南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究
发布时间：2021-11-29 10:07
蓝圆鲹（Decapterus maruadsi）是我国重要的海洋经济鱼类之一,在我国近海均有分布,以南海北部的资源量最高。近年来,由于南海北部渔业捕捞压力不断增大,海洋生态破坏和环境污染日趋严重,蓝圆鲹的种群生物学特征发生显著变化,其资源衰退明显。因此,迫切需要对南海北部的蓝圆鲹群体遗传特性和种质资源状况进行研究。本研究首次采用SLAF-seq技术开发蓝圆鲹微卫星DNA（SSR）标记,并对南海北部8个蓝圆鲹群体进行遗传学分析,系统评估南海北部蓝圆鲹种群的遗传资源状况和全面解析其遗传结构,为蓝圆鲹种群资源的科学保护与合理开发提供指导和理论依据。研究主要结果如下:（1）基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,在蓝圆鲹基因组DNA中共获得了28905个一至六碱基重复微卫星位点。其中单碱基重复微卫星位点8138个（28.15%）,二至三碱基重复微卫星位点分别为13590个（47.02%）和5727个（19.81%）;四至六碱基重复微卫星位点数量相对较少,分别为1104个（3.82%）、234个（0.81%）和112个（0.39%）。从这些位点中随机挑选225个二至六碱基重复微卫星位点,最终成...
【文章来源】：广东海洋大学广东省
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
DM6-11位点在32个蓝圆鲹DNA样品中的扩增（M：pBR322DNA/MspIMarker）
南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究22DM4-18胶图见2-3），分别有70（87.50%）、63（78.75%）、58（72.50%）、47（58.75%）和36（45.00%）个位点可在颌圆鲹、长体圆鲹、无斑圆鲹、竹荚鱼和金带细鲹中稳定扩增（其中DM4-18扩增结果如图2.3）。其中77个位点至少可在1种或1种以上鲹科鱼类中有效扩增，有21个位点（DM2-1、DM2-4、DM2-9、DM2-19、DM2-32、DM2-33、DM3-6、DM3-8、DM3-14、DM3-16、DM3-19、DM3-21、DM4-2、DM4-4、DM4-7、DM4-8、DM4-11、DM4-17、DM4-18、DM5-1、DM6-7）可在5种鲹科鱼类中有效扩增，26个位点（DM2-2、DM2-5、DM2-11、DM2-12、DM2-13、DM2-15、DM2-18、DM2-24、DM2-25、DM2-27、DM2-29、DM2-36、DM2-37、DM3-1、DM3-3、DM3-4、DM3-9、DM3-11、DM3-22、DM4-5、DM4-9、DM4-14、DM4-20、DM5-5、DM6-1、DM6-5）可在4种鲹科鱼类中有效扩增，14个位点（DM2-8、DM2-14、DM2-16、DM2-17、DM2-22、DM2-23、DM2-26、DM2-30、DM3-2、DM3-5、DM3-12、DM3-23、DM3-24、DM5-8）可在3种鲹科鱼类中扩增成功，7个位点（DM2-35、DM4-15、DM4-19、DM5-3、DM5-4、DM6-2、DM6-10）可在2种鲹科鱼类中有效扩增，其余9个位点（DM2-20、DM3-7、DM3-13、DM4-6、DM4-12、DM5-7、DM6-3、DM6-11、DM6-12）只能在1种鲹科鱼类中有效扩增。此外，有48个位点可在3种圆鲹属鱼类中扩增成功，18个位点可在2种圆鲹属鱼类中扩增成功，只有11个位点能在1种圆鲹属鱼类中扩增成功。结果表明，这些蓝圆鲹微卫星位点在圆鲹属鱼类中具有较好的通用性，而在其它2种鲹科鱼类中的通用性次之。图2-3微卫星DNA标记DM4-18跨物种扩增Fig.2-3AmplificationofDM4-18incross-speciesfishes
广东海洋大学硕士学位论文31本研究的实验鱼为2013~2016年渔业生态底拖网调查所采集的244尾蓝圆鲹样品（表3-1和图3-1），包括汕头（ST）、阳江（YJ）、北海（BH）、防城港（FCG）、海南八所（BS）、白马井（BMJ）、文昌（WC）等7个近海海域和三亚外海（SY）等南海北部的8个蓝圆鲹群体。鱼体经形态分类鉴定后，取其背部肌肉样，先后置于75%、85%和95%乙醇中脱水，保存于-20℃条件下备用。图3-1南海北部蓝圆鲹8个群体的地理位置Fig.3-1Geographiclocationsof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea表3-1南海北部蓝圆鲹群体样品信息Table3-1Samplesinformationof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea序号群体个体数采样时间采样地点OrderPopulationNumberofsamplesSamplingtimeLocation1ST48Aug.2016116.96E23.27N2YJ16Jan.andMar.2016112.19E21.50N3BH78Oct.2013,Apr.2015andJan.2016109.03E21.30N4FCG28Nov.2014108.38E21.56N5BS15Apr.2014108.43E19.13N6BMJ18Nov.2013109.00E19.70N7SY20Sep.andNov.2015109.86E17.52N8WC21Oct.2014110.99E19.48N3.1.2方法3.1.2.1基因组DNA的提取见2.1.2.1。3.1.2.2多态性SSR
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究[J]. 李敏,黄梓荣,许友伟,陈作志. 南方水产科学. 2019(06)
[2]黄鳍棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的跨物种扩增[J]. 吴仁协,翟云,肖瑶,牛素芳,张浩冉,黎晓,陈伟勇. 应用海洋学学报. 2019(03)
[3]基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究[J]. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 南方水产科学. 2019(04)
[4]南海北部湾秋季蓝圆鲹与竹筴鱼的摄食生态及食物竞争[J]. 李忠炉,张文旋,何雄波,颜云榕. 广东海洋大学学报. 2019(03)
[5]Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq, and cross-amplifi cation to related species[J]. NIU Sufang,ZHAI Yun,WU Renxie,ZHANG Haoran,TIAN Letian,DENG Jiaxin,XIAO Yao. Journal of Oceanology and Limnology. 2019(01)
[6]北部湾蓝圆鲹生物学特征及开发状态的年际变化[J]. 耿平,张魁,陈作志,许友伟,孙铭帅. 南方水产科学. 2018(06)
[7]基于遥感数据的南海北部近海蓝圆鲹栖息地模型分析[J]. 范江涛,黄梓荣,许友伟,孙铭帅,陈国宝,陈作志. 海洋湖沼通报. 2018(03)
[8]蓝圆鲹不同部位的营养成分分析与评价[J]. 王爽,周爱梅,戴泽伟,杨小斌,王晋,黄炜超. 食品工业科技. 2018(10)
[9]基于Cyt b基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究[J]. 牛素芳,吴仁协,张丽艳,张浩冉,梁锐,李忠炉. 应用海洋学学报. 2018(02)
[10]基于SLAF-seq技术的鱼康浪白鱼SNP位点开发[J]. 金方彭,周睿,李光华,武祥伟,冷云,张文魁,左鹏翔. 水产科技情报. 2018(02)
硕士论文
[1]青虾高多态性EST-SSR标记的筛选及遗传多样性的研究[D]. 周巧.南京农业大学 2013
本文编号：3526315
【文章来源】：广东海洋大学广东省
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
DM6-11位点在32个蓝圆鲹DNA样品中的扩增（M：pBR322DNA/MspIMarker）
南海北部蓝圆鲹群体遗传学研究22DM4-18胶图见2-3），分别有70（87.50%）、63（78.75%）、58（72.50%）、47（58.75%）和36（45.00%）个位点可在颌圆鲹、长体圆鲹、无斑圆鲹、竹荚鱼和金带细鲹中稳定扩增（其中DM4-18扩增结果如图2.3）。其中77个位点至少可在1种或1种以上鲹科鱼类中有效扩增，有21个位点（DM2-1、DM2-4、DM2-9、DM2-19、DM2-32、DM2-33、DM3-6、DM3-8、DM3-14、DM3-16、DM3-19、DM3-21、DM4-2、DM4-4、DM4-7、DM4-8、DM4-11、DM4-17、DM4-18、DM5-1、DM6-7）可在5种鲹科鱼类中有效扩增，26个位点（DM2-2、DM2-5、DM2-11、DM2-12、DM2-13、DM2-15、DM2-18、DM2-24、DM2-25、DM2-27、DM2-29、DM2-36、DM2-37、DM3-1、DM3-3、DM3-4、DM3-9、DM3-11、DM3-22、DM4-5、DM4-9、DM4-14、DM4-20、DM5-5、DM6-1、DM6-5）可在4种鲹科鱼类中有效扩增，14个位点（DM2-8、DM2-14、DM2-16、DM2-17、DM2-22、DM2-23、DM2-26、DM2-30、DM3-2、DM3-5、DM3-12、DM3-23、DM3-24、DM5-8）可在3种鲹科鱼类中扩增成功，7个位点（DM2-35、DM4-15、DM4-19、DM5-3、DM5-4、DM6-2、DM6-10）可在2种鲹科鱼类中有效扩增，其余9个位点（DM2-20、DM3-7、DM3-13、DM4-6、DM4-12、DM5-7、DM6-3、DM6-11、DM6-12）只能在1种鲹科鱼类中有效扩增。此外，有48个位点可在3种圆鲹属鱼类中扩增成功，18个位点可在2种圆鲹属鱼类中扩增成功，只有11个位点能在1种圆鲹属鱼类中扩增成功。结果表明，这些蓝圆鲹微卫星位点在圆鲹属鱼类中具有较好的通用性，而在其它2种鲹科鱼类中的通用性次之。图2-3微卫星DNA标记DM4-18跨物种扩增Fig.2-3AmplificationofDM4-18incross-speciesfishes
广东海洋大学硕士学位论文31本研究的实验鱼为2013~2016年渔业生态底拖网调查所采集的244尾蓝圆鲹样品（表3-1和图3-1），包括汕头（ST）、阳江（YJ）、北海（BH）、防城港（FCG）、海南八所（BS）、白马井（BMJ）、文昌（WC）等7个近海海域和三亚外海（SY）等南海北部的8个蓝圆鲹群体。鱼体经形态分类鉴定后，取其背部肌肉样，先后置于75%、85%和95%乙醇中脱水，保存于-20℃条件下备用。图3-1南海北部蓝圆鲹8个群体的地理位置Fig.3-1Geographiclocationsof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea表3-1南海北部蓝圆鲹群体样品信息Table3-1Samplesinformationof8D.maruadsipopulationsfromthenorthernSouthChinaSea序号群体个体数采样时间采样地点OrderPopulationNumberofsamplesSamplingtimeLocation1ST48Aug.2016116.96E23.27N2YJ16Jan.andMar.2016112.19E21.50N3BH78Oct.2013,Apr.2015andJan.2016109.03E21.30N4FCG28Nov.2014108.38E21.56N5BS15Apr.2014108.43E19.13N6BMJ18Nov.2013109.00E19.70N7SY20Sep.andNov.2015109.86E17.52N8WC21Oct.2014110.99E19.48N3.1.2方法3.1.2.1基因组DNA的提取见2.1.2.1。3.1.2.2多态性SSR
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究[J]. 李敏,黄梓荣,许友伟,陈作志. 南方水产科学. 2019(06)
[2]黄鳍棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的跨物种扩增[J]. 吴仁协,翟云,肖瑶,牛素芳,张浩冉,黎晓,陈伟勇. 应用海洋学学报. 2019(03)
[3]基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究[J]. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 南方水产科学. 2019(04)
[4]南海北部湾秋季蓝圆鲹与竹筴鱼的摄食生态及食物竞争[J]. 李忠炉,张文旋,何雄波,颜云榕. 广东海洋大学学报. 2019(03)
[5]Isolation and characterization of 49 polymorphic microsatellite loci for Decapterus maruadsi using SLAF-seq, and cross-amplifi cation to related species[J]. NIU Sufang,ZHAI Yun,WU Renxie,ZHANG Haoran,TIAN Letian,DENG Jiaxin,XIAO Yao. Journal of Oceanology and Limnology. 2019(01)
[6]北部湾蓝圆鲹生物学特征及开发状态的年际变化[J]. 耿平,张魁,陈作志,许友伟,孙铭帅. 南方水产科学. 2018(06)
[7]基于遥感数据的南海北部近海蓝圆鲹栖息地模型分析[J]. 范江涛,黄梓荣,许友伟,孙铭帅,陈国宝,陈作志. 海洋湖沼通报. 2018(03)
[8]蓝圆鲹不同部位的营养成分分析与评价[J]. 王爽,周爱梅,戴泽伟,杨小斌,王晋,黄炜超. 食品工业科技. 2018(10)
[9]基于Cyt b基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究[J]. 牛素芳,吴仁协,张丽艳,张浩冉,梁锐,李忠炉. 应用海洋学学报. 2018(02)
[10]基于SLAF-seq技术的鱼康浪白鱼SNP位点开发[J]. 金方彭,周睿,李光华,武祥伟,冷云,张文魁,左鹏翔. 水产科技情报. 2018(02)
硕士论文
[1]青虾高多态性EST-SSR标记的筛选及遗传多样性的研究[D]. 周巧.南京农业大学 2013
本文编号：3526315
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