黄鳝基因组特征、进化及性逆转的研究
发布时间：2021-11-22 15:46
基因组进化是脊椎动物物种形成和物种多样性的基础。硬骨鱼类是脊椎动物的原始祖先,在脊椎动物的基因组进化过程中有着特殊的地位。性染色体的出现是脊椎动物在基因组进化过程中的一个关键事件。哺乳动物XX/XY染色体和鸟类ZW/ZZ型染色体是目前已知的两大类型性别决定系统,分别由一对常染色体在3.1亿年前独立进化而来。然而,对于性染色体在硬骨鱼类中的起源目前尚无深入研究。黄鳝是一种天然性逆转的硬骨鱼类,其基因组形成也有待探索。本论文通过对黄鳝基因组的测序和组装,研究了黄鳝在脊椎动物进化史上的地位,并探讨了脊椎动物性染色体的起源。同时,通过黄鳝卵巢、卵睾体和睾丸三种性腺组织转录组测定,分析了性逆转过程中关键基因的表达。主要研究结果如下：1.通过对黄鳝基因组的序列特征分析,发现黄鳝基因组是一个紧凑的基因组。在全基因组复制事件发生后,大部分复制序列丢失,导致重复序列和大片段复制序列（SD）在基因组中的含量都较低,而编码基因的数量却保持稳定。2.通过系统发生树构建和全基因组共线性分析,发现第三次基因组复制事件发生后,脊椎动物共同祖先的12条原始染色体,通过复制形成了具有24条染色体的硬骨鱼类共同祖先。在这...
【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：111 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１?Ｒｏｃｈｅ?４５４测序仪采用的焦璃酸测序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）??焦磯酸测序法开创了第二代测序技术的先?
Ｒｅｐｅ＾?ｃｙｃｌｅｓ?ｏｆ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｏ?ｄｖｔｅｒｎｕｎｅ?ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??ｏｆ?ｂａ？ｅ？?ｉｎ?Ａ?ｇｉｖｅｎ?ｈ?巧ｍｗｔ?ａ?Ｍ＞ｇｌｅ?ｂｄｗ?？?ａ?ｔ俯化??图１．３川ｕｍｉｎａＨｉｓ巧测序仪采用的末端终止法ＳＢＳ测序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）。??高通量测序平台无需进行电泳，操作极为简便，使得测序技术完全的智能化，??大大推动了基因组测序的应用范围，具有划时代的贡献意义（Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，?２００８）。尽??管如此，高通量测序平台仍然有很大的不足。由于巧光信息在合成的过程中会产??生衰减，在边合成边测序的反应过程中，延伸的长度始终存在很大瓶颈，导致测??序的读长受到很大的限制。另外，高通量虽然大幅度降低的测序反应的成本，但??是在样本制备上，仍然存在着很大的花费（Ｍｅｔｚｋ巧２０１０；?Ｌｉｕ?ｅｔａｌ．，２０１巧。在此??背景之下，更新的测序技术逐步发展起
图１．５基因组从头组裝的组装过程（Ｌｉ?ｅｔａｌ．，２０１０ｂ）
【参考文献】：
期刊论文
[1]Genetic basis and biotechnological manipulation of sexual dimorphism and sex determination in fish[J]. MEI Jie,GUI Jian-Fang. Science China（Life Sciences）. 2015(02)
[2]Progress in studies of fish reproductive development regulation[J]. CHEN Ji,HU Wei,ZHU ZuoYan. Chinese Science Bulletin. 2013(01)
[3]Genetic basis and breeding application of clonal diversity and dual reproduction modes in polyploid Carassius auratus gibelio[J]. GUI JianFang* & ZHOU Li State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China（Life Sciences）. 2010(04)
本文编号：3512003
【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：111 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图１．１?Ｒｏｃｈｅ?４５４测序仪采用的焦璃酸测序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）??焦磯酸测序法开创了第二代测序技术的先?
Ｒｅｐｅ＾?ｃｙｃｌｅｓ?ｏｆ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｔｏ?ｄｖｔｅｒｎｕｎｅ?ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ??ｏｆ?ｂａ？ｅ？?ｉｎ?Ａ?ｇｉｖｅｎ?ｈ?巧ｍｗｔ?ａ?Ｍ＞ｇｌｅ?ｂｄｗ?？?ａ?ｔ俯化??图１．３川ｕｍｉｎａＨｉｓ巧测序仪采用的末端终止法ＳＢＳ测序原理（Ｍａｒｄｉｓ，２００８）。??高通量测序平台无需进行电泳，操作极为简便，使得测序技术完全的智能化，??大大推动了基因组测序的应用范围，具有划时代的贡献意义（Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，?２００８）。尽??管如此，高通量测序平台仍然有很大的不足。由于巧光信息在合成的过程中会产??生衰减，在边合成边测序的反应过程中，延伸的长度始终存在很大瓶颈，导致测??序的读长受到很大的限制。另外，高通量虽然大幅度降低的测序反应的成本，但??是在样本制备上，仍然存在着很大的花费（Ｍｅｔｚｋ巧２０１０；?Ｌｉｕ?ｅｔａｌ．，２０１巧。在此??背景之下，更新的测序技术逐步发展起
图１．５基因组从头组裝的组装过程（Ｌｉ?ｅｔａｌ．，２０１０ｂ）
【参考文献】：
期刊论文
[1]Genetic basis and biotechnological manipulation of sexual dimorphism and sex determination in fish[J]. MEI Jie,GUI Jian-Fang. Science China（Life Sciences）. 2015(02)
[2]Progress in studies of fish reproductive development regulation[J]. CHEN Ji,HU Wei,ZHU ZuoYan. Chinese Science Bulletin. 2013(01)
[3]Genetic basis and breeding application of clonal diversity and dual reproduction modes in polyploid Carassius auratus gibelio[J]. GUI JianFang* & ZHOU Li State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China（Life Sciences）. 2010(04)
本文编号：3512003
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