三角帆蚌珍珠形成相关基因的克隆与表达分析
发布时间：2022-01-17 21:33
三角帆蚌（Hypriosis cumingii）是我国主要的淡水育珠蚌，其每年的淡水珍珠产量占世界的95%以上。研究三角帆蚌珍珠形成相关基因的功能对珍珠形成机制研究具有重要意义。通过三角帆蚌转录组测序得到的信息，筛选出2个perlucin基因和BMP7基因部分基因序列，采用RACE技术得到3个基因cDNA全长序列。为研究这3个基因的功能，首先对7个管家基因进行稳定性分析，最终得到3个合适的内参基因。利用荧光定量技术对3个基因在不同组织中、贝壳修复过程中及早期珍珠形成过程中表达量进行分析，利用原位杂交技术对基因在外套膜的表达进行定位分析。尝试将Hc-perlucin1蛋白在原核系统中进行表达。主要的研究结果如下：（1）三角帆蚌内参基因的筛选对β-actin、β-tubulin、elongation factor1alpha（EF1α）、GAPDH、ubiquitin、ribosomal protein L18（Rpl18）以及cyclophilin共7个管家基因，采用BestKeeper，geNorm和NormFinder软件分析了其在不同组织间、不同季节外套膜、贝壳修复过程和早期珍珠形...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于NormFinder软件评估的七个候选内参基因稳定性数值：（COND1）不同组织，（COND2）春季外套膜，（Cond3）秋季外套膜，（Cond4）贝壳修复过程，（COND5）插核后珍珠囊
17个软件分析，候选内参基因稳定性的排序一致。TUB的稳定性最低，而Ubi的稳定性最高（图2-1（cond5）和图2-2（E））。根据geNorm的分析，V2/3的值是0.00，这说明只需要2个内参基因校正。最好的组合是EF1 和Ubi（图2-2（E））。表 2-6：基于 BestKeeper 软件循环阈值点值（Ct）对候选内参基因在插核后珍珠囊表达水平统计与和分析Table 2-6: Descriptive statistics and expression level analyses of the tested candidate referencegenes in pearl sac post saibo implanting based on their threshold cycle point values (Ct) as providedby BestKeeper softwareFactor RPL18 ACTB TUBB Cycl EF1α GAPDH UbiqN 11 11 11 11 11 11 11GM [Ct] 18.59 17.22 18
图 3-1：三角帆蚌 perlucin1 基因全长 CDNA 序列及推导的氨基酸序列。下划线为信号肽，方框为起始密码子。Fig 3-1: Full-length cDNA and predicted protein sequence of the Hyriopsis cumingii perlucin1 gene.Nucleoti des and amino acids are numbe red to the right of the sequence. The initiator codon (ATG)is shown in the square and the stop codon (TGA) is indicated by an asterisk. Amino acid residues ofsignal peptide are underlined.
【参考文献】：
期刊论文
[1]大珠母贝珍珠质相关基因N36和N45的克隆与序列特征分析[J]. 王玉梅,夏建红,唐仁生,喻达辉. 上海海洋大学学报. 2011(01)
[2]三角帆蚌Nacrein基因克隆、蛋白提纯及其对珍珠晶体成型的影响[J]. 韩健,李文娟,施志仪,郝莹莹,靳雨丽. 生物技术通报. 2010(12)
[3]骨形态发生蛋白在动物繁殖上的研究进展[J]. 葛燕,张家骅. 动物医学进展. 2006(06)
[4]骨形态发生蛋白-7的研究进展[J]. 赵甜娜,韩金祥,王世立. 药物生物技术. 2005(05)
[5]温度对重组大肠杆菌生长及外源蛋白表达的影响[J]. 叶姣,陈长华,夏杰,付水林,杨雅琴. 华东理工大学学报. 2002(04)
[6]贝壳珍珠层微结构及成因理论[J]. 张刚生,谢先德. 矿物岩石. 2000(01)
本文编号：3595478
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基于NormFinder软件评估的七个候选内参基因稳定性数值：（COND1）不同组织，（COND2）春季外套膜，（Cond3）秋季外套膜，（Cond4）贝壳修复过程，（COND5）插核后珍珠囊
17个软件分析，候选内参基因稳定性的排序一致。TUB的稳定性最低，而Ubi的稳定性最高（图2-1（cond5）和图2-2（E））。根据geNorm的分析，V2/3的值是0.00，这说明只需要2个内参基因校正。最好的组合是EF1 和Ubi（图2-2（E））。表 2-6：基于 BestKeeper 软件循环阈值点值（Ct）对候选内参基因在插核后珍珠囊表达水平统计与和分析Table 2-6: Descriptive statistics and expression level analyses of the tested candidate referencegenes in pearl sac post saibo implanting based on their threshold cycle point values (Ct) as providedby BestKeeper softwareFactor RPL18 ACTB TUBB Cycl EF1α GAPDH UbiqN 11 11 11 11 11 11 11GM [Ct] 18.59 17.22 18
图 3-1：三角帆蚌 perlucin1 基因全长 CDNA 序列及推导的氨基酸序列。下划线为信号肽，方框为起始密码子。Fig 3-1: Full-length cDNA and predicted protein sequence of the Hyriopsis cumingii perlucin1 gene.Nucleoti des and amino acids are numbe red to the right of the sequence. The initiator codon (ATG)is shown in the square and the stop codon (TGA) is indicated by an asterisk. Amino acid residues ofsignal peptide are underlined.
【参考文献】：
期刊论文
[1]大珠母贝珍珠质相关基因N36和N45的克隆与序列特征分析[J]. 王玉梅,夏建红,唐仁生,喻达辉. 上海海洋大学学报. 2011(01)
[2]三角帆蚌Nacrein基因克隆、蛋白提纯及其对珍珠晶体成型的影响[J]. 韩健,李文娟,施志仪,郝莹莹,靳雨丽. 生物技术通报. 2010(12)
[3]骨形态发生蛋白在动物繁殖上的研究进展[J]. 葛燕,张家骅. 动物医学进展. 2006(06)
[4]骨形态发生蛋白-7的研究进展[J]. 赵甜娜,韩金祥,王世立. 药物生物技术. 2005(05)
[5]温度对重组大肠杆菌生长及外源蛋白表达的影响[J]. 叶姣,陈长华,夏杰,付水林,杨雅琴. 华东理工大学学报. 2002(04)
[6]贝壳珍珠层微结构及成因理论[J]. 张刚生,谢先德. 矿物岩石. 2000(01)
本文编号：3595478
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