基于微卫星标记的中国鱚和少鳞鱚群体遗传学研究
发布时间：2022-01-16 04:33
中国鱚（Sillago sinica）和少鳞鱚（Sillago japonica）隶属于鲈形目（Perciforms）、鱚科（Sillaginidae）、鱚属（Sillago），为肉食性、近岸小型经济鱼类。中国鱚是2011年报道的鱚科鱼类一新种，目前在我国的莱州湾、青岛、温州、厦门及韩国光阳港近海均有发现。少鳞鱚主要分布在中国、日本、韩国以及菲律宾等地沿岸浅水区。本研究采用膜富集法和磁珠富集法分别构建中国鱚和少鳞鱚的微卫星基因组文库，设计并筛选多态性微卫星引物用于评估这两种海洋鱼类的群体遗传多样性和遗传结构，探讨海洋环境及自身生态习性对其遗传结构的影响，旨在为中国鱚和少鳞鱚的种质资源保护和合理开发利用提供理论依据。1.中国鱚微卫星标记的开发及群体遗传学分析（1）微卫星标记的开发及多态位点的评价膜富集法构建中国鱚的微卫星基因组文库后，经PCR筛选获得130个阳性克隆，测序后发现81条序列含有微卫星重复。用中国鱚24个个体对设计的24对引物检测发现，8对引物可有效扩增且显示多态性。遗传多样性参数评估显示，等位基因数从2-14不等，观测杂合度和期望杂合度分别为0.125-0.958和0.12...
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
-1微卫星的滑链错配突变模型，引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
图 1-2-1 微卫星位点富集示意图（改编自 Zane，2002）Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci（adapted from Zane, 2002）1.3 微卫星分子标记在水产动物研究中的应用微卫星分子标记具有种类多、分布广、共显性遗传且呈高度多态等众多优点，目前被广泛应用于各种水产动物的研究中。1.3.1 遗传图谱的构建遗传图谱可以显示 DNA 标记或者基因在染色体上的线性排列或者相对距离，成为遗传学分析的有力工具。20 世纪 90 年代，第一代水产动物的遗传图谱开始出现，由于微卫星标记开发技术有限，微卫星数量较少，导致大多数水产动物的连锁图谱标记密度较低，难以满足性状精细的 QTL 研究的需要。目前，多
（Amplified Fragment Length Polymorphism）、微卫星（Microsatellite DNA）等，并依次报道了各种鱼的第二代遗传连锁图谱，如虹鳟（Oncorhynchus mykiss）（Nichols et al., 2003）、牙鲆（Paralichthys olivaceus）（Coimbra et al., 2003）、罗非鱼（Tilapia）（Lee et al., 2005）。1.3.2 在群体遗传学方面的应用生物群体内或群体间产生的差异都会在基因频率上体现出来，微卫星属于共显性标记，与显性标记相比，共显性标记更能精确地计算出群体的基因频率。如图 1-3-1 所示，共显性标记能清晰地展示表现型，在胶图中，杂合子有两条，纯合子有 1 条，在任何条件下都能清晰地计算出等位基因频率；而显性标记在显性纯合子和杂合子中都只出现 1 条带，在隐性纯合子中不会出现条带，因此只有在等位基因完全平衡的条件下才能精确地计算出等位基因频率。
【参考文献】：
期刊论文
[1]多鳞鱚（Sillago sihama）4个野生地理群体的微卫星标记分析[J]. 郭昱嵩,颜程钟,张宇岚,郑近楠,许远民,杜涛,王中铎,刘楚吾. 海洋与湖沼. 2013(02)
[2]黄河口及附近海域鱼卵和仔鱼种类组成及分布特征[J]. 刘霜,张继民,冷宇. 海洋通报. 2011(06)
[3]鲤鱼微卫星突变速率和模式(英文)[J]. 张研,鲁翠云,曹顶臣,徐鹏,王书,李恒德,赵紫霞,孙效文. 动物学研究. 2010(05)
[4]基于耳石形态的鱚属鱼类鉴别[J]. 潘晓哲,高天翔. 动物分类学报. 2010(04)
[5]对赤点石斑鱼多态性微卫星位点的跨种扩增和特征分析[J]. 董颖,韩洁,蔡厚才. 北京师范大学学报(自然科学版). 2008(05)
[6]琼州海峡余流场季节性变化特征[J]. 陈达森,陈波,严金辉,徐辉奋. 海洋湖沼通报. 2006(02)
[7]长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,谭德清,童金苟. 水生生物学报. 2005(02)
[8]中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析[J]. 常玉梅,孙效文,梁利群. 水产学报. 2004(05)
[9]鲤的微卫星引物对草鱼基因组分析适用性的初步研究[J]. 林凯东,罗琛. 激光生物学报. 2003(02)
[10]微卫星标记在种群生物学研究中的应用[J]. 盛岩,郑蔚虹,裴克全,马克平. 植物生态学报. 2002(S1)
博士论文
[1]西北太平洋两种鲐属鱼类的分子系统地理学研究[D]. 程娇.中国海洋大学 2013
[2]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[3]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
硕士论文
[1]牙鲆微卫星分子标记的筛选及多态性检测[D]. 陈微.中国海洋大学 2005
本文编号：3591944
【文章来源】：中国海洋大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：89 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
-1微卫星的滑链错配突变模型，引自Ellegren,2000Fig.1-1-1Modelofmicrosatellitemutationbyreplicationslippage(slipped-strandmispairing),
图 1-2-1 微卫星位点富集示意图（改编自 Zane，2002）Fig 1.2.1 Show the enriched process of the microsatellite loci（adapted from Zane, 2002）1.3 微卫星分子标记在水产动物研究中的应用微卫星分子标记具有种类多、分布广、共显性遗传且呈高度多态等众多优点，目前被广泛应用于各种水产动物的研究中。1.3.1 遗传图谱的构建遗传图谱可以显示 DNA 标记或者基因在染色体上的线性排列或者相对距离，成为遗传学分析的有力工具。20 世纪 90 年代，第一代水产动物的遗传图谱开始出现，由于微卫星标记开发技术有限，微卫星数量较少，导致大多数水产动物的连锁图谱标记密度较低，难以满足性状精细的 QTL 研究的需要。目前，多
（Amplified Fragment Length Polymorphism）、微卫星（Microsatellite DNA）等，并依次报道了各种鱼的第二代遗传连锁图谱，如虹鳟（Oncorhynchus mykiss）（Nichols et al., 2003）、牙鲆（Paralichthys olivaceus）（Coimbra et al., 2003）、罗非鱼（Tilapia）（Lee et al., 2005）。1.3.2 在群体遗传学方面的应用生物群体内或群体间产生的差异都会在基因频率上体现出来，微卫星属于共显性标记，与显性标记相比，共显性标记更能精确地计算出群体的基因频率。如图 1-3-1 所示，共显性标记能清晰地展示表现型，在胶图中，杂合子有两条，纯合子有 1 条，在任何条件下都能清晰地计算出等位基因频率；而显性标记在显性纯合子和杂合子中都只出现 1 条带，在隐性纯合子中不会出现条带，因此只有在等位基因完全平衡的条件下才能精确地计算出等位基因频率。
【参考文献】：
期刊论文
[1]多鳞鱚（Sillago sihama）4个野生地理群体的微卫星标记分析[J]. 郭昱嵩,颜程钟,张宇岚,郑近楠,许远民,杜涛,王中铎,刘楚吾. 海洋与湖沼. 2013(02)
[2]黄河口及附近海域鱼卵和仔鱼种类组成及分布特征[J]. 刘霜,张继民,冷宇. 海洋通报. 2011(06)
[3]鲤鱼微卫星突变速率和模式(英文)[J]. 张研,鲁翠云,曹顶臣,徐鹏,王书,李恒德,赵紫霞,孙效文. 动物学研究. 2010(05)
[4]基于耳石形态的鱚属鱼类鉴别[J]. 潘晓哲,高天翔. 动物分类学报. 2010(04)
[5]对赤点石斑鱼多态性微卫星位点的跨种扩增和特征分析[J]. 董颖,韩洁,蔡厚才. 北京师范大学学报(自然科学版). 2008(05)
[6]琼州海峡余流场季节性变化特征[J]. 陈达森,陈波,严金辉,徐辉奋. 海洋湖沼通报. 2006(02)
[7]长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA分析[J]. 廖小林,俞小牧,谭德清,童金苟. 水生生物学报. 2005(02)
[8]中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析[J]. 常玉梅,孙效文,梁利群. 水产学报. 2004(05)
[9]鲤的微卫星引物对草鱼基因组分析适用性的初步研究[J]. 林凯东,罗琛. 激光生物学报. 2003(02)
[10]微卫星标记在种群生物学研究中的应用[J]. 盛岩,郑蔚虹,裴克全,马克平. 植物生态学报. 2002(S1)
博士论文
[1]西北太平洋两种鲐属鱼类的分子系统地理学研究[D]. 程娇.中国海洋大学 2013
[2]玉筋鱼和松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传学研究[D]. 任桂静.中国海洋大学 2012
[3]基于微卫星和SNP标记的皱纹盘鲍遗传连锁图谱及其应用[D]. 张振.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2010
硕士论文
[1]牙鲆微卫星分子标记的筛选及多态性检测[D]. 陈微.中国海洋大学 2005
本文编号：3591944
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