斑石鲷基因组学初步研究及性别特异标记发掘与遗传性别鉴定技术的建立

发布时间：2024-10-04 21:25

　　斑石鲷(Oplegnathus punctatus)隶属于鲈形目、石鲷科、石鲷属,俗称斑鲷,黑金鼓。凭借优良的肉质口感、营养和经济价值斑石鲷已然跻身为重要的新兴水产品种。然而,随着养殖规模的扩大,养殖密度的提高,斑石鲷与其他养殖鱼类相比易感染病毒病且致死率极高的问题更加凸显。斑石鲷具有22对常染色体和一组复性染色体(X1、X2和Y),其性别决定机制为(X1X2Y)型。其特殊的性别决定类型对丰富和提高人们对性染色体、性别决定机制和性染色体进化机制认知具有重要的意义。为了探究以上两个问题,本论文,首次完成对斑石鲷基因组进行测序、组装和比较基因组学分析,解析了其基因组结构特点,揭示了其易感染病毒病的可能的遗传基础。通过对斑石鲷不同发育时期雌雄性腺转录组分析,分析了其性腺发育的动态过程,首次确定了雌性斑石鲷的两条性染色体。通过对基因组数据的比较分析,首次发掘了一个斑石鲷雄性特异的DNA分子标记,开发了一种应用该DNA标记快速鉴定斑石鲷遗传性别的技术。(1)首次完成对斑石鲷基因组的测序和组装,最终将组装结果挂载到24条染色体。其染色体数目和大小与核型结果一致(R2=0.97)。共注释出22970个...

【文章页数】：72 页

【学位级别】：博士

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摘要
ABSTRACT
引言
第一章 综述
    1.1 测序技术的发展概述
    1.2 水产养殖中高通量测序技术的研究与应用
        1.2.1 水产养殖动物重要性状的研究现状概述
        1.2.2 水产养殖动物中高通量测序技术的应用
    1.3 鱼类性别标记开发研究概述
    1.4 本论文的目的和意义
第二章 斑石鲷基因组组装注释
    2.1 引言
    2.2 材料和方法
        2.2.1 实验材料
        2.2.2 基因组特征分析
        2.2.3 基因组组装
        2.2.4 基因组结构与功能注释
    2.3 结果
        2.3.1 基因组大小与复杂度评估
        2.3.2 基因组组装
        2.3.3 基因组重复序列特征
        2.3.4 基因组结构注释
        2.3.5 基因组功能注释
    2.4 讨论
第三章 比较基因组学分析
    3.1 引言
    3.2 材料方法
        3.2.1 基因家族鉴定
        3.2.2 系统进化分析
        3.2.3 基因家族扩张收缩分析
        3.2.4 正选择分析
    3.3 结果
        3.3.1 基因家族鉴定
        3.3.2 系统进化分析
        3.3.3 基因家族扩张收缩分析
        3.3.4 正选择分析
    3.4 讨论
第四章 雌雄性腺转录组学分析
    4.1 引言
    4.2 材料和方法
        4.2.1 实验材料
        4.2.2 原始数据处理
        4.2.3 转录本重构与注释
        4.2.4 基因变异与可变剪接
        4.2.5 基因定量与差异表达
    4.3 结果
        4.3.1 转录组数据统计
        4.3.2 测序数据处理
        4.3.3 转录本构建和分析
        4.3.4 SNP与 INDEL突变
        4.3.5 基因转录本差异剪接
        4.3.6 基因的定量和差异表达分析
        4.3.7 差异表达基因的KEGG和 GO分析
    4.4 讨论
第五章 斑石鲷性别特异分子标记的发掘与应用
    5.1 引言
    5.2 材料方法
        5.2.1 样品准备
        5.2.2 基因组DNA提取
        5.2.3 组织学切片和HE染色
        5.2.4 雄性性别标记筛选
        5.2.5 雄性特异性标记物的PCR验证
        5.2.6 遗传性别鉴定技术的开发与确认
    5.3 结果
        5.3.1 雄性特异性标记筛选
        5.3.2 雄性特异性标记的验证
        5.3.3 遗传性别鉴定技术的建立与应用
    5.4 讨论
小结
参考文献



本文编号：4007160