鉴定气单胞菌DNA条形码的筛选与评价

发布时间：2021-12-10 02:23

　　为筛选合适的DNA条形码对气单胞菌属（Aeromonas）进行鉴定,以33株气单胞菌为材料,选取cpn60、recA和ppsA 3个候选DNA条形码进行PCR扩增及序列分析。以种间和种内遗传距离、序列扩增测序成功率、DNA条形码间隙（DNA barcoding gap）和系统发育树作为评价条形码片段的指标,筛选出该属的DNA条形码。分析表明,cpn60基因的扩增及测序的成功率最高,种内遗传平均距离（0.017）和种间遗传平均距离（0.133）差异显著,且存在较明显的DNA barcoding gap,表明cpn60可作为气单胞菌鉴定的DNA条形码。 

【文章来源】：动物医学进展. 2020,41(08)北大核心

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

cpn60、recA、ppsA基因PCR扩增结果

为更准确地评估cpn60和recA对气单胞菌的区分能力,绘制出这2个基因的种内遗传距离、种间遗传距离的频率分布直方图,验证其作为气单胞菌属条形码的适用性。理想的条形码检测到的种内遗传变异应小于种间遗传变异,recA基因出现了较大程度的遗传距离的重叠,没有出现非常明显的条形码间隙。气单胞菌属cpn60基因的种间遗传变异较大,种内和种间遗传距离重叠程度小。97.9%序列的种内遗传距离小于0.04,而98.1%的序列种间遗传距离要大于0.04,条形码间隔比较明显(图3)。图3 气单胞菌属cpn60和recA基因的barcoding gap图

气单胞菌属cpn60和recA基因的barcoding gap图


本文编号：3531735