半滑舌鳎性别逆转整合组学分析
发布时间：2021-10-24 11:31
性别逆转（sex reversal）是一种广泛存在于昆虫、两栖动物、爬行动物和鱼类等物种中复杂的生物学现象,在性别逆转使生物群体的性别比例发生改变,增加育种难度。半滑舌鳎是我国黄海区和渤海区重要的海水养殖品种之一,因其具有肉质鲜嫩可口,养殖周期短,经济价值高等优点受到人们的欢迎。半滑舌鳎为ZW型性染色体类型,两性差异明显,雌鱼的生长速度大约是雄鱼的2～4倍,在其生长发育到50-120日龄时,部分遗传雌鱼完全逆转成生理雄鱼,即伪雄鱼,且此逆转过程单向不可逆。导致群体中雌性率降低,增加了苗种成本和管理成本。本研究通过将转录组和蛋白组相结合的多组学分析方法对半滑舌鳎雌鱼和伪雄鱼性腺组织中基因和蛋白的表达进行详细功能分析,目的是揭示与性别逆转相关的基因及其调控网络。主要分析结果如下:1)转录组研究:采用Illumina Hi Seq Xten测序方法对雌鱼和伪雄鱼性腺进行转录组测序。测序结果共得到46,317个转录本和25,761个基因,本研究将log2FC≥2和pvalue<0.05作为筛选差异表达基因的条件,共筛选出差异表达基因1893个。在1893个差异表达基因中透明带上的精子结合...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
半滑舌鳎遗传性别鉴定Fig.3-1Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole
上海海洋大学硕士学位论文23第三章结果3.1性别鉴定结果3.1.1遗传性别鉴定结果使用半滑舌鳎特异微卫星标记进行遗传性别鉴定，2%的琼脂糖凝胶电泳检测并根据条带情况判定遗传性别。出现169bp和134bp两条带的为遗传雌鱼，只出现一条169bp条带的，其遗传性别为雄鱼（见图3-1）。遗传雌鱼48尾，雄鱼47尾。图3-1半滑舌鳎遗传性别鉴定Fig.3-1Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole3.1.2生理性别鉴定结果及组织切片验证根据Jiang和Li[6]及Cui等[10]的方法测序验证Cyn_Z_6676874和Cyn_Z_8564889两个位点的基因型。个体性腺切片图：图3-2半滑舌鳎性腺组织切片图注：a:雌鱼性腺切片；b:伪雄鱼性腺切片图Fig.3-2Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole
上海海洋大学硕士学位论文25图3-3RNA-Seq数据富集分析FPKM作为基因的表达量进行富集分析，fm:雌鱼，pm:伪雄鱼Fig.3-3ClusteranalysisofRNA-Seqdatasets.FPKMwastakenastheexpressionlevelofgenes.fm:female,pm:pseudomale.3.2.3生物信息分析结果GO富集分析表明雌鱼和伪雄鱼差异表达基因显著富集到49个GOterm（p<0.05）。其中，雌鱼高表达的785个基因富集到32个GOterm上（图3-4a），伪雄鱼高表达的1108个基因富集到17个GOterm上（图3-5a）。雌鱼中高表达基因富集到的32个GOterm中，DNA复制起始富集显著性最高。另外，在基因参与的生物学过程中还富集到wnt信号传导途径，细胞发育和卵母细胞成熟3个term中。细胞组分类别中细胞外空间富集到的差异基因数目最多。在分子功能类别中，转化生长因子β受体结合富集最显著，此外，富集显著性最高的3个term是生长因子活性，甲基转移酶活性和细胞因子活性。伪雄鱼中高表达基因富集到的17个GOterm中，自噬富集最显著，而细胞质组分富集的差异基因最多。
【参考文献】：
期刊论文
[1]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）真、伪雄鱼群体表型和遗传性状分析[J]. 李洪,田永胜,李祥孔,陈张帆,宋莉妮,段会敏. 渔业科学进展. 2017(03)
[2]珍稀药用植物珠子参的转录组测序及分析[J]. 张绍鹏,金健,胡炳雄,吴亚运,闫祺,曾万勇,郑用琏,张西峰,陈平. 中国中药杂志. 2015(11)
[3]半滑舌鳎性别特异微卫星标记的SCAR转化及其应用[J]. 刘洋,陈松林,高峰涛,孟亮,胡乔木,宋文涛,邵长伟,吕为群. 农业生物技术学报. 2014(06)
[4]鲫Dmrt3基因的克隆和表达分析[J]. 王佳,罗琛. 水生生物学报. 2014(03)
[5]应用iTRAQ-HPLC-MS技术筛选奶牛脂肪肝病尿液蛋白标志物[J]. 孙雨航,夏成,舒适,孙玲伟,徐闯. 畜牧兽医学报. 2014(05)
[6]基因芯片技术在植物中的应用研究进展[J]. 刘思言,沈铖武,王丕武. 广东农业科学. 2013(08)
[7]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[8]半滑舌鳎快速生长及高雌性家系的筛选[J]. 陈松林,李仰真,张静,刘寿堂,孙德强,杜民,梁卓,刘峰,胡乔木,邵长伟,刘珊珊. 水产学报. 2013(04)
[9]半滑舌鰨养殖群体雌雄比例与自然性逆转率[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,杜民,刘姗姗,胡乔木. 中国水产科学. 2013(01)
[10]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
博士论文
[1]运用2D-LC-MS/MS结合iTRAQ技术筛选人肺腺癌质膜蛋白质标志物[D]. 张鹏飞.中南大学 2012
[2]榛子花芽转录组文库的Solexa测序及冷调节基因的表达谱分析[D]. 陈新.中国林业科学研究院 2011
[3]半滑舌鳎性别相关基因P450芳香化酶、FTZ-F1和DMRT1基因克隆及表达分析[D]. 邓思平.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]金钱鱼雌雄性腺转录组分析及性类固醇激素水平的研究[D]. 何飞祥.广东海洋大学 2019
[2]基于转录组测序的棘头梅童鱼四个生殖发育相关基因研究[D]. 李羽.上海海洋大学 2019
本文编号：3455206
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
半滑舌鳎遗传性别鉴定Fig.3-1Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole
上海海洋大学硕士学位论文23第三章结果3.1性别鉴定结果3.1.1遗传性别鉴定结果使用半滑舌鳎特异微卫星标记进行遗传性别鉴定，2%的琼脂糖凝胶电泳检测并根据条带情况判定遗传性别。出现169bp和134bp两条带的为遗传雌鱼，只出现一条169bp条带的，其遗传性别为雄鱼（见图3-1）。遗传雌鱼48尾，雄鱼47尾。图3-1半滑舌鳎遗传性别鉴定Fig.3-1Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole3.1.2生理性别鉴定结果及组织切片验证根据Jiang和Li[6]及Cui等[10]的方法测序验证Cyn_Z_6676874和Cyn_Z_8564889两个位点的基因型。个体性腺切片图：图3-2半滑舌鳎性腺组织切片图注：a:雌鱼性腺切片；b:伪雄鱼性腺切片图Fig.3-2Geneticsexidentificationofhalf-smoothtonguesole
上海海洋大学硕士学位论文25图3-3RNA-Seq数据富集分析FPKM作为基因的表达量进行富集分析，fm:雌鱼，pm:伪雄鱼Fig.3-3ClusteranalysisofRNA-Seqdatasets.FPKMwastakenastheexpressionlevelofgenes.fm:female,pm:pseudomale.3.2.3生物信息分析结果GO富集分析表明雌鱼和伪雄鱼差异表达基因显著富集到49个GOterm（p<0.05）。其中，雌鱼高表达的785个基因富集到32个GOterm上（图3-4a），伪雄鱼高表达的1108个基因富集到17个GOterm上（图3-5a）。雌鱼中高表达基因富集到的32个GOterm中，DNA复制起始富集显著性最高。另外，在基因参与的生物学过程中还富集到wnt信号传导途径，细胞发育和卵母细胞成熟3个term中。细胞组分类别中细胞外空间富集到的差异基因数目最多。在分子功能类别中，转化生长因子β受体结合富集最显著，此外，富集显著性最高的3个term是生长因子活性，甲基转移酶活性和细胞因子活性。伪雄鱼中高表达基因富集到的17个GOterm中，自噬富集最显著，而细胞质组分富集的差异基因最多。
【参考文献】：
期刊论文
[1]半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）真、伪雄鱼群体表型和遗传性状分析[J]. 李洪,田永胜,李祥孔,陈张帆,宋莉妮,段会敏. 渔业科学进展. 2017(03)
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[7]非模式生物转录组研究[J]. 刘红亮,郑丽明,刘青青,权富生,张涌. 遗传. 2013(08)
[8]半滑舌鳎快速生长及高雌性家系的筛选[J]. 陈松林,李仰真,张静,刘寿堂,孙德强,杜民,梁卓,刘峰,胡乔木,邵长伟,刘珊珊. 水产学报. 2013(04)
[9]半滑舌鰨养殖群体雌雄比例与自然性逆转率[J]. 梁卓,陈松林,张静,宋文涛,杜民,刘姗姗,胡乔木. 中国水产科学. 2013(01)
[10]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
博士论文
[1]运用2D-LC-MS/MS结合iTRAQ技术筛选人肺腺癌质膜蛋白质标志物[D]. 张鹏飞.中南大学 2012
[2]榛子花芽转录组文库的Solexa测序及冷调节基因的表达谱分析[D]. 陈新.中国林业科学研究院 2011
[3]半滑舌鳎性别相关基因P450芳香化酶、FTZ-F1和DMRT1基因克隆及表达分析[D]. 邓思平.中国海洋大学 2007
硕士论文
[1]金钱鱼雌雄性腺转录组分析及性类固醇激素水平的研究[D]. 何飞祥.广东海洋大学 2019
[2]基于转录组测序的棘头梅童鱼四个生殖发育相关基因研究[D]. 李羽.上海海洋大学 2019
本文编号：3455206
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