齐口裂腹鱼抗病毒和抗细菌免疫的脾脏转录组分析
发布时间：2021-09-24 03:49
齐口裂腹鱼是我国著名的特种冷水经济鱼类,具有较高的经济价值和营养价值,主要分布于我国西南地区。随着水产养殖业的不断发展,齐口裂腹鱼的人工养殖技术逐渐普及,为水产养殖业创造了巨大的经济价值。然而,这种高密度的人工养殖会引发诸多疾病的爆发,造成经济损失。因此,深入了解齐口裂腹鱼抗病免疫的机制有利于制定合理的疾病预防措施,减少疾病的爆发,降低养殖风险。鉴此,我们利用Poly（I:C）和LPS分别模拟病毒和细菌的感染,结合转录组分析技术从基因表达层面上分析齐口裂腹鱼的抗病免疫机制。利用Poly（I:C）和LPS进行免疫刺激后,我们成功地构建了其脾脏组织的转录组文库,通过RNA-seq进行测序并利用Trinity软件进行从头拼接,获得三个转录组的数万个unigene,再利用不同数据库对它们进行功能注释分析,如NT、NR、GO、COG、KEGG等。随后,分两组[Poly（I:C）VSPBS和LPS VS PBS]进行基因的差异表达分析,将获得的差异表达基因（DEGs）进行GO和KEGG富集分析,并筛选出免疫相关的差异表达基因。在此基础上,筛选出Poly（I:C）组的部分关键基因进行qPCR验证。最...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－２不同转录组测序技术的流程［２ＱＩ??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ??
??酸测序反应，通过检测反应发出的荧光信号解读出ＤＮＡ序列，见图１－３。此测序平??台在测序时，有着测序读长较长和耗时短的优点，例如其中的Ｒｏｃｈｅ?ＧＳＦＬＸ＋的读??长可达到１?ｋｂ，一轮测序时长仅为２３ｈ［２３］。与传统的Ｓａｎｇｅｒ法测序相比，Ｒｏｃｈｅ?４５４??平台在保证了较高测序准确率的同时也大大降低了测序的成本，因此被广泛地用于??转录组测序、外显子测序、微生物基因组分析等生物学研究。但是还存在样品制备??复杂、单碱基重复区测序率低、费用还稍高等缺点，且很难再进一步改良，因此在??２０１６宣布停产。??截珠??／?＼?Ａ乳液ＰＣＲ?／?＼??诗料ｆ?‘?？￣——？?！?－?／?？卜賴、（）—，丨?，??制备馨阙文库?乳化的磁珠??／?丁一丁?Ａ－Ｔ?Ｃ—Ｇ?Ｃ—Ｃ?Ａ—Ｇ?Ｔ?Ｃ．????????｜?／?Ｉ?ＤＮＡ?聚合的??象?７?Ａ??Ａｊ＾＼?＼??Ｙ?＼?＼?Ｆ?—ｔ锨終??．１??汗?ｉ?、??ｊ＼?＼?－ＡｐｙｆｓｗＭｒ??丄、?＼?為！１？赚化薄＾＾??Ｕｍ，?＼?ＡＪ＊Ｓ＾＋乂：光；爾?ＡＭＰ??＼?＼ｌＶ?Ｃ魏农一一，??鳴?＼??图１－３?Ｒｏｃｈｅ４５４测序平台的原理图［２２］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?Ｒｏｃｈｅ４５４?ｐｌａｔｆｏｒｍ??（２）Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序平台??Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序平台是目前应用最广泛的二代测序技术
在２００７年和２０１０年分别推出了第一个测序平台和新的ＳＯＬｉＤ５５００ＸＬ。该平台的??基本原理与Ｒｏｃｈｅ?４５４相似，都是微乳液ＰＣＲ，不同的是ＳＯＬｉＤ采用的是寡核苷酸??连接测序而非焦磷酸测序，见图１－５。??该测序平台的具体操作过程是首先将ＤＮＡ片段加上接头，连接到磁珠，然后??将磁珠乳化并在乳液滴中进行微乳化ＰＣＲ反应。将微乳化ＰＣＲ反应的产物连接到??ＳＯＬｉＤ玻片上，通过互补反应和连接反应进行测序。在测序反应中，采用四种荧光??标记碱基，组合为１６种二核苷酸碱基，以不同测序反应确定碱基组成。这种双碱??基编码原理使得每个碱基位点会被检测两次，由此获得的序列准确率可达到９９．９４％，??９??
【参考文献】：
期刊论文
[1]齐口裂腹鱼常见疾病及其防治措施[J]. 李玲雅,李明朔,朱龙,吴燕秋,周燕. 当代水产. 2016(09)
[2]下一代基因测序技术新进展[J]. 张小珍,尤崇革. 兰州大学学报(医学版). 2016(03)
[3]新一代测序技术的发展和应用[J]. 田李,张颖,赵云峰. 生物技术通报. 2015(11)
[4]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
[5]齐口裂腹鱼的人工繁殖与苗种培育[J]. 董艳珍,邓思红. 水产科学. 2011(10)
[6]转录组平台技术及其在代谢工程中的应用[J]. 史硕博,陈涛,赵学明. 生物工程学报. 2010(09)
[7]我国齐口裂腹鱼的研究现状[J]. 谢佳燕. 安徽农业科学. 2010(25)
[8]硬骨鱼免疫系统的组成与免疫应答机制研究进展[J]. 王卫卫,吴谡琦,孙修勤,樊廷俊. 海洋科学进展. 2010(02)
[9]β-葡聚糖对齐口裂腹鱼生长及免疫功能的影响[J]. 张辽,温安祥. 动物营养学报. 2009(05)
[10]EST技术及其应用综述[J]. 于凤池. 中国农学通报. 2005(02)
博士论文
[1]基于SAGE技术的家蚕基因表达谱研究[D]. 黄健华.中国科学院研究生院（上海生命科学研究院） 2007
本文编号：3407034
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－２不同转录组测序技术的流程［２ＱＩ??Ｆｉｇｕｒｅ?１－２?Ｔｈｅ?ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ?ｏｆ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ??
??酸测序反应，通过检测反应发出的荧光信号解读出ＤＮＡ序列，见图１－３。此测序平??台在测序时，有着测序读长较长和耗时短的优点，例如其中的Ｒｏｃｈｅ?ＧＳＦＬＸ＋的读??长可达到１?ｋｂ，一轮测序时长仅为２３ｈ［２３］。与传统的Ｓａｎｇｅｒ法测序相比，Ｒｏｃｈｅ?４５４??平台在保证了较高测序准确率的同时也大大降低了测序的成本，因此被广泛地用于??转录组测序、外显子测序、微生物基因组分析等生物学研究。但是还存在样品制备??复杂、单碱基重复区测序率低、费用还稍高等缺点，且很难再进一步改良，因此在??２０１６宣布停产。??截珠??／?＼?Ａ乳液ＰＣＲ?／?＼??诗料ｆ?‘?？￣——？?！?－?／?？卜賴、（）—，丨?，??制备馨阙文库?乳化的磁珠??／?丁一丁?Ａ－Ｔ?Ｃ—Ｇ?Ｃ—Ｃ?Ａ—Ｇ?Ｔ?Ｃ．????????｜?／?Ｉ?ＤＮＡ?聚合的??象?７?Ａ??Ａｊ＾＼?＼??Ｙ?＼?＼?Ｆ?—ｔ锨終??．１??汗?ｉ?、??ｊ＼?＼?－ＡｐｙｆｓｗＭｒ??丄、?＼?為！１？赚化薄＾＾??Ｕｍ，?＼?ＡＪ＊Ｓ＾＋乂：光；爾?ＡＭＰ??＼?＼ｌＶ?Ｃ魏农一一，??鳴?＼??图１－３?Ｒｏｃｈｅ４５４测序平台的原理图［２２］??Ｆｉｇｕｒｅ?１－３?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?Ｒｏｃｈｅ４５４?ｐｌａｔｆｏｒｍ??（２）Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序平台??Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序平台是目前应用最广泛的二代测序技术
在２００７年和２０１０年分别推出了第一个测序平台和新的ＳＯＬｉＤ５５００ＸＬ。该平台的??基本原理与Ｒｏｃｈｅ?４５４相似，都是微乳液ＰＣＲ，不同的是ＳＯＬｉＤ采用的是寡核苷酸??连接测序而非焦磷酸测序，见图１－５。??该测序平台的具体操作过程是首先将ＤＮＡ片段加上接头，连接到磁珠，然后??将磁珠乳化并在乳液滴中进行微乳化ＰＣＲ反应。将微乳化ＰＣＲ反应的产物连接到??ＳＯＬｉＤ玻片上，通过互补反应和连接反应进行测序。在测序反应中，采用四种荧光??标记碱基，组合为１６种二核苷酸碱基，以不同测序反应确定碱基组成。这种双碱??基编码原理使得每个碱基位点会被检测两次，由此获得的序列准确率可达到９９．９４％，??９??
【参考文献】：
期刊论文
[1]齐口裂腹鱼常见疾病及其防治措施[J]. 李玲雅,李明朔,朱龙,吴燕秋,周燕. 当代水产. 2016(09)
[2]下一代基因测序技术新进展[J]. 张小珍,尤崇革. 兰州大学学报(医学版). 2016(03)
[3]新一代测序技术的发展和应用[J]. 田李,张颖,赵云峰. 生物技术通报. 2015(11)
[4]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
[5]齐口裂腹鱼的人工繁殖与苗种培育[J]. 董艳珍,邓思红. 水产科学. 2011(10)
[6]转录组平台技术及其在代谢工程中的应用[J]. 史硕博,陈涛,赵学明. 生物工程学报. 2010(09)
[7]我国齐口裂腹鱼的研究现状[J]. 谢佳燕. 安徽农业科学. 2010(25)
[8]硬骨鱼免疫系统的组成与免疫应答机制研究进展[J]. 王卫卫,吴谡琦,孙修勤,樊廷俊. 海洋科学进展. 2010(02)
[9]β-葡聚糖对齐口裂腹鱼生长及免疫功能的影响[J]. 张辽,温安祥. 动物营养学报. 2009(05)
[10]EST技术及其应用综述[J]. 于凤池. 中国农学通报. 2005(02)
博士论文
[1]基于SAGE技术的家蚕基因表达谱研究[D]. 黄健华.中国科学院研究生院（上海生命科学研究院） 2007
本文编号：3407034
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3407034.html
