鲍消化道及养殖环境中异养菌的耐药性调查与耐药机制研究
发布时间：2023-04-08 23:27
细菌性病原在鲍病害中占据主导地位,而细菌性病原以弧菌为主,报道的鲍相关病原菌主要有:溶藻弧菌、副溶血弧菌、河流弧菌、亮弧菌、哈维弧菌等。目前针对细菌性疾病主要依赖抗菌药物治疗,抗菌药物的使用使得养殖水体的病原菌处于选择压力的环境下,诱导病原菌产生耐药性,甚至产生多重耐药性,病原菌耐药性的产生最终会导致抗菌药物用量增加,最终无药可用,造成恶性循环。水产养殖上对细菌耐药性的研究主要集中在鱼、虾类,而对贝类相关的耐药性研究及耐药机制鲜有报道,因此本文调查4个养殖场鲍的消化道及养殖环境异养菌的耐药性,并从所获得的鲍消化道异养菌中选取对恩诺沙星敏感的哈维弧菌进行耐药性诱导,对获得的恩诺沙星耐药株(HL-R)与恩诺沙星敏感株(HL-S)进行转录组分析,从分子水平初步探究鲍体内哈维弧菌的耐药机制,为鲍细菌性疾病预防与治疗提供理论基础。采用纸片扩散法对分离于鲍消化道及养殖水体的575株异养菌进行耐药性检测,发现菌株对青霉素G、卡那霉素、庆大霉素和利福平具有较高的耐药率(消化道异养菌耐药率范围在40%80.65%,水体菌为27.03%83.95%),对诺氟沙星...
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩略词
1 文献综述
1.1 鲍的简介
1.1.1 鲍的分布及养殖
1.1.2 鲍的病害研究概况
1.2 水产养殖中细菌的耐药性研究现状
1.2.1 水产养殖业中抗生素的使用及其风险
1.2.2 耐药性来源与耐药性研究概况
1.3 耐药性检测方法
1.3.1 常规的药物敏感试验
1.3.2 分子手段检测耐药性
1.3.3 转录组测序检测耐药性
1.4 抗菌药物的抗菌机制及耐药机制
1.4.1 抗菌药物的抗菌机制
1.4.2 细菌的耐药机制
1.4.3. 细菌对喹诺酮类药物的耐药机制
1.5 学位论文结构路线图
1.6 研究的目的和意义
2 鲍消化道及养殖环境中异养菌耐药性的调查
2.1 实验材料
2.1.1 菌株来源
2.1.2 抗菌药物种类
2.1.3 所用培养基及试剂
2.1.4 主要仪器与设备
2.2 实验方法
2.2.1 采样方法
2.2.2 药敏试验纸片扩散法
2.2.3 统计方法
2.3 实验结果
2.3.1 不同养殖场鲍及养殖环境分离所得的菌株数
2.3.2 鲍消化道与养殖环境异养菌的耐药性分析
2.3.2.1 鲍消化道与养殖环境异养菌对不同抗菌药物耐药率的差异
2.3.2.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性差异
2.4 讨论
2.4.1 鲍消化道及养殖环境中异养菌对不同抗菌药物的耐药性分析
2.4.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性及MARI分析
3 哈维弧菌耐药株的诱导
3.1 实验材料
3.1.1 菌株来源
3.1.2 抗菌药物种类
3.1.3 所用培养基及试剂
3.1.4 所需引物
3.1.5 主要仪器与设备
3.2 实验方法
3.2.1 细菌DNA的提取
3.2.2 菌株PCR鉴定
3.2.3 K-B法
3.2.4 最低抑菌浓度的测定
3.2.5 耐药株的诱导
3.3 实验结果
3.3.1 菌株的鉴定
3.3.2 敏感株与诱导耐药株的药敏结果
3.4 讨论
4 哈维弧菌的耐药机制研究
4.1 实验材料
4.1.1 实验菌株
4.1.2 所用试剂与仪器
4.2 实验方法
4.2.1 转录组数据的评估与处理
4.2.1.1 转录组的实验流程与分析流程
4.2.1.2 RNA-seq测序质量评估
4.2.1.3 与参考基因组比对
4.2.1.4 基因统计
4.2.2 转录组数据的分析
4.2.2.1 差异基因分析
4.2.2.2 Gene Ontology功能注释分析
4.2.3 转录组中耐药基因的qRT-PCR
4.2.3.1 提取RNA
4.2.3.2 cDNA的合成
4.2.3.3 qRT-PCR引物的设计与合成
4.2.3.4 qRT-PCR的实验操作
4.3 实验结果
4.3.1 测序评估
4.3.1.1 测序reads质量评估
4.3.1.2 测序饱和度分析
4.3.1.3 比对参考基因组
4.3.2 基因统计
4.3.2.1 基因覆盖度
4.3.3 差异分析
4.3.3.1 诱导前后差异基因分析
4.3.3.2 差异基因GO功能注释分析
4.3.3.3 筛选与喹诺酮耐药机制相关的差异基因
4.3.4 qRT-PCR的验证
4.4 讨论
4.4.1 靶酶基因突变与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.2 主动外排泵系统与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.3 SOS反应与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.4 细菌群体效应与哈维弧菌耐药性的关系
5 全文总结
参考文献
致谢
作者简介
导师简介
本文编号：3786666
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩略词
1 文献综述
1.1 鲍的简介
1.1.1 鲍的分布及养殖
1.1.2 鲍的病害研究概况
1.2 水产养殖中细菌的耐药性研究现状
1.2.1 水产养殖业中抗生素的使用及其风险
1.2.2 耐药性来源与耐药性研究概况
1.3 耐药性检测方法
1.3.1 常规的药物敏感试验
1.3.2 分子手段检测耐药性
1.3.3 转录组测序检测耐药性
1.4 抗菌药物的抗菌机制及耐药机制
1.4.1 抗菌药物的抗菌机制
1.4.2 细菌的耐药机制
1.4.3. 细菌对喹诺酮类药物的耐药机制
1.5 学位论文结构路线图
1.6 研究的目的和意义
2 鲍消化道及养殖环境中异养菌耐药性的调查
2.1 实验材料
2.1.1 菌株来源
2.1.2 抗菌药物种类
2.1.3 所用培养基及试剂
2.1.4 主要仪器与设备
2.2 实验方法
2.2.1 采样方法
2.2.2 药敏试验纸片扩散法
2.2.3 统计方法
2.3 实验结果
2.3.1 不同养殖场鲍及养殖环境分离所得的菌株数
2.3.2 鲍消化道与养殖环境异养菌的耐药性分析
2.3.2.1 鲍消化道与养殖环境异养菌对不同抗菌药物耐药率的差异
2.3.2.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性差异
2.4 讨论
2.4.1 鲍消化道及养殖环境中异养菌对不同抗菌药物的耐药性分析
2.4.2 鲍消化道及养殖环境异养菌的多重耐药性及MARI分析
3 哈维弧菌耐药株的诱导
3.1 实验材料
3.1.1 菌株来源
3.1.2 抗菌药物种类
3.1.3 所用培养基及试剂
3.1.4 所需引物
3.1.5 主要仪器与设备
3.2 实验方法
3.2.1 细菌DNA的提取
3.2.2 菌株PCR鉴定
3.2.3 K-B法
3.2.4 最低抑菌浓度的测定
3.2.5 耐药株的诱导
3.3 实验结果
3.3.1 菌株的鉴定
3.3.2 敏感株与诱导耐药株的药敏结果
3.4 讨论
4 哈维弧菌的耐药机制研究
4.1 实验材料
4.1.1 实验菌株
4.1.2 所用试剂与仪器
4.2 实验方法
4.2.1 转录组数据的评估与处理
4.2.1.1 转录组的实验流程与分析流程
4.2.1.2 RNA-seq测序质量评估
4.2.1.3 与参考基因组比对
4.2.1.4 基因统计
4.2.2 转录组数据的分析
4.2.2.1 差异基因分析
4.2.2.2 Gene Ontology功能注释分析
4.2.3 转录组中耐药基因的qRT-PCR
4.2.3.1 提取RNA
4.2.3.2 cDNA的合成
4.2.3.3 qRT-PCR引物的设计与合成
4.2.3.4 qRT-PCR的实验操作
4.3 实验结果
4.3.1 测序评估
4.3.1.1 测序reads质量评估
4.3.1.2 测序饱和度分析
4.3.1.3 比对参考基因组
4.3.2 基因统计
4.3.2.1 基因覆盖度
4.3.3 差异分析
4.3.3.1 诱导前后差异基因分析
4.3.3.2 差异基因GO功能注释分析
4.3.3.3 筛选与喹诺酮耐药机制相关的差异基因
4.3.4 qRT-PCR的验证
4.4 讨论
4.4.1 靶酶基因突变与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.2 主动外排泵系统与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.3 SOS反应与哈维弧菌耐药性的关系
4.4.4 细菌群体效应与哈维弧菌耐药性的关系
5 全文总结
参考文献
致谢
作者简介
导师简介
本文编号：3786666
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