刻肋海胆科两种海胆线粒体基因组全序列测定和系统发育学分析

发布时间：2023-04-17 04:53

　　本文以芮氏刻肋海胆和哈氏刻肋海胆为研究对象，利用线粒体基因组全序对这两种海胆进行比较研究，同时从线粒体基因组的方面讨论其海胆纲中9种海胆的系统发育关系和遗传分化。本研究成果为海胆的线粒体基因组数据提供了基础资料，为海胆分类学提供了分子依据。 线粒体基因组全序测定方面，以long-PCR结合常规PCR方法设计了17对引物和10对检测引物，采用步移法测定了两种刻肋海胆的线粒体基因组全序列，其中芮氏刻肋海胆基因组长度为15696bp，哈氏刻肋海胆为15710bp。刻肋海胆的基因组结构与棘皮动物门的大多数已知序列种一致，包括22个tRNA、2个rRna、13个蛋白质编码基因以及非编码区，排列顺序也与棘皮动物一致；碱基含量方面，刻肋海胆线粒体基因组两条链上有明显的AT偏倚；两种刻肋海胆同源蛋白质基因的长度（除COX1）和顺序相同，大多数基因用标准密码子ATG,少数使用GTG作为起始密码子；两种刻肋海胆的核糖体RNA长度相同，且表现出较高的保守性；两种刻肋海胆的轻链复制起始区OL均能形成稳定的茎环二级结构。 系统发育方面，采用线粒体基因全序列、蛋白质编码基因联合、tRNA联合、rRNA联合对9种海...

【文章页数】：84 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
1 前言
    1.1 海胆纲研究背景
    1.2 系统发育学概述
        1.2.1 系统发育学之产生与发展
        1.2.2 系统发育学研究方法
    1.3 刻肋海胆科的形态特征及种群分布特征
    1.4 线粒体 DNA 的特征及线粒体全基因组应用
        1.4.1 线粒体 DNA 的特征
        1.4.2 线粒体 DNA 以及线粒体全基因组在海胆研究中的应用
    1.5 本研究的目的和意义
2 刻肋海胆科两种种刻肋海胆线粒体基因组全序测定
    2.1 材料与方法
    2.2 实验方法
        2.2.1 DNA 模版的提取
        2.2.2 PCR 引物的设计
        2.2.3 PCR 扩增
        2.2.4 PCR 产物检测与纯化
        2.2.5 测序
    2.3 数据分析
3 两种刻肋海胆线粒体基因组结构组成分析
    3.1 两种刻肋海胆基因组成
    3.2 两种刻肋海胆线粒体基因组碱基构成分析
        3.2.1 蛋白质编码基因（CDS）
        3.2.2 tRNA
        3.2.3 rRNA
        3.2.4 非编码区
    3.3 两种刻肋海胆线粒体基因组各片段比较分析
        3.3.1 蛋白质编码基因
        3.3.2 tRNA 序列分析
        3.3.3 核糖体 RNA 结构分析
4 基于线粒体基因组全序列以及各基因片段的系统发育分析
    4.1 基于线粒体基因组全序列的系统发育分析
    4.2 基于线粒体基因组蛋白质编码序列的系统发育分析
    4.3 基于线粒体基因组核糖体 RNA 的系统发育分析
    4.4 基于线粒体基因组 tRNA 的系统发育分析
5 关于棘皮动物门已知线粒体基因组全序的分析
    5.1 棘皮动物基因重排
    5.2 棘皮动物门线粒体基因组变异位点分析
    5.3 系统发生关系分析
6 总结
参考文献
致谢
个人简历及发表的学术论文



本文编号：3792610