虾夷扇贝基因组中串联重复序列的分析

发布时间：2023-05-18 22:56

　　虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）是中国北方重要的经济型养殖贝类，属于双壳纲。现在关于虾夷扇贝全基因组序列的分析还未见报道，为了研究虾夷扇贝基因组的结构组成，本研究通过TRF软件对虾夷扇贝全基因组序列中的串联重复序列进行查找，并将其按照微卫星、小卫星、卫星序列三种序列进行分类，分析它们的组成结构和分布特征。主要结果如下： 1.分析了全部串联重复序列的整体结构组成，共得到了956，255条重复单位长度在0-500bp的串联重复序列，串联重复序列总长为413,646,025bp，结果显示，虾夷扇贝中串联重复序列总长占全基因组总长的39.25%，在全基因组中所占的比例很高。然后分析其中三个重复种类所占的数量，其中微卫星重复序列有21,398条，小卫星重复序列有921,154条，卫星重复序列有13,703条,小卫星序列分布范围广泛，占串联重复序列的主要部分。对每种重复单位长度的重复数目进行作图显示，从40bp到500bp的区域中，随着重复单位长度的增加，重复序列所对应的重复序列数目是逐渐减少的趋势，但是在递减过程中在145bp和156bp处出现了两次高峰。 2.将1-6...

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1 基因组中的重复序列
        1.1 散布重复序列
        1.2 串联重复序列
    2 双壳类 genome 重复序列研究进展
        2.1 双壳贝类中散布重复序列研究进展
        2.2 卫星序列研究进展
        2.3 微卫星和小卫星研究进展
    3 本文研究目的和意义
第二章 虾夷扇贝基因组中串联重复序列的分布特征
    0 引言
    1 材料与方法
    2 结果与讨论
第三章 虾夷扇贝基因组中微卫星序列的分布特征
    0 引言
    1 材料方法
    2 结果
        2.1 微卫星序列的分布特征
    3 讨论
第四章 虾夷扇贝基因组中小卫星序列和卫星序列分布特征
    0 引言
    1 材料与方法
    2 结果与分析
        2.1 小卫星序列的分布特征
        2.2 卫星序列的分布特征
    3 讨论
        3.1 虾夷扇贝基因组中小卫星序列的分布特征
        3.2 小卫星重复序列的碱基组成特征及其分类
        3.3 虾夷扇贝基因组中卫星序列的分布特征
参考文献
致谢
附录



本文编号：3819159