日本囊对虾早期胚胎转录组的测序与分析及其POU3基因的克隆与表达研究
发布时间：2021-10-31 18:41
日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）,又名日本对虾，是国内外主要海水养殖对虾品种之一，具有较强抗病力，受到养殖业者的青睐。然而目前日本囊对虾的基因组序列信息还比较匮乏，分子遗传基础也很薄弱，遗传育种工作也属于起步阶段，进而影响到与之相关的功能基因的开发和分子育种的实践。因此，本研究拟利用新一代高通量Illumina测序技术，对日本囊对虾早期胚胎（原肠胚时期）进行转录组测序，通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类，发掘与生长、繁殖、代谢和抗病等相关性状的候选基因，从而为后续研究对虾功能基因和分子育种实践提供有价值信息。同时，利用RT-PCR技术，对日本囊对虾转录因子Mj-POU3进行基因克隆和特异性表达分析，并构建真核表达载体pcDNA3.1-Ptctp-POU3，为进一步探究其在细胞中的表达和作用奠定了基础。应用Illumina高通量测序技术，对日本囊对虾早期胚胎进行转录组测序获得如下结果：（1）共获得108，320，302条高质量序列，通过序列拼接得到67183个转录本（Transcripts）和46661个单基因簇（Unigenes），Transc...
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
生物信息学分析流程图
检测结果 的量不高，所以为得到不少于 3法；为了后续的构建文库对高质5%乙醇洗涤。所提取的总 RNA 的琼 RNA 的 28 S 和 18 S 条带均清晰明 较完整，没有发生明显的降解。发现所提取的 RNA 的 A260/A280 的1124 ng/ul，共38 ul，表明总RN求。
测序错误率分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析[J]. 曾地刚,陈秀荔,谢达祥,赵永贞,杨春玲,马宁,李咏梅,陈晓汉. 基因组学与应用生物学. 2013(03)
[2]BAC end sequencing of Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei: a glimpse into the genome of Penaeid shrimp[J]. 赵翠,张晓军,柳承璋,郇聘,李富花,相建海,黄超. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2012(03)
[3]凡纳滨对虾基因组fosmid文库的构建及钙离子通道基因的筛选[J]. 马宁,曾地刚,陈晓汉. 武汉大学学报(理学版). 2010(03)
[4]转录组学在药用植物研究中的应用[J]. 吴琼,孙超,陈士林,罗红梅,李滢,孙永珍,牛云云. 世界科学技术(中医药现代化). 2010(03)
[5]中国对虾遗传连锁图谱的构建[J]. 李健,刘萍,王清印,李朝霞,孙昭宁,何玉英. 水产学报. 2008(02)
[6]日本囊对虾基因组小卫星的特征分析[J]. 栾生,孔杰,王清印,高焕,王伟继,张庆文. 水产学报. 2007(02)
[7]凡纳滨对虾微卫星DNA的筛选及其特性的研究[J]. 贾智英,全迎春,梁利群,孙效文. 上海水产大学学报. 2007(01)
[8]MAPK信号转导通路与HCMV感染[J]. 刘永俊,邹文辉,李建锋. 西北民族大学学报(自然科学版). 2005(03)
[9]半定量RT-PCR法测定链球菌透明质酸合酶mRNA的水平[J]. 石艳丽,郭学平,王凤山,凌沛学. 食品与药品. 2005(02)
[10]POU结构域家族在耳科学中的研究进展[J]. 刘娅,孙建军,孔维佳. 国外医学.耳鼻咽喉科学分册. 2004(06)
博士论文
[1]越橘果实转录组文库Solexa测序及花色素苷合成相关基因的表达分析[D]. 李晓艳.吉林农业大学 2012
[2]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[3]扇贝、对虾基因组BAC文库构建及其重要功能基因的初步筛选和分析[D]. 张洋.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2008
硕士论文
[1]Oct4蛋白在非小细胞肺癌中的表达及临床意义的研究[D]. 刘衡.泸州医学院 2012
[2]凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨[D]. 严雪平.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2011
本文编号：3468652
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：88 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
生物信息学分析流程图
检测结果 的量不高，所以为得到不少于 3法；为了后续的构建文库对高质5%乙醇洗涤。所提取的总 RNA 的琼 RNA 的 28 S 和 18 S 条带均清晰明 较完整，没有发生明显的降解。发现所提取的 RNA 的 A260/A280 的1124 ng/ul，共38 ul，表明总RN求。
测序错误率分布图
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序的凡纳滨对虾的转录组分析[J]. 曾地刚,陈秀荔,谢达祥,赵永贞,杨春玲,马宁,李咏梅,陈晓汉. 基因组学与应用生物学. 2013(03)
[2]BAC end sequencing of Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei: a glimpse into the genome of Penaeid shrimp[J]. 赵翠,张晓军,柳承璋,郇聘,李富花,相建海,黄超. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2012(03)
[3]凡纳滨对虾基因组fosmid文库的构建及钙离子通道基因的筛选[J]. 马宁,曾地刚,陈晓汉. 武汉大学学报(理学版). 2010(03)
[4]转录组学在药用植物研究中的应用[J]. 吴琼,孙超,陈士林,罗红梅,李滢,孙永珍,牛云云. 世界科学技术(中医药现代化). 2010(03)
[5]中国对虾遗传连锁图谱的构建[J]. 李健,刘萍,王清印,李朝霞,孙昭宁,何玉英. 水产学报. 2008(02)
[6]日本囊对虾基因组小卫星的特征分析[J]. 栾生,孔杰,王清印,高焕,王伟继,张庆文. 水产学报. 2007(02)
[7]凡纳滨对虾微卫星DNA的筛选及其特性的研究[J]. 贾智英,全迎春,梁利群,孙效文. 上海水产大学学报. 2007(01)
[8]MAPK信号转导通路与HCMV感染[J]. 刘永俊,邹文辉,李建锋. 西北民族大学学报(自然科学版). 2005(03)
[9]半定量RT-PCR法测定链球菌透明质酸合酶mRNA的水平[J]. 石艳丽,郭学平,王凤山,凌沛学. 食品与药品. 2005(02)
[10]POU结构域家族在耳科学中的研究进展[J]. 刘娅,孙建军,孔维佳. 国外医学.耳鼻咽喉科学分册. 2004(06)
博士论文
[1]越橘果实转录组文库Solexa测序及花色素苷合成相关基因的表达分析[D]. 李晓艳.吉林农业大学 2012
[2]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012
[3]扇贝、对虾基因组BAC文库构建及其重要功能基因的初步筛选和分析[D]. 张洋.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2008
硕士论文
[1]Oct4蛋白在非小细胞肺癌中的表达及临床意义的研究[D]. 刘衡.泸州医学院 2012
[2]凡纳滨对虾肠道微生物宏基因组测序初步分析及培养条件的探讨[D]. 严雪平.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2011
本文编号：3468652
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