长牡蛎产卵前后热激和溶藻弧菌胁迫响应的分子机制
发布时间：2023-03-04 19:45
长牡蛎(Crassostrea gigas),又称太平洋牡蛎,分类学隶属于软体动物门(Mollusca)、瓣鳃纲(Lanellibranchia)、珍珠目(Pterioida)、牡蛎科(Ostreidae)、巨蛎属(Crassostrea),是一种广温、广盐的重要海水经济双壳贝类,其作为潮间带这一特殊环境的典型物种,被当做海洋生物对潮间带环境适应性研究的模式生物。由于其独特的生态价值和经济价值被广泛养殖,是世界上最重要的海水养殖物种。我国山东省是长牡蛎的主养区之一,但是在最近几年,经常有报道长牡蛎存在大规模死亡的现象,尤其在夏季海水温度升高时死亡率达到最高,这在一定程度上困扰着长牡蛎产业的发展。有初步研究表明,导致大规模死亡这一现象发生可能主要是由于高温胁迫、个体生理状态以及病原微生物所导致,但是并没有整体系统的研究。针对这一问题,本研究对长牡蛎的夏季大规模死亡展开了系统的环境及生物学调查,并且通过转录组获取胁迫响应的基因集,对其分子机制进行初步研究,结果如下:1.本研究对乳山长牡蛎养殖区高温季节水文条件(温度、溶解氧、p H值、盐度)指标进行了较为详细的检测,统计了对应各时间点养殖水...
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 牡蛎养殖现状
1.2 长牡蛎度夏死亡问题的相关研究
1.2.1 长牡蛎度夏死亡问题概述
1.2.2 长牡蛎高温胁迫研究现状
1.2.3 长牡蛎病原体胁迫研究现状
1.3 转录组及双壳贝类转录组研究进展
1.4 本研究目的及意义
1.4.1 本研究目的
1.4.2 本研究意义
第二章 长牡蛎养殖环境以及抗性相关基因的季节性差异
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 主要仪器和试剂
2.2.2 长牡蛎样品来源及环境数据监测
2.2.3 RNA提取和样品混合
2.2.4 RNA反转录
2.2.5 实验用基因及引物信息
2.2.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)
2.2.7 长牡蛎生存地点环境参数的统计及样品肥满度的差异
2.3 结果与分析
2.3.1 RNA提取结果
2.3.2 目的基因在各月的表达结果
2.3.3 环境参数检测结果
2.3.4 各取样点藻类分析
2.3.5 不同取样点长牡蛎在各月份的表型数据
2.4 讨论
2.4.1 西黄岛水环境指标
2.4.2 抗性基因的表达
2.5 小结
第三章 长牡蛎产卵前后的表型差异
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 样品采集与处理
3.2.2 人工催熟获得产卵后群体
3.2.3 群体数据测定
3.2.4 糖原含量测定
3.2.5 条件指数测定
3.2.6 呼吸率测定
3.3 结果与分析
3.3.1 长牡蛎群体数据结果
3.3.2 糖原含量
3.3.3 条件指数
3.3.4 呼吸率
3.4 讨论
3.4.1 表观测量
3.4.2 生理指标分析
3.5 小结
第四章 长牡蛎产卵前后热激胁迫下的转录组分析
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 样品处理
4.2.2 总RNA提取
4.2.5 转录组文库的制备
4.2.6 测序数据的获得与过滤
4.2.7 测序结果与参考基因组序列比对
4.2.8 差异基因的获取及相关分析
4.3 结果与分析
4.3.1 总RNA提取
4.3.2 RNA-Seq测序结果
4.3.3 差异表达基因筛选结果
4.3.4 转录组基本统计分析
4.4 讨论
4.4.1 差异基因筛选
4.4.2 富集分析
4.5 小结
第五章 长牡蛎产卵前后溶藻弧菌感染后的转录组分析
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.2.1 长牡蛎开孔
5.2.2 菌株的获得以及浓度的确定
5.3 结果与分析
5.3.1 总RNA提取
5.3.2 RNA-Seq测序结果
5.3.3 差异表达基因筛选结果
5.3.4 转录组基本统计分析
5.4 讨论
5.4.1 差异基因筛选
5.4.2 富集分析
5.5 小结
第六章 总结
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文情况
本文编号：3754888
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 牡蛎养殖现状
1.2 长牡蛎度夏死亡问题的相关研究
1.2.1 长牡蛎度夏死亡问题概述
1.2.2 长牡蛎高温胁迫研究现状
1.2.3 长牡蛎病原体胁迫研究现状
1.3 转录组及双壳贝类转录组研究进展
1.4 本研究目的及意义
1.4.1 本研究目的
1.4.2 本研究意义
第二章 长牡蛎养殖环境以及抗性相关基因的季节性差异
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 主要仪器和试剂
2.2.2 长牡蛎样品来源及环境数据监测
2.2.3 RNA提取和样品混合
2.2.4 RNA反转录
2.2.5 实验用基因及引物信息
2.2.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)
2.2.7 长牡蛎生存地点环境参数的统计及样品肥满度的差异
2.3 结果与分析
2.3.1 RNA提取结果
2.3.2 目的基因在各月的表达结果
2.3.3 环境参数检测结果
2.3.4 各取样点藻类分析
2.3.5 不同取样点长牡蛎在各月份的表型数据
2.4 讨论
2.4.1 西黄岛水环境指标
2.4.2 抗性基因的表达
2.5 小结
第三章 长牡蛎产卵前后的表型差异
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 样品采集与处理
3.2.2 人工催熟获得产卵后群体
3.2.3 群体数据测定
3.2.4 糖原含量测定
3.2.5 条件指数测定
3.2.6 呼吸率测定
3.3 结果与分析
3.3.1 长牡蛎群体数据结果
3.3.2 糖原含量
3.3.3 条件指数
3.3.4 呼吸率
3.4 讨论
3.4.1 表观测量
3.4.2 生理指标分析
3.5 小结
第四章 长牡蛎产卵前后热激胁迫下的转录组分析
4.1 引言
4.2 材料与方法
4.2.1 样品处理
4.2.2 总RNA提取
4.2.5 转录组文库的制备
4.2.6 测序数据的获得与过滤
4.2.7 测序结果与参考基因组序列比对
4.2.8 差异基因的获取及相关分析
4.3 结果与分析
4.3.1 总RNA提取
4.3.2 RNA-Seq测序结果
4.3.3 差异表达基因筛选结果
4.3.4 转录组基本统计分析
4.4 讨论
4.4.1 差异基因筛选
4.4.2 富集分析
4.5 小结
第五章 长牡蛎产卵前后溶藻弧菌感染后的转录组分析
5.1 引言
5.2 材料与方法
5.2.1 长牡蛎开孔
5.2.2 菌株的获得以及浓度的确定
5.3 结果与分析
5.3.1 总RNA提取
5.3.2 RNA-Seq测序结果
5.3.3 差异表达基因筛选结果
5.3.4 转录组基本统计分析
5.4 讨论
5.4.1 差异基因筛选
5.4.2 富集分析
5.5 小结
第六章 总结
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文情况
本文编号：3754888
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/scyylw/3754888.html
