斑鳢基因组中微卫星分布特征及野生种群遗传结构分析
发布时间：2022-01-23 20:59
斑鳢（Channa maculata）是华南地区的本土经济鱼类,也是杂交鳢的亲本之一。养殖个体逃逸可能会对野生种群产生影响,存在种质混杂的风险,亟须开展野生资源的遗传背景分析。该研究分析了斑鳢基因组中微卫星标记的分布特征,筛选获得20个多态性位点构建多重PCR体系,对广州、化州、江华、南宁、阳江和邵武6个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,6个野生群体各位点的等位基因（Na）为3～28、有效等位基因（Ne）为1.28～14.88、观测杂合度（Ho）为0.10～1.00、期望杂合度（He）为0.14～0.95以及多态信息含量（PIC）为0.13～0.95。UPGAM系统进化树结果显示,化州和福建种群遗传关系最近,化州和江华种群遗传关系最远。该研究结果将为斑鳢的遗传监测和亲缘关系鉴定提供技术支持,为斑鳢种质资源养护及管理提供参考。
【文章来源】：南方水产科学. 2020,16(03)北大核心CSCD
【文章页数】：14 页
【部分图文】：
斑鳢各群体采样地点
基因组中微卫星数量随碱基重复次数变化趋势
利用Arlequin 3.1软件得到6个斑鳢群体间的遗传距离(表6),GZ和JH群体间遗传距离最大(0.476 072),NN和JH群体间次之(0.402 79),HZ和SW群体间最小(0.065 88)。基于UPMGA法利用MEGA 5.1软件对6个斑鳢群体进行聚类分析，结果显示，HZ和SW群体遗传距离最小，首先聚为一支，紧接着与YJ群体聚为一支，之后与NN和GZ群体聚为一支，最后与JH群体聚为一支(图3)。AMOVA分析结果表明6个斑鳢群体间的两两遗传分化系数FST介于0.061 8～0.322 8(表7)，群体间的遗传分化达到了极显著性水平(P<0.01)。其中GZ和JH群体间的FST值最大(0.322 8),NN和JH群体次之(0.287 1),HZ和SW群体间最小(0.061 8)。群体内和群体间的遗传变异分析结果显示，在总的遗传变异中，群体间的遗传变异占15.18%，而群体内的遗传变异占84.82%(表8)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究[J]. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 南方水产科学. 2019(04)
[2]基于RAD-seq技术的长体圆鲹二、三核苷酸重复微卫星标记开发与评价[J]. 孔啸兰,李敏,陈作志,龚玉艳,张俊,张鹏. 南方水产科学. 2019(03)
[3]安徽省10个日本沼虾群体遗传多样性微卫星分析[J]. 陈静,宋光同,何吉祥,黄龙,吴本丽,汪翔,武松. 淡水渔业. 2018(03)
[4]大泷六线鱼6个群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 武世雄,姜欣彤,王伟,张赛赛,董安然,王宏宇,李莹. 中国渔业质量与标准. 2018(03)
[5]贵州境内3个野生大眼鳜群体的形态差异[J]. 陈薛伟杰,郭健康,杨志,曹恒源,安苗. 中国水产科学. 2018(01)
[6]乌鳢和杂交鳢4种同工酶的比较研究[J]. 张龙岗,刘羽清,朱树人,杨玲,付佩胜,朱永安. 长江大学学报(自科版). 2017(18)
[7]致病性粪肠球菌对脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）免疫相关基因表达的影响[J]. 段亚飞,李健,李吉涛,张喆,刘萍. 渔业科学进展. 2017(05)
[8]华南地区7个大刺鳅野生群体的形态差异分析[J]. 舒琥,江小璐,杨华强,林婷婷,周惠强,张明清,查广才. 广州大学学报(自然科学版). 2017(03)
[9]基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选[J]. 李薇,李久煊,荆慧芳,雷毅,宋昭彬. 动物学杂志. 2017(03)
[10]单环刺螠（Urechis unicinctus）微卫星标记开发及5个地理种群遗传结构分析[J]. 常城,韩慧宗,王腾腾,马海涛,刘阳,王斐,张明亮,王力勇,姜海滨. 海洋与湖沼. 2017(03)
博士论文
[1]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
硕士论文
[1]中华绒螯蟹的生长动态、基因表达与水质环境（水温、溶氧、pH及氨氮）的相关性[D]. 刘金生.上海海洋大学 2016
[2]台湾海峡及其邻近海域四种底层及近底层鱼类生态学特征变化的研究[D]. 鞠培龙.厦门大学 2014
[3]永州地区斑鳢与乌鳢种质特性比较研究[D]. 杨四秀.湖南农业大学 2006
本文编号：3605141
【文章来源】：南方水产科学. 2020,16(03)北大核心CSCD
【文章页数】：14 页
【部分图文】：
斑鳢各群体采样地点
基因组中微卫星数量随碱基重复次数变化趋势
利用Arlequin 3.1软件得到6个斑鳢群体间的遗传距离(表6),GZ和JH群体间遗传距离最大(0.476 072),NN和JH群体间次之(0.402 79),HZ和SW群体间最小(0.065 88)。基于UPMGA法利用MEGA 5.1软件对6个斑鳢群体进行聚类分析，结果显示，HZ和SW群体遗传距离最小，首先聚为一支，紧接着与YJ群体聚为一支，之后与NN和GZ群体聚为一支，最后与JH群体聚为一支(图3)。AMOVA分析结果表明6个斑鳢群体间的两两遗传分化系数FST介于0.061 8～0.322 8(表7)，群体间的遗传分化达到了极显著性水平(P<0.01)。其中GZ和JH群体间的FST值最大(0.322 8),NN和JH群体次之(0.287 1),HZ和SW群体间最小(0.061 8)。群体内和群体间的遗传变异分析结果显示，在总的遗传变异中，群体间的遗传变异占15.18%，而群体内的遗传变异占84.82%(表8)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于微卫星标记的黄唇鱼遗传多样性研究[J]. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 南方水产科学. 2019(04)
[2]基于RAD-seq技术的长体圆鲹二、三核苷酸重复微卫星标记开发与评价[J]. 孔啸兰,李敏,陈作志,龚玉艳,张俊,张鹏. 南方水产科学. 2019(03)
[3]安徽省10个日本沼虾群体遗传多样性微卫星分析[J]. 陈静,宋光同,何吉祥,黄龙,吴本丽,汪翔,武松. 淡水渔业. 2018(03)
[4]大泷六线鱼6个群体遗传多样性的微卫星分析[J]. 武世雄,姜欣彤,王伟,张赛赛,董安然,王宏宇,李莹. 中国渔业质量与标准. 2018(03)
[5]贵州境内3个野生大眼鳜群体的形态差异[J]. 陈薛伟杰,郭健康,杨志,曹恒源,安苗. 中国水产科学. 2018(01)
[6]乌鳢和杂交鳢4种同工酶的比较研究[J]. 张龙岗,刘羽清,朱树人,杨玲,付佩胜,朱永安. 长江大学学报(自科版). 2017(18)
[7]致病性粪肠球菌对脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）免疫相关基因表达的影响[J]. 段亚飞,李健,李吉涛,张喆,刘萍. 渔业科学进展. 2017(05)
[8]华南地区7个大刺鳅野生群体的形态差异分析[J]. 舒琥,江小璐,杨华强,林婷婷,周惠强,张明清,查广才. 广州大学学报(自然科学版). 2017(03)
[9]基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选[J]. 李薇,李久煊,荆慧芳,雷毅,宋昭彬. 动物学杂志. 2017(03)
[10]单环刺螠（Urechis unicinctus）微卫星标记开发及5个地理种群遗传结构分析[J]. 常城,韩慧宗,王腾腾,马海涛,刘阳,王斐,张明亮,王力勇,姜海滨. 海洋与湖沼. 2017(03)
博士论文
[1]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
硕士论文
[1]中华绒螯蟹的生长动态、基因表达与水质环境（水温、溶氧、pH及氨氮）的相关性[D]. 刘金生.上海海洋大学 2016
[2]台湾海峡及其邻近海域四种底层及近底层鱼类生态学特征变化的研究[D]. 鞠培龙.厦门大学 2014
[3]永州地区斑鳢与乌鳢种质特性比较研究[D]. 杨四秀.湖南农业大学 2006
本文编号：3605141
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