长江上游特有鱼类DNA条形码研究

发布时间：2022-09-29 15:25

　　长江上游是我国天然的淡水鱼类种质资源基因库,共有鱼类261种,其中特有鱼类107种。在长江上游特有鱼类中,鲤形目种类最多,共93种,占特有鱼类总数的86.92%,因而其在长江上游特有鱼类中具有非常重要的地位。在全球范围内,鲤形目物种丰富,拥有6科321属共约3,268种鱼类,主要分布于东南亚。近几十年来,水利工程兴修、水环境污染及过度捕捞等人为因素使得我国淡水鱼类资源受到严重威胁。同时,鱼类存在表型可塑性和遗传变异性等特征,致使经典分类学方法在鱼类的物种鉴定中存在一定困难。因此快速地获取鱼类的基因信息,建立全面准确的基因序列数据库,对其物种多样性和遗传多样性保护至关重要。 DNA条形码（DNA barcoding）是一种快速准确的物种鉴定技术,通过将某段基因的DNA序列与数据库中标准序列进行比对,以此实现物种的快速鉴定,在生态、环境、食品安全、海关检疫、疾病防控和生物多样性保护等领域中得到了广泛应用。以往的DNA条形码研究中,常采用CAOS （Characteristic attributes organization system）实现特征诊断位点（Nucleotide-dia... 

【文章页数】：108 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 文献综述
    1.1 DNA条形码研究综述
        1.1.1 DNA条形码的产生及发展
        1.1.2 DNA条形码工作原理
        1.1.3 DNA条形码标记基因
        1.1.4 DNA条形码数据库
        1.1.5 DNA条形码的研究方法
        1.1.6 DNA条形码在生物分类中的应用
        1.1.7 DNA条形码的优势及争议
    1.2 自组织神经网络模型
    1.3 长江上游特有鱼类概况
    1.4 本研究的目的及意义
第2章 长江上游特有鱼类DNA条形码研究
    2.1 材料与方法
        2.1.1 长江上游特有鱼类名录整理
        2.1.2 样品采集
        2.1.3 实验器材
        2.1.4 实验试剂
        2.1.5 基因组DNA提取
        2.1.6 PCR扩增
    2.2 数据分析
        2.2.1 COI序列整理
        2.2.2 遗传距离分析
        2.2.3 长江上游特有鱼类科级水平特征诊断位点的SOM模型预测
    2.3 结果
        2.3.1 COI序列特征
        2.3.2 遗传距离分析
        2.3.3 邻接聚类分析
        2.3.4 DNA条形码间隙
        2.3.5 长江上游特有鱼类的科级水平特征诊断位点
    2.4 讨论
        2.4.1 DNA条形码在长江上游特有鱼类物种鉴定中的有效性
        2.4.2 长江上游特有鱼类中遗传分化异常的类群
        2.4.3 长江上游特有鱼类总体遗传分化
        2.4.4 长江上游特有鱼类科级水平特征诊断位点的SOM模型预测可行性
    2.5 结论
    附表
    附图
第3章 鲤形目鱼类DNA条形码研究
    3.1 材料与方法
        3.1.1 序列收集
    3.2 数据分析
        3.2.1 COI序列整理
        3.2.2 遗传距离分析
        3.2.3 各科遗传距离比较分析
        3.2.4 鲤形目科属种级水平特征诊断位点的SOM模型预测
    3.3 结果
        3.3.1 COI序列特征
        3.3.2 鲤形目鱼类的遗传距离
        3.3.3 鲤形目鱼类的条形码间隙
        3.3.4 鲤形目各科鱼类的遗传距离比较
        3.3.5 鲤形目鱼类的科级水平特征诊断位点
        3.3.6 鲤形目鱼类的属级水平特征诊断位点
        3.3.7 鲤形目鱼类的种级水平特征诊断位点
    3.4 讨论
        3.4.1 COI序列在鲤形目鱼类DNA条形码研究中的有效性
        3.4.2 鲤形目鱼类的DNA条形码遗传分化
        3.4.3 鲤形目各科鱼类的遗传分化比较
        3.4.4 鱼类科属种级水平特征诊断位点的SOM模型预测可行性
    3.5 结论
    附表
    附图
参考文献
致谢
发表论文和参加科研项目


【参考文献】：
期刊论文
[1]鲤科鲌属药用鱼类线粒体COI基因的DNA条形码研究[J]. 谢佳燕,李军德,黄钰淞.  中国中药杂志. 2013(07)
[2]中国广西副沙鳅属鱼类一新种的描述（鲤形目:鳅科）[J]. 朱定贵,朱瑜.  云南农业大学学报(自然科学). 2012(03)
[3]沱江宽体沙鳅个体生殖力的研究[J]. 黄燕,岳兴建,王芳,甘雷,谢碧文,王淯,齐泽民,葛正良.  四川动物. 2011(06)
[4]广西岭鳅属鱼类一新种——罗城岭鳅（鲤形目:爬鳅科）[J]. 杨剑,吴铁军,韦日锋,杨君兴.  动物学研究. 2011(02)
[5]中华沙鳅的繁殖生物学研究[J]. 杨明生,丁夏.  水生态学杂志. 2010(02)
[6]暗纹东方鲀线粒体COI及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析[J]. 邵爱华,朱江,陈葵,史全良,姚炜雯.  遗传. 2006(08)
[7]泸沽湖鱼类区系现状及人为影响成因的初步探讨[J]. 孔德平,陈小勇,杨君兴.  动物学研究. 2006(01)
[8]中华鮡与前臀鮡的形态差异和物种有效性[J]. 姚景龙,陈毅峰,李堃,严云志.  动物分类学报. 2006(01)
[9]生物分类学的新动向——DNA条形编码[J]. 肖金花,肖晖,黄大卫.  动物学报. 2004(05)
[10]萼花臂尾轮虫（Brachionus calyciflorus）COI基因序列变异及种群遗传结构分析[J]. 董云伟,牛翠娟.  海洋与湖沼. 2004(05)

博士论文
[1]长江珍稀及特有鱼类保护生物学研究[D]. 高欣.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2007
[2]欧亚大陆鲇形目鱼类系统发育与骨鳔下区鱼类分化时间估计及其起源与演化过程研究[D]. 彭作刚.中国科学院研究生院（水生生物研究所） 2005

硕士论文
[1]狭义鲌亚科及其相关类群系统发育关系研究及厚颌鲂遗传多样性分析[D]. 王瑾瑾.西南大学 2013



本文编号：3682837