大黄鱼转录组数据分析及密集胁迫前后皮肤转录组变化

发布时间：2021-12-29 21:42

　　大黄鱼（Larimichthys crocea）是中国重要的海水养殖鱼类之一,具有极高的营养价值和经济价值。近十几年来,随着大黄鱼人工育苗技术的成熟和规模化养殖技术的发展,大黄鱼养殖产业迅猛发展,创造了显著的社会效益和经济效益。然而,目前关于该物种的分子遗传研究及转录组序列细致地分析较少,严重影响了功能基因开发的进程和分子辅助育种计划的开展。本研究中,利用Roche 454和Illumina Hiseq 2000高通量测序平台分别对大黄鱼肝脏和皮肤组织测序,并完成了转录组的组装、注释、微卫星（SSR）标记挖掘以及差异表达基因筛选。主要结果和结论如下:1、利用Roche 454焦磷酸测序的资料对大黄鱼肝脏组织测序,共获得316,523条原始序列。所有转录组数据拼接得到93,801个unigene,包括4,993个序列重叠群（isotig）和88,808个单拷贝序列（singleton）。组装的转录组平均长度332 bp,大小为48.7 Mb。其中,共38,856（41.4%）个unigene成功注释到nt、nr、Swiss-Prot、InterPro、COG、GO和KEGG数据库。根据注... 

【文章来源】：集美大学福建省

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 转录组及其研究意义
    1.2 测序技术及其在鱼类转录组研究中的应用
        1.2.1 测序技术发展概况
        1.2.2 新一代高通量测序技术
        1.2.3 转录组测序技术在鱼类研究的应用
    1.3 鱼类分子标记研究应用
        1.3.1 RAPD
        1.3.2 AFLP
        1.3.3 微卫星
        1.3.4 SNP
    1.4 鱼类应激的转录组学研究进展
        1.4.1 温度影响
        1.4.2 低氧应激
        1.4.3 疾病免疫
        1.4.4 盐度变化
        1.4.5 密集胁迫
    1.5 本研究的目的及内容
第2章 基于454焦磷酸测序的大黄鱼肝脏转录组分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 RNA提取和质量检测
        2.1.3 Roche454转录组文库的构建与测序
        2.1.4 数据处理
    2.2 结果与分析
        2.2.1 454焦磷酸测序数据和肝脏转录组拼接
        2.2.2 肝脏转录组功能注释
        2.2.3 识别生长、免疫相关的基因
    2.3 讨论
        2.3.1 高通量测序与肝脏转录组研究
        2.3.2 生长与免疫相关基因检测
第3章 利用大黄鱼转录组数据挖掘微卫星标记
    3.1 材料和方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 实验方法
    3.2 结果和分析
        3.2.1 微卫星位点挖掘
        3.2.2 微卫星位点的初筛
        3.2.3 微卫星多态性验证
    3.3 讨论
        3.3.1 转录组SSR标记挖掘
        3.3.2 多态性位点分析
第4章 密集胁迫后皮肤转录组变化
    4.1 材料与方法
        4.1.1 样本采集和胁迫实验
        4.1.2 RNA提取和测序
        4.1.3 基础生物信息学分析
        4.1.4 实时定量PCR(qRT-PCR)验证
    4.2 结果和分析
        4.2.1 测序数据统计
        4.2.2 样本聚类与差异表达基因筛选
        4.2.3 GO富集和KEGG通路分析
        4.2.4 密集胁迫应激下基因表达模式
        4.2.5 qRT-PCR验证差异表达的基因
    4.3 讨论
        4.3.1 腹部皮肤组织转录组测序和数据分析
        4.3.2 DEG分析和胁迫应激下基因表达模式
        4.3.3 重要的生物学功能和密集胁迫应激通路
第5章 总结与展望
    5.1 总结
    5.2 创新点
    5.3 展望
致谢
参考文献
在学期间科研成果情况


【参考文献】：
期刊论文
[1]转录组学技术在水产动物研究中的运用[J]. 罗辉,叶华,肖世俊,郑曙明,王晓清,王志勇.  水产学报. 2015(04)
[2]鲻鱼鳃组织14-3-3a、NKCCla、Apo-14和Na+-K+-ATPaseβ基因表达对盐度变化的响应[J]. 蒋玫,李磊,沈新强,吴庆元,牛俊翔.  生态学杂志. 2014(09)
[3]基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选[J]. 闫路路,秦艳杰,闫喜武,王琳楠,毕成隆,张津源.  生态学报. 2015(05)
[4]3种品系尼罗罗非鱼生长及高密度胁迫后生理响应变化的比较[J]. 强俊,杨弘,何杰,王辉,徐跑,朱志祥.  中国水产科学. 2014(01)
[5]盐度对鱼类的影响[J]. 康自强,邓超准,于慧娟,林祥日,黄永春.  福建水产. 2013(05)
[6]大黄鱼微卫星标记的开发及其遗传方式分析[J]. 叶华,任鹏,刘洋,刘贤德,王志勇.  水生生物学报. 2012(06)
[7]分子标记在鱼类中的应用研究进展[J]. 孔杰,王金乐,关梅,杨兴.  贵州农业科学. 2012(06)
[8]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨.  中国科学:生命科学. 2012(02)
[9]基于生长和死亡参数变化的官井洋大黄鱼资源现状分析[J]. 叶金清,徐兆礼,陈佳杰,康伟.  水产学报. 2012(02)
[10]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒.  遗传. 2011(11)

博士论文
[1]泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D]. 董迎辉.中国海洋大学 2012



本文编号：3556910