4]microRNA与免疫系统[J]. 丁瑜,张学峰,张嘉保. 中国生物制品学杂志. 2008(12)
[5]MicroRNA调控造血干细胞发育[J]. 孙建国,廖荣霞,周度金. 中国生物化学与分子生物学报. 2008(07)
[6]我国海胆养殖现状及存在问题[J]. 周玮,孙俭,王俊杰,杜俊义. 水产科学. 2008(03)
[7]海胆的生态习性及其养殖实用技术[J]. 蔡玉婷. 中国水产. 2006(08)
[8]海胆杂交育种技术研究进展[J]. 王丽梅. 水产科学. 2005(03)
[9]几种经济海胆生殖腺的研究进展[J]. 袁修宝,曾晓起. 海洋湖沼通报. 2004(02)
[10]三种海胆性腺总脂的脂肪酸组成的研究[J]. 童圣英,陈炜,由学策,刘焕亮. 水产学报. 1998(03)
博士论文
[1]牙鲆变态过程中microRNA的表达及其功能分析[D]. 付元帅.上海海洋大学 2011
[2]猪不同发育阶段microRNA转录组的鉴定[D]. 罗宗刚.四川农业大学 2011
硕士论文
[1]光棘球海胆MYP基因非编码区序列及其SNPs分析[D]. 耿慧君.辽宁师范大学 2009
本文编号：3404222
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3404222.html
