基于R语言的水产良种的选配、保种管理的实现及应用
发布时间：2022-10-04 22:48
最佳线性无偏预测（Best linear unbiased prediction,BLUP）育种技术被广泛应用于水产良种的繁育中,并在多个水产良种（如大西洋鲑、罗非鱼等）的种质创新上获得成功。BLUP育种技术的优势在于实用性强、个体育种值估计更精确等,缺点是计算过程复杂、计算量大。R是一个开放、免费的统计编程环境,是集统计分析与图形直观显示于一体的开放平台,具有强大的科学数据可视化和数学统计分析能力,在基于数量遗传育种领域拥有越来越多的应用。本文拟针对水产种质的育种和保种等环节,在R的基础上开展BLUP育种技术相关配套软件的开发和应用,以期解决BLUP育种中的复杂计算问题,提高育种工作的计算效率和精度。全文主要结果如下:1.基于家系选育的BLUP选配计划制定的R实现以软件包R3.1.14为编程环境,开发了用于水产良种选育过程中BLUP选配计划制定的BLUP选育配套脚本。BLUP选育配套脚本由i2016Tilapia.R和Matingbreeding2016Carp05.R等两个脚本组成。i2016Tilapia.R脚本主要用于所采集原始数据的...
【文章页数】：114 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词中英文对照表
绪论
第一章 文献综述
1 国内外水产种业的现状
1.1 我国渔业种业的现状
1.2 国际种业管理的现状及启示
1.3 种业技术研发
2 我国水产种质资源保护和利用情况
2.1 原良种场概况
2.2 育种实用技术
2.3 发展现代种业
3 R语言在种质资源管理中的应用
4 本文研究的内容
参考文献
第二章 基于家系选育的BLUP选配计划制定的R实现
1 引言
2 材料与方法
2.1 BLUP选育配套脚本开发平台
2.2 BLUP选育配套脚本的编写思路
2.3 BLUP选育配套脚本的测试
2.3.1 测试鱼类概况
2.3.2 数据资料收集
2.3.3 收集数据的核对
2.3.4 数据集数据处理原则
2.3.5 数据分析模型的获得
2.3.6 选配计划的输出
3 结果分析
3.1 BLUP选育配套脚本编写
3.1.1 育种值计算前使用的i2016Tilapia.R数据整合和模型建立脚本
3.1.2 育种值计算后使用的Mating_breeding_2016Carp05.R配套脚本
3.2 BLUP选育配套脚本的测试结果
3.2.1 鲤鱼和罗非鱼育种数据整合
3.2.2 育种模型的获得
3.2.3 育种值与原始值的整合
3.2.4 选配计划的制定
4 讨论
4.1 育种中使用的混合线性模型
4.2 育种辅助配套脚本的实用性
4.3 与育种相关的R软件包的应用
4.4 几个重要的分析节点
参考文献
第三章 叠代保种和离散随机保种两种保种方式模拟的R实现及应用
1 引言
2 材料与方法
2.1 编程平台及使用软件
2.2 本文的假设
2.3 起始群体模拟的参数设置
2.4 瓶颈分析
3 结果分析
3.1 用于保种的配套脚本
3.2 基础种群的产生
3.3 新一代的产生
3.4 保种群体的瓶颈分析
4 讨论
参考文献
第四章 建立的育种配套技术在黄河鲤新品系选育中的应用
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验动物
2.2 G3代黄河鲤的选育方法
2.3 G3代苗种培育和个体标记
2.4 G3代黄河鲤生长性能测定
2.5 数据分析
3 结果分析
3.1 G2代黄河鲤数据的整合
3.2 G3代黄河鲤新品系选育所用模型选择
3.3 G3代黄河鲤新品系选配计划
3.4 G3代黄河鲤新品系养殖实验数据采集
3.5 G3代黄河鲤新品系选育结果分析
3.6 G3代黄河鲤新品系对高碳水化物的适应性生长
3.7 使用R选育配套脚本所需时间
4 讨论
参考文献
全文结论
创新点
致谢
附录
本文编号：3685903
【文章页数】：114 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
缩略词中英文对照表
绪论
第一章 文献综述
1 国内外水产种业的现状
1.1 我国渔业种业的现状
1.2 国际种业管理的现状及启示
1.3 种业技术研发
2 我国水产种质资源保护和利用情况
2.1 原良种场概况
2.2 育种实用技术
2.3 发展现代种业
3 R语言在种质资源管理中的应用
4 本文研究的内容
参考文献
第二章 基于家系选育的BLUP选配计划制定的R实现
1 引言
2 材料与方法
2.1 BLUP选育配套脚本开发平台
2.2 BLUP选育配套脚本的编写思路
2.3 BLUP选育配套脚本的测试
2.3.1 测试鱼类概况
2.3.2 数据资料收集
2.3.3 收集数据的核对
2.3.4 数据集数据处理原则
2.3.5 数据分析模型的获得
2.3.6 选配计划的输出
3 结果分析
3.1 BLUP选育配套脚本编写
3.1.1 育种值计算前使用的i2016Tilapia.R数据整合和模型建立脚本
3.1.2 育种值计算后使用的Mating_breeding_2016Carp05.R配套脚本
3.2 BLUP选育配套脚本的测试结果
3.2.1 鲤鱼和罗非鱼育种数据整合
3.2.2 育种模型的获得
3.2.3 育种值与原始值的整合
3.2.4 选配计划的制定
4 讨论
4.1 育种中使用的混合线性模型
4.2 育种辅助配套脚本的实用性
4.3 与育种相关的R软件包的应用
4.4 几个重要的分析节点
参考文献
第三章 叠代保种和离散随机保种两种保种方式模拟的R实现及应用
1 引言
2 材料与方法
2.1 编程平台及使用软件
2.2 本文的假设
2.3 起始群体模拟的参数设置
2.4 瓶颈分析
3 结果分析
3.1 用于保种的配套脚本
3.2 基础种群的产生
3.3 新一代的产生
3.4 保种群体的瓶颈分析
4 讨论
参考文献
第四章 建立的育种配套技术在黄河鲤新品系选育中的应用
1 引言
2 材料与方法
2.1 实验动物
2.2 G3代黄河鲤的选育方法
2.3 G3代苗种培育和个体标记
2.4 G3代黄河鲤生长性能测定
2.5 数据分析
3 结果分析
3.1 G2代黄河鲤数据的整合
3.2 G3代黄河鲤新品系选育所用模型选择
3.3 G3代黄河鲤新品系选配计划
3.4 G3代黄河鲤新品系养殖实验数据采集
3.5 G3代黄河鲤新品系选育结果分析
3.6 G3代黄河鲤新品系对高碳水化物的适应性生长
3.7 使用R选育配套脚本所需时间
4 讨论
参考文献
全文结论
创新点
致谢
附录
本文编号：3685903
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