海湾扇贝（Argopecten irradians）♀×紫扇贝（Argopecten purpuratus）♂杂种优势遗

发布时间：2022-10-05 21:22

　　杂种优势作为一种重要的遗传学现象,普遍存在于自然界中,其在农业生产中已得到了广泛的应用,并取得了举世瞩目的成就。关于杂种优势的遗传机制,争论了近一个世纪未得到统一的结论,而高通量测序技术的发展为其提供了新思路和新方法。海洋贝类是我国重要的海水养殖品种,海湾扇贝（Argopecten irradians）和紫扇贝（Argopecten purpuratus）的成功杂交,不仅促进了贝类养殖业的发展,也为贝类杂种优势的研究提供了新的材料。本研究分别从基因组和转录组水平上对海湾扇贝、紫扇贝及其杂交贝进行了研究,为贝类杂种优势研究提供更多的线索和参考。1海湾、紫贝和海紫杂交贝基因组Survey分析本研究分别构建了海湾扇贝、紫扇贝及其杂交子代的180 bp基因组短插入片段文库,并进行了Solexa双末端测序,共得到测序数据108.8Gb,测序深度分别为29,29和20。利用该数据对三种扇贝进行了基因组基本特征的分析,包括基因组大小、杂合度、重复序列、GC含量等。杂交贝的基因组大小约是海湾扇贝和紫扇贝之和,且其基因组杂合度极低,如同一个单倍体,推测其分别继承了两亲本的各一套染色体且未发生大规模染色体... 

【文章页数】：137 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    第一节 杂种优势及其产生机制的研究进展
        0 引言
        1 杂种优势及其应用
        2 杂种优势经典遗传假说
            2.1 显性假说
            2.2 超显性假说
            2.3 上位效应
            2.4 杂种优势的其它假说
    第二节 杂种优势基因组学研究
        0 引言
        1 高通量测序技术及其发展现状
            1.1 454测序技术
            1.2 Solexa测序技术
            1.3 SOLiD测序技术
            1.4 第三代测序技术
        2 高通量测序技术在杂种优势研究中的应用
            2.1 基因组水平的研究
            2.2 转录组水平的研究
            2.3 DNA甲基化分析
    第三节 海洋贝类杂交育种及杂种优势研究进展
        0 引言
        1 海洋贝类杂交育种研究进展
            1.1 海洋贝类杂交育种研究进展
            1.2 海湾扇贝与紫贝种间杂交研究
        2 贝类杂种优势研究进展
        3 本研究的目的和意义
第二章 海湾、紫贝和海紫杂交贝基因组Survery分析
    0 引言
    第一节 海湾、紫贝和杂交贝基因组Survery分析
        1 材料和方法
            1.1 实验材料来源
            1.2 海湾、紫贝及杂交贝基因组DNA提取
            1.3 短插入片段基因组文库的构建及测序
            1.4 测序数据的处理分析
        2 结果与讨论
            2.1 测序数据统计
            2.2 K-mer分布及基因组大小评估
            2.3 基因组杂合度、重复序列及GC含量评价
    第二节 海湾、紫贝和杂交贝基因组denovo拼接
        1 方法
        2 结果与讨论
    第三节 海湾、紫贝及杂交贝比较基因组分析
        1 方法
            1.1 海湾、紫贝基因组比较
            1.2 杂交贝与两亲本基因组比较
        2 结果与讨论
            2.1 海湾、紫贝基因组比较
            2.2 杂交贝与两亲本基因组比较
第三章 海紫杂交和海湾自交家系标记偏分离分析
    0 引言
    第一节 海紫杂交及海湾自交家系构建及SNP标记分型
        1 材料和方法
            1.1 杂交及自交家系构建
            1.2 杂交及自交家系基因组DNA的提取
            1.3 杂交及自交家系2b-RAD文库的构建及测序
            1.4 测序数据预处理及基因分型
        2 结果与讨论
            2.1 海湾×紫贝杂交家系及海湾自交家系构建情况
            2.2 测序数据统计
            2.3 杂交及自交家系基因分型
    第二节 杂交及自交家系SNP标记偏分离分析
        1 方法
        2 结果
            2.1 杂交家系偏分离情况
            2.2 自交家系偏分离情况
        3 讨论
    第三节 杂交自交共享SNP偏分离分析
        1 方法
            1.1 杂交自交家系共享SNP标记统计
            1.2 共享SNP偏分离统计分析
            1.3 杂种优势候选位点基因注释
        2 结果
            2.1 杂交及自交家系共享SNP情况
            2.2 共享SNP分离分析
            2.3 偏分离位点注释
        3 讨论
第四章 高密度遗传连锁图谱的构建及重要经济性状的QTL定位
    0 引言
    第一节 海湾×紫贝杂交家系高密度遗传连锁图谱的构建
        1 方法
            1.1 高密度遗传连锁图谱的构建
        2 结果
            2.1 海湾扇贝高密度遗传连锁图谱的构建
            2.2 紫扇贝高密度遗传连锁图谱的构建
        3 讨论
    第二节 海湾自交家系高密度遗传连锁图谱的构建
        1 方法
        2 结果与讨论
            2.1 高密度遗传连锁图谱的构建
            2.2 偏分离聚集区统计
        3 讨论
    第三节 杂交及自交家系重要经济性状的QTL定位
        1 方法
            1.1 重要经济性状的统计分析
            1.2 重要经济性状的QTL定位
            1.3 QTL位点注释
        2 结果与讨论
            2.1 生长相关性状分布情况
            2.2 生长相关性状相关性分析
            2.3 生长相关性状主成分分析
            2.4 生长相关性状QTL定位
            2.5 壳色性状的QTL定位
            2.6 QTL位点注释信息
        3 讨论
第五章 海紫杂交贝与亲本表达谱差异分析
    0 引言
    第一节 海湾、紫贝及杂交贝闭壳肌转录组测序
        1 材料和方法
            1.1 实验材料来源
            1.2 RNA-seq文库构建及测序
            1.3 测序数据处理
            1.4 海湾、紫贝转录组拼接
            1.5 海湾、紫贝转录组功能注释、分类及代谢通路分析
        2 结果与讨论
            2.1 测序数据处理
            2.2 海湾、紫贝转录组拼接
            2.3 海湾、紫贝转录组功能注释
            2.4 海湾、紫贝转录组GO注释
            2.5 海湾、紫贝转录组代谢通路分析
    第二节 海湾、紫贝比较转录组分析
        1 方法
            1.1 功能注释比较
            1.2 同源序列聚类分析
        2 结果
            2.1 功能注释比较
            2.2 同源序列比较
        3 讨论
    第三节 海紫杂交贝与其亲本表达谱差异分析
        1 方法
            1.1 海湾、紫贝及杂交贝表达量计算
            1.2 海湾、紫贝及杂交贝差异表达分析
            1.3 差异基因功能注释及富集分析
        2 结果
            2.1 海湾、紫贝及杂交贝基因差异表达分析
            2.2 海湾、紫贝及杂交贝差异基因表达模式分析
            2.3 差异表达基因功能富集分析
        3 讨论
参考文献
附录
致谢
个人简历
学术成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）与长牡蛎（Crassostrea gigas）种间杂种遗传力评估[J]. 张跃环,王昭萍,喻子牛,闫喜武.  海洋与湖沼. 2014(06)
[2]牛亚科几个物种的起源及其种间杂交研究进展[J]. 亐开兴,黄必志,昝林森.  中国牛业科学. 2014(03)
[3]尼罗罗非鱼（♀）×萨罗罗非鱼（♂）杂交后代F1、F2形态性状的遗传与变异[J]. 郭金涛,赵金良,甘远迪,罗明坤,李思发,叶卫,符云,陈辉崇.  中国水产科学. 2014(02)
[4]杂色鲍群体间杂交的杂种优势分析[J]. 林壮炳,游伟伟.  南方水产科学. 2013(04)
[5]番茄主要品质性状的杂种优势[J]. 梁瑞,张喜春,唐延晨.  中国农学通报. 2012(19)
[6]肉兔生产中的杂种优势[J]. 张翔宇,张翠霞,杨超,邝良德.  中国养兔. 2012(04)
[7]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨.  中国科学:生命科学. 2012(02)
[8]小尾寒羊杂交利用研究现状[J]. 李红燕,陈幻喜,季建莉.  中国畜禽种业. 2011(12)
[9]长牡蛎（Crassostrea gigas）与熊本牡蛎（C. sikamea）杂交的受精细胞学观察及子一代的生长比较[J]. 滕爽爽,李琪,李金蓉.  海洋与湖沼. 2010(06)
[10]日本盘鲍与皱纹盘鲍杂交育种技术研究[J]. 李翘楚,李琪,李成林,胡炜.  齐鲁渔业. 2010(09)

博士论文
[1]虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）近交衰退的生物学效应及遗传机理研究[D]. 傅强.中国海洋大学 2014
[2]虾夷扇贝基因组结构特征与进化基因组学分析[D]. 侯睿.中国海洋大学 2012
[3]海湾扇贝微卫星标记的开发及遗传连锁图谱的构建[D]. 李宏俊.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2009
[4]长牡蛎的分子标记筛选和遗传图谱构建[D]. 李莉.中国科学院研究生院（海洋研究所） 2003

硕士论文
[1]英国和西班牙进口大菱鲆杂交子一代的杂种优势分析[D]. 季士治.中国海洋大学 2006



本文编号：3686530