基于线粒体D-loop区序列的中华鳖不同群体遗传差异分析

发布时间：2021-11-18 18:27

　　2018年5—11月期间,在太湖流域苏州太仓和武进及洪泽湖流域宿迁泗洪地区采集69尾野生中华鳖Trionyx sinensis三个群体（太湖花鳖群体、太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体）,测定分析腿部肌肉的线粒体D-loop区序列。结果显示,在获得的约515 bp碱基序列中,片段的同源性达到95.76%;存在变异的核苷酸位点共12个,总变异率为2.43%;太湖花鳖群体、太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体的核苷酸多样性（π）分别为0.0031、0.0014和0.0046,群内序列同源性分别为99.23%、99.14%和98.95%;三个群体间遗传距离为0.0479,太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体遗传距离最小（0.0165）,太湖花鳖群体和洪泽湖鳖群体遗传距离最大（0.0499）。用MEGA5.1软件构建的分子系统树表明,三个群体明显分为两支,太湖花鳖群体单独聚类,太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体混合聚类且有一定的分化趋异。太湖花鳖群体与太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体之间遗传差异已经达到亚种间水平,三个群体的遗传多样性均处于较低水平,需予以重视,保护其种质资源。 

【文章来源】：水产学杂志. 2020,33(05)北大核心

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

不同群体中华鳖

线粒体DNA进化速度快，种群间的遗传差异容易测出，已成为种内和种间鉴定的良好标记。群体间的遗传距离是衡量群体遗传分化的重要指标[13]。根井正利[14]利用遗传距离数值定量估计了物种的不同分类单位间的遗传分化水平，指出种群间遗传距离值的范围是0～0.05，亚种间是0.02～0.2。本研究中，三个中华鳖群体间的遗传距离均在0.05以下，说明三个群体之间的遗传分化还处于群间水平；而太湖花鳖群体与太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体之间的遗传距离均高于0.02，表明其群体间的遗产分化已达亚种间水平。MGEA软件聚类分析发现，中华鳖三个群体明显分为两支，太湖花鳖群体单独聚类，太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体混合聚类，但也发现太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体有一定的分化趋异。太湖花鳖属于中华鳖的地方特色品种，与中华鳖常规品种在形态上存在较大差异（图1），本文则是从基因层面对此表型差异，即遗传分化已经达到亚种间水平予以了揭示。这也与韩晓磊等[15]基于AFLP分子标记技术对太湖流域中华鳖花鳖群体和普通群体的研究结果相一致。当然，太湖花鳖群体与太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体之间分化水平的确定，还需要更多方面的研究予以论证。

【参考文献】：
期刊论文
[1]太湖流域中华鳖不同群体线粒体基因序列比较分析[J]. 韩晓磊,顾益,徐棉棉,沙永良,徐建荣,韩曜平.  常熟理工学院学报. 2017(04)
[2]太湖流域中华鳖不同群体遗传多样性的AFLP分析[J]. 韩晓磊,顾益,潘林炜,沙永良,徐建荣,韩曜平.  江苏农业科学. 2016(12)
[3]鳡鱼群体遗传多样性的AFLP分析[J]. 韩晓磊,徐建荣,李小蕊,伊纪峰,杨家新,许璞.  南京师大学报(自然科学版). 2009(01)
[4]濒危鱼类稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列多态性[J]. 彭珊,代应贵.  水产学报. 2009(02)
[5]三峡水库岩原鲤线粒体控制区遗传多样性分析[J]. 朱成科,张其中,袁娟,罗芬.  西南大学学报(自然科学版). 2008(12)
[6]松江鲈群体遗传多样性的AFLP分析[J]. 徐建荣,韩晓磊,李宁,郁建锋,许璞,包振民.  大连水产学院学报. 2008(06)

硕士论文
[1]姚江水系中华鳖种质特征研究[D]. 唐伟.上海海洋大学 2015



本文编号：3503389