金钱鱼（Scatophagus argus）微卫星标记的开发及群体遗传学研究

发布时间：2022-12-23 03:51

　　金钱鱼（Scatophagus argus）食性广、抗逆性强,是我国东南沿海的名优养殖物种,也是大面积推广养殖的候选物种,经济潜力巨大。开展遗传多样性研究是种质资源保存利用的必要前提及改良物种遗传性状的关键手段。本文利用金钱鱼基因组survey文库分析金钱鱼基因组中微卫星分布特征并开发多态性微卫星标记。使用微卫星、线粒体DNA两种分子标记获取三亚（SY）、海口（HK）、北海（BH）、湛江（ZJ）、珠海（ZH）、高雄（TW）、漳浦（ZP）、罗源（LR）以及乐清（YQ）9个金钱鱼群体的遗传多样性与遗传结构参数,并利用这些参数作为指标对金钱鱼群体遗传多样性与种群历史动态等进行分析。主要结果如下:（1）利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行挖掘并分析其分布特征。金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二至六碱基重复的SSR位点249902个,其中二碱基重复类型的SSR最多（52.64%）。随机选择50个SSR位点并成功开发出23个具有多态性的标记,选择其中的7个标记进行毛细管电泳并检测来自湛江的30尾野生金钱鱼遗传多样性。7个SSR标记位点共检测到58个等位... 

【文章页数】：100 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 文献综述
    1.1 种群遗传学概述
        1.1.1 种群遗传多样性
        1.1.2 种群遗传结构
    1.2 分子标记技术及其应用
        1.2.1 线粒体标记在鱼类群体遗传学研究中的应用
        1.2.2 微卫星标记在鱼类群体遗传学研究中的应用
    1.3 .金钱鱼研究现状
        1.3.1 繁殖生物学与养殖生物学研究相继开展
        1.3.2 经济价值高市场潜力大但缺乏良种
        1.3.3 遗传学研究进展相对缓慢标记资源稀少
    1.4 本研究目的和意义
        1.4.1 立题依据与研究意义
        1.4.2 研究内容及目标
        1.4.3 技术路线
2 金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及SSR标记开发
    2.1 前言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 金钱鱼基因组来源
        2.2.2 样本采集
        2.2.3 基因组DNA的提取
        2.2.4 金钱鱼基因组微卫星标记挖掘
        2.2.5 微卫星标记引物筛选
        2.2.6 多态性标记筛选
        2.2.7 数据分析
    2.3 结果与分析
        2.3.1 金钱鱼基因组微卫星各重复类型总体分布特征
        2.3.2 不同重复类型微卫星核心区序列拷贝数分布
        2.3.3 金钱鱼微卫星核心区重复碱基类型特征
        2.3.4 金钱鱼微卫星标记多态性检验
    2.4 讨论
        2.4.1 金钱鱼基因组微卫星分布特征规律
        2.4.2 金钱鱼基因组微卫星标记的开发
        2.4.3 微卫星标记的多态性及其遗传学特征
    2.5 小结
3 基于微卫星标记的金钱鱼遗传多样性研究
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 样本采集
        3.2.2 微卫星标记分型
        3.2.3 遗传多样性分析
        3.2.4 遗传结构分析
        3.2.5 种群历史动态分析
        3.2.6 IBD分析
    3.3 结果与分析
        3.3.1 遗传多样性分析
        3.3.2 遗传结构与遗传距离分析
        3.3.3 IBD分析
        3.3.4 金钱鱼种群历史动态分析
    3.4 讨论
        3.4.1 遗传多样性分析
        3.4.2 遗传结构分析
        3.4.3 金钱鱼种质资源
    3.5 小结
4 基于线粒体标记的金钱鱼遗传多样性分析
    4.1 前言
    4.2 材料及方法
        4.2.1 线粒体标记基因的扩增及碱基序列测定
        4.2.2 基于线粒体标记的遗传多样性分析
        4.2.3 基于线粒体标记的系统发育及单倍型网络分析
        4.2.4 基于线粒体标记的群体遗传分化研究
        4.2.5 基于线粒体标记的种群历史动态分析
    4.3 结果与分析
        4.3.1 基于D-loop和 Cyt b标记的种群遗传多样性
        4.3.2 单倍型分布及遗传发育关系
        4.3.3 基于线粒体标记金钱鱼群体遗传结构分析
        4.3.4 基于线粒体标记金钱鱼群体历史动态分析
    4.4 讨论
        4.4.1 基于线粒体标记的遗传多样性研究
        4.4.2 基于线粒体标记的遗传结构研究
        4.4.3 基于线粒体标记的种群历史动态分析
    4.5 小结
5 总结与展望
    5.1 总结
    5.2 展望
参考文献
致谢
作者简介
导师简介



本文编号：3724659