牙鲆（Paralichthys olivaceus）干细胞多能性相关转录因子Oct4、Nanog和Sox2的克隆与分析
发布时间：2022-01-01 12:04
我国是水产养殖大国，近年来随育种技术的发展已培育出大量水产优良品种。而建立水产生物完整遗传信息长期稳定的保存方法，对于有利地保护濒危生物资源，实现优良品种和品系优质遗传资源的稳定保存和利用具有十分重要的意义。干细胞具有无限的自我更新及分化成为胚胎的三个胚层的能力，是解决种质资源保护的良好介质，而目前也已有多个鱼类胚胎干细胞系成功建立的报道。关于维持干细胞自我更新和多潜能性的分子机制，在哺乳动物中已经开展了大量的研究工作，主要集中于Oct4、Nanog和Sox2等转录因子形成的核心调控网络，而在重要海水养殖物种牙鲆中，相关研究的技术手段和分子机理还未见报道。本论文克隆得到了这三个重要转录因子，并对其基因结构、调控序列及表达模式等方面进行了初步的分析，为下一步的深入研究奠定基础。牙鲆Oct4基因全长3978bp，由5个外显子和4个内含子组成，其cDNA序列全长2654/3098bp，包括1428bp的开放阅读框（ORF），352bp的5′UTR和长度分别为874bp和1318bp的3′UTR。预计编码475个氨基酸残基的蛋白并含有特征性的POU结构域，由POU特异结构域、POU同源结构域以...
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：151 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
第一节 干细胞及其研究进展
1.1.1 干细胞的分化潜能
1.1.2 干细胞的分类及特征
1.1.3 干细胞的研究进展
第二节 维持干细胞多能性重要转录因子
1.2.1 干细胞多能性核心调控网络
1.2.2 转录因子 Oct4
1.2.3 转录因子 Nanog
1.2.4 转录因子 Sox2
第三节 本研究的目的意义与实验设计
第二章 牙鲆（Paralichthysolivaceus）多能性转录因子 Oct4 的克隆与分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 实验材料
2.2.2 牙鲆基因组 DNA 及总 RNA 的提取
2.2.3 牙鲆 cDNA 第一链的合成
2.2.4 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全长的获得
2.2.5 牙鲆 Oct4 启动子区序列的获得及分析
2.2.6 牙鲆 Oct4 启动子区 CpG 位点甲基化分析
2.2.7 牙鲆 Oct4 时空表达的 RT-PCR 分析
2.2.8 牙鲆 Oct4 时空表达的原位杂交分析
2.2.9 牙鲆 Oct4 重组蛋白的体外表达与纯化
2.2.10 牙鲆 Oct4 在性腺组织中的细胞定位情况分析
2.3 结果
2.3.1 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全长序列特征
2.3.2 牙鲆 Oct4 氨基酸序列同源性及系统进化分析
2.3.3 牙鲆 Oct4 蛋白质 POU 结构域三维结构预测
2.3.4 牙鲆 Oct4 基因结构及染色体同线性分析
2.3.5 牙鲆 Oct4 基因启动子序列克隆及调控序列的生物信息学分析
2.3.6 牙鲆 Oct4 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
2.3.7 牙鲆 Oct4 基因时空表达的 RT-PCR 分析
2.3.8 牙鲆 Oct4 基因时空表达的原位杂交分析
2.3.9 牙鲆 Oct4 重组蛋白的原核表达与纯化
2.3.10 牙鲆 Oct4 重组蛋白在性腺中的细胞定位
2.4 讨论
第三章 牙鲆（Paralichthys olivaceus）多能性转录因子 Nanog 的克隆与分析
3.1 引言
3.2 材料和方法
3.2.1 实验材料
3.2.2 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全长的获得
3.2.3 牙鲆 Nanog 启动子区序列的获得及分析
3.2.4 牙鲆 Nanog 启动子区 CpG 位点甲基化分析
3.2.5 牙鲆 Nanog 时空表达的 RT-PCR 分析
3.2.6 牙鲆 Nanog 时空表达的原位杂交分析
3.2.7 牙鲆 Nanog 融合蛋白的体外表达与纯化
3.3 结果
3.3.1 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全长序列特征
3.3.2 牙鲆 Nanog 氨基酸序列同源性及系统进化分析
3.3.3 牙鲆 Nanog 蛋白质 HD 结构域三维结构预测
3.3.4 牙鲆 Nanog 基因结构及染色体同线性分析
3.3.5 牙鲆 Nanog 基因启动子序列的克隆及生物信息学分析
3.3.6 牙鲆 Nanog 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
3.3.7 牙鲆 Nanog 基因时空表达的 RT-PCR 分析
3.3.8 牙鲆 Nanog 基因时空表达的原位杂交分析
3.3.9 牙鲆 Nanog 重组蛋白的原核表达与纯化
3.4 讨论
第四章 牙鲆（Paralichthysolivaceus）多能性转录因子 Sox2 的克隆与分析
4.1 引言
4.2 材料和方法
4.2.1 实验材料
4.2.2 牙鲆 Sox2 cDNA 全长的获得
4.2.3 牙鲆 Sox2 启动子区序列的获得及分析
4.2.4 牙鲆 Sox2 启动子区 CpG 位点甲基化分析
4.2.5 牙鲆 Sox2 时空表达的 RT-PCR 分析
4.2.6 牙鲆 Sox2 时空表达的原位杂交分析
4.2.7 牙鲆 Sox2 融合蛋白的体外表达与纯化
4.3 结果
4.3.1 牙鲆 Sox2 cDNA 全长序列特征
4.3.2 牙鲆 Sox2 氨基酸序列同源性及系统进化分析
4.3.3 牙鲆 Sox2 蛋白质 HMG 结构域三维结构预测
4.3.4 牙鲆 Sox2 基因启动子序列克隆及调控序列的生物信息学分析
4.3.5 牙鲆 Sox2 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
4.3.6 牙鲆 Sox2 基因时空表达的 RT-PCR 分析
4.3.7 牙鲆 Sox2 基因时空表达的原位杂交分析
4.3.8 牙鲆 Sox2 重组蛋白的原核表达
4.4 讨论
附录
参考文献
个人简历
发表的学术论文
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]诱导多能干细胞最新进展[J]. 胡敏华,郭欣政,张守全. 生物技术通报. 2010(10)
[2]The novel OCT4 spliced variant OCT4B1 can generate three protein isoforms by alternative splicing into OCT4B[J]. Yuan Gao a,b,1,Xia Wang a,1,Jin Han a,Zhifeng Xiao a,Bing Chen a,Guannan Su a,Jianwu Dai a,a Key Laboratory of Molecular Developmental Biology,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China b The Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China. 遗传学报. 2010(07)
[3]Fish germ cells[J]. XU HongYan1, LI MingYou1, GUI JianFang2 & HONG YunHan1,2 1Department of Biological Sciences, National University of Singapore, Singapore 119260, Singapore; 2 State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China（Life Sciences）. 2010(04)
[4]Sox2基因3’非翻译区保守元件对基因表达的调控作用[J]. 马莉,孔清华,赵树华,魏云虎,毛炳宇. 动物学研究. 2009(06)
[5]银鲫pou2基因在胚胎发育过程中的时空表达图式[J]. 尹隽,周莉,刘军,杜新征,桂建芳. 水生生物学报. 2007(05)
[6]三种脂质体介导的花鲈胚胎干细胞转化效率的比较[J]. 叶寒青,陈松林,沙珍霞. 水产学报. 2006(06)
[7]Functional analysis of two Sp1/Sp3 binding sites in murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong Wu Zhen Yao Laboratory of Molecular Cell Biology,Laboratory of Stem Cell Biology,Institute of Biochemistry and Cell Biology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences 320 Yue Yang Road,Shanghai 200031,China. Cell Research. 2006(03)
[8]Isolation and characterization of the murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong WU, Zhen YAO Laboratory of Molecular Cell Biology, Laboratory of Stem Cell Biology, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai 200031, China.. Cell Research. 2005(05)
[9]Stem cell pluripotency and transcription factor Oct4[J]. GUANG JIN PAN, ZENG YI CHANG, HANS R. SCHOLER, DUANQING PEI Departments of Pharmacology and Biological Sciences & Biotechnology, Schools of Sciences and Medicine,Tsinghua University, Beijing 100084, China Center for Animal Transgenesis and Germ Cell Research, School of Veterinary Medicine, Department of Animal Biology, University of Pennsylvania, New Bolton Center, 382 West Street Road, Kennett Square, PA 19348, USA,Department of Pharmacology, University of Minnesota, Minneapolis, MN 55455, USA. Cell Research. 2002(Z2)
[10]鱼类雄核发育的研究进展[J]. 赵振山,吴清江,高贵琴. 遗传. 2000(02)
本文编号：3562302
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：151 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
第一节 干细胞及其研究进展
1.1.1 干细胞的分化潜能
1.1.2 干细胞的分类及特征
1.1.3 干细胞的研究进展
第二节 维持干细胞多能性重要转录因子
1.2.1 干细胞多能性核心调控网络
1.2.2 转录因子 Oct4
1.2.3 转录因子 Nanog
1.2.4 转录因子 Sox2
第三节 本研究的目的意义与实验设计
第二章 牙鲆（Paralichthysolivaceus）多能性转录因子 Oct4 的克隆与分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 实验材料
2.2.2 牙鲆基因组 DNA 及总 RNA 的提取
2.2.3 牙鲆 cDNA 第一链的合成
2.2.4 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全长的获得
2.2.5 牙鲆 Oct4 启动子区序列的获得及分析
2.2.6 牙鲆 Oct4 启动子区 CpG 位点甲基化分析
2.2.7 牙鲆 Oct4 时空表达的 RT-PCR 分析
2.2.8 牙鲆 Oct4 时空表达的原位杂交分析
2.2.9 牙鲆 Oct4 重组蛋白的体外表达与纯化
2.2.10 牙鲆 Oct4 在性腺组织中的细胞定位情况分析
2.3 结果
2.3.1 牙鲆 Oct4 cDNA 及 DNA 全长序列特征
2.3.2 牙鲆 Oct4 氨基酸序列同源性及系统进化分析
2.3.3 牙鲆 Oct4 蛋白质 POU 结构域三维结构预测
2.3.4 牙鲆 Oct4 基因结构及染色体同线性分析
2.3.5 牙鲆 Oct4 基因启动子序列克隆及调控序列的生物信息学分析
2.3.6 牙鲆 Oct4 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
2.3.7 牙鲆 Oct4 基因时空表达的 RT-PCR 分析
2.3.8 牙鲆 Oct4 基因时空表达的原位杂交分析
2.3.9 牙鲆 Oct4 重组蛋白的原核表达与纯化
2.3.10 牙鲆 Oct4 重组蛋白在性腺中的细胞定位
2.4 讨论
第三章 牙鲆（Paralichthys olivaceus）多能性转录因子 Nanog 的克隆与分析
3.1 引言
3.2 材料和方法
3.2.1 实验材料
3.2.2 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全长的获得
3.2.3 牙鲆 Nanog 启动子区序列的获得及分析
3.2.4 牙鲆 Nanog 启动子区 CpG 位点甲基化分析
3.2.5 牙鲆 Nanog 时空表达的 RT-PCR 分析
3.2.6 牙鲆 Nanog 时空表达的原位杂交分析
3.2.7 牙鲆 Nanog 融合蛋白的体外表达与纯化
3.3 结果
3.3.1 牙鲆 Nanog cDNA 及 DNA 全长序列特征
3.3.2 牙鲆 Nanog 氨基酸序列同源性及系统进化分析
3.3.3 牙鲆 Nanog 蛋白质 HD 结构域三维结构预测
3.3.4 牙鲆 Nanog 基因结构及染色体同线性分析
3.3.5 牙鲆 Nanog 基因启动子序列的克隆及生物信息学分析
3.3.6 牙鲆 Nanog 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
3.3.7 牙鲆 Nanog 基因时空表达的 RT-PCR 分析
3.3.8 牙鲆 Nanog 基因时空表达的原位杂交分析
3.3.9 牙鲆 Nanog 重组蛋白的原核表达与纯化
3.4 讨论
第四章 牙鲆（Paralichthysolivaceus）多能性转录因子 Sox2 的克隆与分析
4.1 引言
4.2 材料和方法
4.2.1 实验材料
4.2.2 牙鲆 Sox2 cDNA 全长的获得
4.2.3 牙鲆 Sox2 启动子区序列的获得及分析
4.2.4 牙鲆 Sox2 启动子区 CpG 位点甲基化分析
4.2.5 牙鲆 Sox2 时空表达的 RT-PCR 分析
4.2.6 牙鲆 Sox2 时空表达的原位杂交分析
4.2.7 牙鲆 Sox2 融合蛋白的体外表达与纯化
4.3 结果
4.3.1 牙鲆 Sox2 cDNA 全长序列特征
4.3.2 牙鲆 Sox2 氨基酸序列同源性及系统进化分析
4.3.3 牙鲆 Sox2 蛋白质 HMG 结构域三维结构预测
4.3.4 牙鲆 Sox2 基因启动子序列克隆及调控序列的生物信息学分析
4.3.5 牙鲆 Sox2 基因启动子区 CpG 位点甲基化情况分析
4.3.6 牙鲆 Sox2 基因时空表达的 RT-PCR 分析
4.3.7 牙鲆 Sox2 基因时空表达的原位杂交分析
4.3.8 牙鲆 Sox2 重组蛋白的原核表达
4.4 讨论
附录
参考文献
个人简历
发表的学术论文
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]诱导多能干细胞最新进展[J]. 胡敏华,郭欣政,张守全. 生物技术通报. 2010(10)
[2]The novel OCT4 spliced variant OCT4B1 can generate three protein isoforms by alternative splicing into OCT4B[J]. Yuan Gao a,b,1,Xia Wang a,1,Jin Han a,Zhifeng Xiao a,Bing Chen a,Guannan Su a,Jianwu Dai a,a Key Laboratory of Molecular Developmental Biology,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China b The Graduate School,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China. 遗传学报. 2010(07)
[3]Fish germ cells[J]. XU HongYan1, LI MingYou1, GUI JianFang2 & HONG YunHan1,2 1Department of Biological Sciences, National University of Singapore, Singapore 119260, Singapore; 2 State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China. Science China（Life Sciences）. 2010(04)
[4]Sox2基因3’非翻译区保守元件对基因表达的调控作用[J]. 马莉,孔清华,赵树华,魏云虎,毛炳宇. 动物学研究. 2009(06)
[5]银鲫pou2基因在胚胎发育过程中的时空表达图式[J]. 尹隽,周莉,刘军,杜新征,桂建芳. 水生生物学报. 2007(05)
[6]三种脂质体介导的花鲈胚胎干细胞转化效率的比较[J]. 叶寒青,陈松林,沙珍霞. 水产学报. 2006(06)
[7]Functional analysis of two Sp1/Sp3 binding sites in murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong Wu Zhen Yao Laboratory of Molecular Cell Biology,Laboratory of Stem Cell Biology,Institute of Biochemistry and Cell Biology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences 320 Yue Yang Road,Shanghai 200031,China. Cell Research. 2006(03)
[8]Isolation and characterization of the murine Nanog gene promoter[J]. Da Yong WU, Zhen YAO Laboratory of Molecular Cell Biology, Laboratory of Stem Cell Biology, Institute of Biochemistry and Cell Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, 320 Yue Yang Road, Shanghai 200031, China.. Cell Research. 2005(05)
[9]Stem cell pluripotency and transcription factor Oct4[J]. GUANG JIN PAN, ZENG YI CHANG, HANS R. SCHOLER, DUANQING PEI Departments of Pharmacology and Biological Sciences & Biotechnology, Schools of Sciences and Medicine,Tsinghua University, Beijing 100084, China Center for Animal Transgenesis and Germ Cell Research, School of Veterinary Medicine, Department of Animal Biology, University of Pennsylvania, New Bolton Center, 382 West Street Road, Kennett Square, PA 19348, USA,Department of Pharmacology, University of Minnesota, Minneapolis, MN 55455, USA. Cell Research. 2002(Z2)
[10]鱼类雄核发育的研究进展[J]. 赵振山,吴清江,高贵琴. 遗传. 2000(02)
本文编号：3562302
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3562302.html
