不同品种及不同养殖环境的罗非鱼肠道微生物分析研究
发布时间：2022-10-24 20:03
肠道微生物广泛存在于动物肠道中,它不仅参与机体对营养物质的消化吸收,同时协助宿主完成多种生理生化过程。目前,国内外在肠道微生物对人类和畜禽动物的影响方面开展了众多研究,但对鱼类肠道微生物的菌群结构及多样性仍缺乏系统性研究。本实验对不同养殖环境（稻田养殖和池塘养殖）和不同品种（尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂和尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）的罗非鱼肠道微生物菌群结构和多样性影响进行较系统的研究,通过Illumina Hi Seq测序平台利用16S r RNA高通量测序方法,探究不同品种及养殖环境的罗非鱼肠道微生物菌群组成的多样性及差异。主要研究结果如下:1.四种不同品种罗非鱼肠道微生物比较分析（1）本研究共获得45084个OTUs,序列数排列为C组（奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂）＞AN组（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）＞N组（尼罗罗非鱼）＞A组（奥利亚罗非鱼）。Gra Phl An图显示,四种罗非鱼的优势菌群主要为疣微菌门（Verrucomicrobia）、厚壁菌门（Firmicutes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、浮霉菌门（Planctomycetes）...
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 罗非鱼概述
1.1.1 罗非鱼主要养殖品种的现状
1.1.2 罗非鱼池塘和稻田养殖发展现状
1.2 肠道微生物研究概况
1.2.1 鱼类肠道微生物对鱼类的影响
1.2.2 鱼类肠道微生物的组成结构
1.2.3 鱼类肠道微生物的影响因素
1.2.3.1 养殖环境对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.2 生长发育时期对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.3 食性对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.4 微生态制剂对肠道微生物的影响
1.3 肠道微生物研究方法
1.4 本文研究的目的与意义、创新点和技术路线
1.4.1 研究目的与意义
1.4.2 创新点
1.4.3 技术路线
第二章 四种不同品种罗非鱼肠道微生物比较分析
2.1 材料与方法
2.1.1 实验动物及养殖
2.1.2 实验取样
2.1.3 DNA的提取
2.1.4 PCR扩增
2.1.5 测序数据处理
2.2 结果与分析
2.2.1 测序注释结果统计
2.2.2 GraPhlAn图对物种丰度的分析
2.2.3 分类系统组成树对分组样品结果的注释
2.2.4 门水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
2.2.5 属水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
2.3 四种罗非鱼肠道微生物多样性分析
2.4 四种罗非鱼肠道微生物组间比较分析
2.4.1 主坐标分析(PCoA)
2.4.2 主成分分析(PCA)
2.4.3 非度量多维尺度法(NMDS)
2.5 讨论
2.6 小结
第三章 稻田和池塘养殖罗非鱼肠道微生物比较分析
3.1 材料与方法
3.1.1 实验动物及养殖
3.1.2 实验方法
3.2 PCR扩增及基因文库构建
3.2.1 基因组DNA的提取和PCR扩增
3.2.2 PCR产物的处理
3.2.3 库检和测序
3.3 测序结果分析
3.3.1 数据处理
3.3.2 OTU(Operational Taxonomic Units)聚类和物种注释
3.4 结果和分析
3.4.1 水质变化情况
3.4.2 测序数据结果统计
3.4.3 门水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
3.4.4 属水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
3.5 不同养殖环境罗非鱼肠道微生物多样性分析
3.5.1 肠道微生物菌群α多样性分析结果
3.5.2 主坐标分析(PCoA)
3.5.3 主成分分析(PCA)
3.5.4 非度量多维尺度法(NMDS)
3.6 讨论
3.7 小结
第四章 全文结论与展望
4.1 结论
4.2 不足之处
4.3 展望
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]海洋红酵母菌和枯草芽孢杆菌对蛋雏鸡生长性能、肠道形态和免疫功能的影响[J]. 李玲茜,惠俊楠,吴旻,兰海楠,郑鑫. 中国畜牧杂志. 2020(03)
[2]罗非鱼为主多品种混养池塘氮磷收支[J]. 钟全福. 广东海洋大学学报. 2019(06)
[3]蒙医“策格”疗法与认知功能障碍相关性的研究进展[J]. 包连胜,吉日太,张佳书. 医学综述. 2019(20)
[4]饲料中添加螺旋藻对花鲈生长性能、消化酶活性、血液学指标及抗氧化能力的影响[J]. 虞为,杨育凯,陈智彬,林黑着,黄小林,周传朋,杨铿,曹煜成,黄忠,马振华,李涛,王珺,王芸,荀鹏伟,黄倩倩,于万峰. 南方水产科学. 2019(03)
[5]鹅-鱼立体养殖环境的菌群特征研究[J]. 周萌,莫金凤,林蠡,黄运茂,吴灶和,蓝中东,陈愿,刘家志. 仲恺农业工程学院学报. 2019(02)
[6]适合稻鱼系统的水稻品种筛选研究[J]. 唐茂艳,王强,陈雷,张晓丽,高国庆,吕荣华,陶伟,梁天锋. 中国稻米. 2019(03)
[7]恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律[J]. 陈明强,李有宁,邓正华,于刚,马振华,郑兴,洪嘉炜,魏海军,王雨. 南方农业学报. 2019(04)
[8]肠道微生态对消化系统疾病的影响及其相关机制[J]. 侯佳影,周晓明,刘清华. 中国临床医生杂志. 2019(03)
[9]克氏原螯虾稻田生态种养技术[J]. 张胜金戈,袁赫羚,王计元,候金亮,易玉婷,刘小燕. 现代农业科技. 2018(22)
[10]发展稻渔综合种养 打造绿色生态循环农业典范[J]. 王祖峰. 中国水产. 2018(09)
博士论文
[1]东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究[D]. 佟庆.东北农业大学 2019
[2]微生物制剂对南美白对虾养殖体系微生态的影响及其与藻类关系的研究[D]. 吴定心.华中农业大学 2016
[3]肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展关系的研究[D]. 王婷婷.上海交通大学 2012
硕士论文
[1]不同饲料对大口黑鲈消化酶及肠道形态结构的影响[D]. 欧红霞.上海海洋大学 2018
[2]肠道菌群变化与缺血性心肌病相关性研究[D]. 谭淑娜.天津医科大学 2018
[3]家蚕杂交种F1及其亲本的肠道微生物多样性和血淋巴代谢组学差异研究[D]. 岳玲.苏州大学 2018
[4]氧化魔芋葡苷露聚糖酸解物对齐口裂腹鱼肠道消化酶、肠道微生物及肠黏膜免疫的影响[D]. 杨敏.四川农业大学 2016
[5]养殖环境微生物群落的动态变化及与水环境的互作[D]. 张皓.苏州大学 2015
[6]酵母菌对肉鸭肠道微生态平衡调节机制的研究[D]. 马治敏.武汉轻工大学 2013
本文编号：3697133
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 罗非鱼概述
1.1.1 罗非鱼主要养殖品种的现状
1.1.2 罗非鱼池塘和稻田养殖发展现状
1.2 肠道微生物研究概况
1.2.1 鱼类肠道微生物对鱼类的影响
1.2.2 鱼类肠道微生物的组成结构
1.2.3 鱼类肠道微生物的影响因素
1.2.3.1 养殖环境对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.2 生长发育时期对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.3 食性对鱼类肠道微生物的影响
1.2.3.4 微生态制剂对肠道微生物的影响
1.3 肠道微生物研究方法
1.4 本文研究的目的与意义、创新点和技术路线
1.4.1 研究目的与意义
1.4.2 创新点
1.4.3 技术路线
第二章 四种不同品种罗非鱼肠道微生物比较分析
2.1 材料与方法
2.1.1 实验动物及养殖
2.1.2 实验取样
2.1.3 DNA的提取
2.1.4 PCR扩增
2.1.5 测序数据处理
2.2 结果与分析
2.2.1 测序注释结果统计
2.2.2 GraPhlAn图对物种丰度的分析
2.2.3 分类系统组成树对分组样品结果的注释
2.2.4 门水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
2.2.5 属水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
2.3 四种罗非鱼肠道微生物多样性分析
2.4 四种罗非鱼肠道微生物组间比较分析
2.4.1 主坐标分析(PCoA)
2.4.2 主成分分析(PCA)
2.4.3 非度量多维尺度法(NMDS)
2.5 讨论
2.6 小结
第三章 稻田和池塘养殖罗非鱼肠道微生物比较分析
3.1 材料与方法
3.1.1 实验动物及养殖
3.1.2 实验方法
3.2 PCR扩增及基因文库构建
3.2.1 基因组DNA的提取和PCR扩增
3.2.2 PCR产物的处理
3.2.3 库检和测序
3.3 测序结果分析
3.3.1 数据处理
3.3.2 OTU(Operational Taxonomic Units)聚类和物种注释
3.4 结果和分析
3.4.1 水质变化情况
3.4.2 测序数据结果统计
3.4.3 门水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
3.4.4 属水平上罗非鱼肠道微生物菌群结构
3.5 不同养殖环境罗非鱼肠道微生物多样性分析
3.5.1 肠道微生物菌群α多样性分析结果
3.5.2 主坐标分析(PCoA)
3.5.3 主成分分析(PCA)
3.5.4 非度量多维尺度法(NMDS)
3.6 讨论
3.7 小结
第四章 全文结论与展望
4.1 结论
4.2 不足之处
4.3 展望
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表的学术论文
【参考文献】：
期刊论文
[1]海洋红酵母菌和枯草芽孢杆菌对蛋雏鸡生长性能、肠道形态和免疫功能的影响[J]. 李玲茜,惠俊楠,吴旻,兰海楠,郑鑫. 中国畜牧杂志. 2020(03)
[2]罗非鱼为主多品种混养池塘氮磷收支[J]. 钟全福. 广东海洋大学学报. 2019(06)
[3]蒙医“策格”疗法与认知功能障碍相关性的研究进展[J]. 包连胜,吉日太,张佳书. 医学综述. 2019(20)
[4]饲料中添加螺旋藻对花鲈生长性能、消化酶活性、血液学指标及抗氧化能力的影响[J]. 虞为,杨育凯,陈智彬,林黑着,黄小林,周传朋,杨铿,曹煜成,黄忠,马振华,李涛,王珺,王芸,荀鹏伟,黄倩倩,于万峰. 南方水产科学. 2019(03)
[5]鹅-鱼立体养殖环境的菌群特征研究[J]. 周萌,莫金凤,林蠡,黄运茂,吴灶和,蓝中东,陈愿,刘家志. 仲恺农业工程学院学报. 2019(02)
[6]适合稻鱼系统的水稻品种筛选研究[J]. 唐茂艳,王强,陈雷,张晓丽,高国庆,吕荣华,陶伟,梁天锋. 中国稻米. 2019(03)
[7]恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律[J]. 陈明强,李有宁,邓正华,于刚,马振华,郑兴,洪嘉炜,魏海军,王雨. 南方农业学报. 2019(04)
[8]肠道微生态对消化系统疾病的影响及其相关机制[J]. 侯佳影,周晓明,刘清华. 中国临床医生杂志. 2019(03)
[9]克氏原螯虾稻田生态种养技术[J]. 张胜金戈,袁赫羚,王计元,候金亮,易玉婷,刘小燕. 现代农业科技. 2018(22)
[10]发展稻渔综合种养 打造绿色生态循环农业典范[J]. 王祖峰. 中国水产. 2018(09)
博士论文
[1]东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究[D]. 佟庆.东北农业大学 2019
[2]微生物制剂对南美白对虾养殖体系微生态的影响及其与藻类关系的研究[D]. 吴定心.华中农业大学 2016
[3]肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展关系的研究[D]. 王婷婷.上海交通大学 2012
硕士论文
[1]不同饲料对大口黑鲈消化酶及肠道形态结构的影响[D]. 欧红霞.上海海洋大学 2018
[2]肠道菌群变化与缺血性心肌病相关性研究[D]. 谭淑娜.天津医科大学 2018
[3]家蚕杂交种F1及其亲本的肠道微生物多样性和血淋巴代谢组学差异研究[D]. 岳玲.苏州大学 2018
[4]氧化魔芋葡苷露聚糖酸解物对齐口裂腹鱼肠道消化酶、肠道微生物及肠黏膜免疫的影响[D]. 杨敏.四川农业大学 2016
[5]养殖环境微生物群落的动态变化及与水环境的互作[D]. 张皓.苏州大学 2015
[6]酵母菌对肉鸭肠道微生态平衡调节机制的研究[D]. 马治敏.武汉轻工大学 2013
本文编号：3697133
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