红鳍东方鲀4个免疫基因的原核表达及群体EST-SSRs分析
发布时间：2021-12-16 12:14
红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）的肉质鲜美，食用价值高，深受人们的欢迎。红鳍东方鲀的肝脏和生殖腺等内脏可产生河豚毒素，具有很高的活性和特异性，所以在医药开发方面具有潜在的价值，在临床上其应用前景较为广阔。但与常规养殖鱼类相比，红鳍东方鲀的生物学特性比较复杂、特殊，所以比较容易受到外界环境因子的影响，故疾病发生率较高。在病原侵袭机体时，免疫系统起着重要的作用，其主要由免疫细胞，免疫器官和免疫分子（如白细胞介素）组成。白细胞介素7（IL-7）、IL-15、IL-15L和干扰素调节因子2（IRF2）是鱼类免疫系统中较为重要的免疫分子。（1）本论文利用cDNA末端快速扩增技术（RACE）从红鳍东方鲀头肾组织中克隆出了干扰素调节因子2（IRF2），全长cDNA为1552bp，其ORF为936bp，编码311个（aa）氨基酸，推导的氨基酸分子量为35.5kDa，等电点为6.56。其中5’非编码区为187bp，3’非编码区为429bp。经过分析发现，红鳍东方鲀IRF2可能为亲水蛋白，无信号肽和跨膜结构，具有DNA结合域（DBD）、IRF结合域2（IAD2）和转录抑制域（TRD）。与其...
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
红鳍东方鲀头肾RNAM：makerDL2000；1提取的RNAFig.2-1:RNAofheadkidneyofTakifugurubrigesM:makerDL2000;lane1:extractedRNA100
巢式 PCR 产物 1：:TM 为 55℃扩增的 PCR 产1℃扩增的 PCR 产物:4：TM 为 64℃扩增的 PCRnested PCR product of 3'-RACE of IRF2 lane 1: P℃; lane 3: PCR product of TM 61℃; lane 4: PCR pDL2000析A 全长序列分析GGGGGGTTTCCACTTTGCTTGTTTTGCTTTCGTTCTGAACTGTCAAAAGGCAAATAAATCGGGTTCTCGGAACCACCGTGGAACTCGAGGTTAAAAGGACAAGAGG ATG CGT CCG TGG TTG GAG GAG CAG ATC GAC TCC TGT CAG ATR M R P W L E E Q I D S C Q ICCC TGG ATG CAT GCT GCT CGT CAT GGC TGG GAC TTG GAG AAA GAP W M H A A R H G W D L E K DCCT GGT ATT GAC CAT CCA GAT CCA AAG ACA TGG AAA GCT AAT TTP G I D H P D P K T W K A N FAAA AGC ATT AAA AAG GGA AGC AAT GCC TTC AGA GTG TAC AAG ATK S I K K G S N A F R V Y K MGAC AAA GAT GGG AAG CCC AAA AGA AAC AAG GAG GTA GTT TGT CCD K D G K P K R N K E V V C PAAG GAA GTA AGC AAA CAG GAA CCA GTG ATT GGC TGC ACT TCA GT
拼接得到的 TrIRF2 全长 cDNA 为 1552 bp（获得的 GeneBank 登录号为 KF853391）。应用NCBI 的 Open Reading Frame Finder（ORF）分析找到其开放阅读框，共 936 bp，编码 311 个氨基酸，推导的氨基酸分子量为 35.5 kDa，等电点为 6.56。其中 5’非编码区为 187 bp，3’非编码区为 429 bp（包含 24 bp 的 PolyA 尾）。2.3.2.2 TrIRF2 的氨基酸组成分析图 2-4 为 TrIRF2 的氨基酸组成分析，在编码的 311 个氨基酸中，酸性氨基酸(D,E) 44 个，碱性氨基酸（K,R,H）52 个，非极性氨基酸（G,A,L,I,V,P,F,M,N,W）130 个，不带电荷的极性氨基酸(N, C, Q, S, T, Y)85 个 (应用 BioEdit 软件)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析[J]. 朱滔,梁旭方,彭敏燕,于海静,皮达峰. 暨南大学学报(自然科学与医学版). 2013(03)
[2]鲫体长和体高相关的EST-SSR标记的筛选[J]. 崔晓亮,郑先虎,匡友谊,郭薇,曹顶臣,孙效文. 水产学杂志. 2013(03)
[3]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析[J]. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 海洋渔业. 2013(02)
[4]细鳞鲑早期发育过程中免疫器官发生[J]. 徐革锋,刘洋,牟振波,李永发. 中国水产科学. 2012(04)
[5]鲤鱼干扰素γ-2β全长cDNA的克隆及序列分析（英文）[J]. 陈义龙,冯祥汝,赵晓,王文东,张俊辉,杨振国,孙真,贾生美,卢强. Agricultural Science & Technology. 2012(06)
[6]草鱼EST-SSRs标记的筛选及其与生长性状相关分析[J]. 王解香,白俊杰,于凌云. 淡水渔业. 2012(01)
[7]缢蛏（Sinonovacula constricta）EST-SSR分布特征及引物开发利用[J]. 刘博,邵艳卿,滕爽爽,柴雪良,肖国强. 海洋与湖沼. 2012(01)
[8]雉鸡免疫器官组织学观察[J]. 冯昕炜,努尔胜·科肯,那孜古丽·阿曼太. 中国畜牧兽医. 2011(12)
[9]鮸鱼EST序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析[J]. 孙典巧,孙悦娜,王日昕,徐田军. 水生生物学报. 2011(05)
[10]基于原核表达的副溶血性弧菌类毒素疫苗对海水鱼类免疫保护作用[J]. 王洪斌,李士虎,李信书,杨艳艳,阎斌伦. 生物技术. 2011(04)
硕士论文
[1]IRF-7对草鱼（Ctenopharyngodon idella）Ⅰ型干扰素转录的调控[D]. 谭婉珑.南昌大学 2012
[2]褐牙鲆干扰素调节因子5（IRF-5）的克隆与表达分析[D]. 娄慧敏.中国海洋大学 2012
[3]大菱鲆干扰素调节因子3（IRF-3）和干扰素调节因子7（IRF-7）基因克隆与表达分析[D]. 夏军.中国海洋大学 2011
[4]哈维氏弧菌超氧化物歧化酶的原核表达及免疫原性的研究[D]. 辛瑞晓.中国海洋大学 2011
[5]斑马鱼干扰素γ基因克隆表达及生物信息学分析[D]. 高昌.中国协和医科大学 2009
[6]玉筋鱼微卫星标记的筛选及种群SSR分析[D]. 任桂静.中国海洋大学 2009
[7]斑点叉尾鮰干扰素α基因的克隆和原核表达及生物活性初探[D]. 冯婷.四川农业大学 2008
[8]南方鲇主要免疫器官发育的研究[D]. 史则超.华中农业大学 2007
本文编号：3538117
【文章来源】：大连海洋大学辽宁省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
红鳍东方鲀头肾RNAM：makerDL2000；1提取的RNAFig.2-1:RNAofheadkidneyofTakifugurubrigesM:makerDL2000;lane1:extractedRNA100
巢式 PCR 产物 1：:TM 为 55℃扩增的 PCR 产1℃扩增的 PCR 产物:4：TM 为 64℃扩增的 PCRnested PCR product of 3'-RACE of IRF2 lane 1: P℃; lane 3: PCR product of TM 61℃; lane 4: PCR pDL2000析A 全长序列分析GGGGGGTTTCCACTTTGCTTGTTTTGCTTTCGTTCTGAACTGTCAAAAGGCAAATAAATCGGGTTCTCGGAACCACCGTGGAACTCGAGGTTAAAAGGACAAGAGG ATG CGT CCG TGG TTG GAG GAG CAG ATC GAC TCC TGT CAG ATR M R P W L E E Q I D S C Q ICCC TGG ATG CAT GCT GCT CGT CAT GGC TGG GAC TTG GAG AAA GAP W M H A A R H G W D L E K DCCT GGT ATT GAC CAT CCA GAT CCA AAG ACA TGG AAA GCT AAT TTP G I D H P D P K T W K A N FAAA AGC ATT AAA AAG GGA AGC AAT GCC TTC AGA GTG TAC AAG ATK S I K K G S N A F R V Y K MGAC AAA GAT GGG AAG CCC AAA AGA AAC AAG GAG GTA GTT TGT CCD K D G K P K R N K E V V C PAAG GAA GTA AGC AAA CAG GAA CCA GTG ATT GGC TGC ACT TCA GT
拼接得到的 TrIRF2 全长 cDNA 为 1552 bp（获得的 GeneBank 登录号为 KF853391）。应用NCBI 的 Open Reading Frame Finder（ORF）分析找到其开放阅读框，共 936 bp，编码 311 个氨基酸，推导的氨基酸分子量为 35.5 kDa，等电点为 6.56。其中 5’非编码区为 187 bp，3’非编码区为 429 bp（包含 24 bp 的 PolyA 尾）。2.3.2.2 TrIRF2 的氨基酸组成分析图 2-4 为 TrIRF2 的氨基酸组成分析，在编码的 311 个氨基酸中，酸性氨基酸(D,E) 44 个，碱性氨基酸（K,R,H）52 个，非极性氨基酸（G,A,L,I,V,P,F,M,N,W）130 个，不带电荷的极性氨基酸(N, C, Q, S, T, Y)85 个 (应用 BioEdit 软件)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析[J]. 朱滔,梁旭方,彭敏燕,于海静,皮达峰. 暨南大学学报(自然科学与医学版). 2013(03)
[2]鲫体长和体高相关的EST-SSR标记的筛选[J]. 崔晓亮,郑先虎,匡友谊,郭薇,曹顶臣,孙效文. 水产学杂志. 2013(03)
[3]基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析[J]. 刘奕,陈伟兴,周丹,陈晓婷,王美玉,王桂兴,刘海金. 海洋渔业. 2013(02)
[4]细鳞鲑早期发育过程中免疫器官发生[J]. 徐革锋,刘洋,牟振波,李永发. 中国水产科学. 2012(04)
[5]鲤鱼干扰素γ-2β全长cDNA的克隆及序列分析（英文）[J]. 陈义龙,冯祥汝,赵晓,王文东,张俊辉,杨振国,孙真,贾生美,卢强. Agricultural Science & Technology. 2012(06)
[6]草鱼EST-SSRs标记的筛选及其与生长性状相关分析[J]. 王解香,白俊杰,于凌云. 淡水渔业. 2012(01)
[7]缢蛏（Sinonovacula constricta）EST-SSR分布特征及引物开发利用[J]. 刘博,邵艳卿,滕爽爽,柴雪良,肖国强. 海洋与湖沼. 2012(01)
[8]雉鸡免疫器官组织学观察[J]. 冯昕炜,努尔胜·科肯,那孜古丽·阿曼太. 中国畜牧兽医. 2011(12)
[9]鮸鱼EST序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析[J]. 孙典巧,孙悦娜,王日昕,徐田军. 水生生物学报. 2011(05)
[10]基于原核表达的副溶血性弧菌类毒素疫苗对海水鱼类免疫保护作用[J]. 王洪斌,李士虎,李信书,杨艳艳,阎斌伦. 生物技术. 2011(04)
硕士论文
[1]IRF-7对草鱼（Ctenopharyngodon idella）Ⅰ型干扰素转录的调控[D]. 谭婉珑.南昌大学 2012
[2]褐牙鲆干扰素调节因子5（IRF-5）的克隆与表达分析[D]. 娄慧敏.中国海洋大学 2012
[3]大菱鲆干扰素调节因子3（IRF-3）和干扰素调节因子7（IRF-7）基因克隆与表达分析[D]. 夏军.中国海洋大学 2011
[4]哈维氏弧菌超氧化物歧化酶的原核表达及免疫原性的研究[D]. 辛瑞晓.中国海洋大学 2011
[5]斑马鱼干扰素γ基因克隆表达及生物信息学分析[D]. 高昌.中国协和医科大学 2009
[6]玉筋鱼微卫星标记的筛选及种群SSR分析[D]. 任桂静.中国海洋大学 2009
[7]斑点叉尾鮰干扰素α基因的克隆和原核表达及生物活性初探[D]. 冯婷.四川农业大学 2008
[8]南方鲇主要免疫器官发育的研究[D]. 史则超.华中农业大学 2007
本文编号：3538117
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