基于RNA-seq的高温条件下尼罗罗非鱼脑和肝脏的转录组分析
发布时间：2021-11-25 03:52
鱼类作为生活在水中的变温动物,温度的变化会对鱼类机体各方面产生不同程度的影响。当温度变化处于鱼类适宜的温度区范围时,鱼类可以进行正常的生长和繁殖等活动,但是当环境温度的变化太大,超出它们可以承受的能力范围时,就会对鱼类机体的各种生命活动产生不利影响,严重时极有可能会导致病害的发生或死亡。罗非鱼是具有重大经济价值的养殖鱼类,夏季持续性高温及全球变暖的加剧,对罗非鱼的生长和养殖产生很大的影响。因此,对罗非鱼在高温胁迫下的分子机制的探究,对于罗非鱼在持续性高温下的养殖管理技术及其应用研究具有重要的指导和现实意义。但是目前罗非鱼在转录水平上进行的持续性高温胁迫的研究仍显薄弱,高温条件影响罗非鱼生长的分子机制尚未见报道。大脑和肝脏是鱼类重要的温度响应调控器官,本研究以尼罗罗非鱼幼鱼为实验材料,在持续性的高温处理过程中,统计其体长、体重生理指标,并采集高温组（36℃）和对照组（28℃）的脑和肝脏组织样品,基于RNA-seq对各组织样品进行转录组分析。结果如下:本实验对高温胁迫不同时间下的罗非鱼幼鱼进行体长及体重生理指标的统计分析,结果表明,与对照组（28℃）相比,在持续性高温（36℃）处理下,罗非...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq流程图[48]
上海海洋大学硕士学位论文950天、70天)，统计其体长、体重生理指标，并采集高温组(36℃)和对照组(28℃)的脑和肝脏样品，基于RNA-seq及相关的生物信息学分析，对差异表达基因进行功能富集，明确其富集的功能分类和信号通路，对其进行功能解析及验证(如图1-2)。为解析罗非鱼高温胁迫响应的复杂的分子机制提供理论基础，为发展罗非鱼高温养殖管理技术奠定理论和技术基矗图1-2本研究的技术路线Fig.1-2Schemeofthepresentstudy
上海海洋大学硕士学位论文13图2-1转录组生物信息分析流程Fig.2-1Theprocessoftranscriptomebiologicalanalysis2.1.6.1测序数据质量控制由于经测序得到的原始数据中会含有很多低质量的reads，本研究通过FAST-QC软件来评估测序数据的质量，将原始数据进行过滤后以得到高质量的CleanData，后续的转录组分析均基于高质量的CleanData。2.1.6.2参考基因组比对TopHat2[63]是一个来自RNA测序实验reads的高效比对系统，本研究以罗非鱼的基因组作为参考进行序列比对及后续的分析，使用TopHat2比对系统将得到的Cleanreads与罗非鱼参考基因组进行序列比对(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]SOX17在非小细胞肺癌组织中的表达及临床意义[J]. 况久忠,黄建安. 临床肿瘤学杂志. 2018(11)
[2]持续热应激对虹鳟肝脏组织形态结构的影响[J]. 周彦静,刘哲,夏斌鹏,康玉军,王永杰,刘晓霞. 甘肃农业大学学报. 2017(06)
[3]急性胁迫对团头鲂铁稳态及其相关基因表达的影响[J]. 高金伟,习丙文,滕涛,陈凯,秦婷,谢骏. 水产学报. 2017(10)
[4]TGF-β and BMP signaling in osteoblast,skeletal development,and bone formation,homeostasis and disease[J]. Mengrui Wu,Guiqian Chen,Yi-Ping Li. Bone Research. 2016(01)
[5]环境温度对鱼类的影响及预防研究[J]. 苏艳莉. 农技服务. 2015(07)
[6]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
[7]斑马鱼胚胎发育过程中TGF-β1基因的表达特征分析[J]. 侯少丰,李艳丽,徐功玉,赵浩斌,周青春,钟雪萍. 水生生物学报. 2014(06)
[8]鳙Sox基因克隆及序列进化分析[J]. 郭稳杰,俞小牧,童金苟. 水生生物学报. 2014(04)
[9]虹鳟胆管系统组织学观察[J]. 黄布敏,袁莉刚,曲亚玲,谷来凤,朱俊峰. 甘肃农业大学学报. 2013(01)
[10]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
博士论文
[1]合浦珠母贝TGFβ信号通路相关基因的克隆及功能研究[D]. 周玉娟.清华大学 2010
硕士论文
[1]高温处理后尼罗罗非鱼性逆转雄鱼与未逆转雌鱼的差异性腺转录组研究[D]. 孙丽雪.山东农业大学 2017
[2]低温胁迫对黄姑鱼生理生化指标和Hsp70基因表达模式的影响[D]. 罗胜玉.浙江海洋大学 2016
[3]低温胁迫对奥尼罗非鱼的生长、肌肉组成和血液生理生化指标的影响[D]. 贾明亮.广东海洋大学 2010
[4]VC、VE对亚硝酸盐胁迫下异育银鲫血液指标及抗氧化能力的影响[D]. 高明辉.华中农业大学 2008
[5]不同温度条件下鲤鱼摄食节律与呼吸代谢的研究[D]. 陈松波.东北农业大学 2004
本文编号：3517342
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RNA-seq流程图[48]
上海海洋大学硕士学位论文950天、70天)，统计其体长、体重生理指标，并采集高温组(36℃)和对照组(28℃)的脑和肝脏样品，基于RNA-seq及相关的生物信息学分析，对差异表达基因进行功能富集，明确其富集的功能分类和信号通路，对其进行功能解析及验证(如图1-2)。为解析罗非鱼高温胁迫响应的复杂的分子机制提供理论基础，为发展罗非鱼高温养殖管理技术奠定理论和技术基矗图1-2本研究的技术路线Fig.1-2Schemeofthepresentstudy
上海海洋大学硕士学位论文13图2-1转录组生物信息分析流程Fig.2-1Theprocessoftranscriptomebiologicalanalysis2.1.6.1测序数据质量控制由于经测序得到的原始数据中会含有很多低质量的reads，本研究通过FAST-QC软件来评估测序数据的质量，将原始数据进行过滤后以得到高质量的CleanData，后续的转录组分析均基于高质量的CleanData。2.1.6.2参考基因组比对TopHat2[63]是一个来自RNA测序实验reads的高效比对系统，本研究以罗非鱼的基因组作为参考进行序列比对及后续的分析，使用TopHat2比对系统将得到的Cleanreads与罗非鱼参考基因组进行序列比对(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]SOX17在非小细胞肺癌组织中的表达及临床意义[J]. 况久忠,黄建安. 临床肿瘤学杂志. 2018(11)
[2]持续热应激对虹鳟肝脏组织形态结构的影响[J]. 周彦静,刘哲,夏斌鹏,康玉军,王永杰,刘晓霞. 甘肃农业大学学报. 2017(06)
[3]急性胁迫对团头鲂铁稳态及其相关基因表达的影响[J]. 高金伟,习丙文,滕涛,陈凯,秦婷,谢骏. 水产学报. 2017(10)
[4]TGF-β and BMP signaling in osteoblast,skeletal development,and bone formation,homeostasis and disease[J]. Mengrui Wu,Guiqian Chen,Yi-Ping Li. Bone Research. 2016(01)
[5]环境温度对鱼类的影响及预防研究[J]. 苏艳莉. 农技服务. 2015(07)
[6]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇. 水产学报. 2015(04)
[7]斑马鱼胚胎发育过程中TGF-β1基因的表达特征分析[J]. 侯少丰,李艳丽,徐功玉,赵浩斌,周青春,钟雪萍. 水生生物学报. 2014(06)
[8]鳙Sox基因克隆及序列进化分析[J]. 郭稳杰,俞小牧,童金苟. 水生生物学报. 2014(04)
[9]虹鳟胆管系统组织学观察[J]. 黄布敏,袁莉刚,曲亚玲,谷来凤,朱俊峰. 甘肃农业大学学报. 2013(01)
[10]转录组与RNA-Seq技术[J]. 张春兰,秦孜娟,王桂芝,纪志宾,王建民. 生物技术通报. 2012(12)
博士论文
[1]合浦珠母贝TGFβ信号通路相关基因的克隆及功能研究[D]. 周玉娟.清华大学 2010
硕士论文
[1]高温处理后尼罗罗非鱼性逆转雄鱼与未逆转雌鱼的差异性腺转录组研究[D]. 孙丽雪.山东农业大学 2017
[2]低温胁迫对黄姑鱼生理生化指标和Hsp70基因表达模式的影响[D]. 罗胜玉.浙江海洋大学 2016
[3]低温胁迫对奥尼罗非鱼的生长、肌肉组成和血液生理生化指标的影响[D]. 贾明亮.广东海洋大学 2010
[4]VC、VE对亚硝酸盐胁迫下异育银鲫血液指标及抗氧化能力的影响[D]. 高明辉.华中农业大学 2008
[5]不同温度条件下鲤鱼摄食节律与呼吸代谢的研究[D]. 陈松波.东北农业大学 2004
本文编号：3517342
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