在全基因组规模分析和识别西瓜中的microRNAs和phasiRNAs

发布时间：2020-06-06 18:43

【摘要】：MicroRNAs(miRNAs)是一种内源性小非编码RNA,参与转录后基因调控,在植物生长、发育和应激反应中起关键作用。西瓜是世界上重要的农作物之一。然而,西瓜中的mi RNAs和phasiRNAs及其功能尚未得到充分的研究。在此,我们通过分析来自根、叶、雄蕊、花瓣和果实的14个小RNA样本以及一个已经发表过的混合组织样本,利用生物信息学和实验方法分析西瓜中的miRNAs和分段次级小干扰RNA。我们利用SeqTar算法及西瓜叶子降解组数据识别miRNAs和phasiRNAs的靶基因。我们识别了97个保守的前体miRNAs,其中58个保守的前体miRNAs未被报道过,348个保守的成熟miRNAs不包括前体miRNAs。我们还发现了9个新的前体mi RNAs编码18个成熟的miRNAs,发现了101个编码21个核苷酸小干扰RNA的PHAS位点,241个编码24个核苷酸小干扰RNA的PHAS位点。利用西瓜叶子降解组数据,我们识别了127个保守miRNAs以及TAS3生成的tasiRNAs的靶基因。本研究结果对西瓜中小调控RNA以及它们的靶基因提供了一个全面的分析。
【图文】：

图 1.1 植物 miRNA 的生物合成和功能[16]igure 1.1 The plants miRNA biogenesis and functions

然后由DCL4切割成21个核苷酸的双链分段。在tasiRNA的加工过程中，通过miRNA引导来决定tasiRNA分段的起点。目前的报道认为miRNA通常由两种模式来引导tasiRNA的生成，如图1.2所示，（1）一个22nt的miRNA结合到tasiRNA生成区域上游，并从miRNA结合区域中间开始产生分段生成siRNA；（2）另一个21nt的miRNA分别结合到siRNA生成区域上游和下游，并从下游miRNA结合区域中点开始分段产生siRNA[35]。在拟南芥中一共发现了四种TAS基因，分别被命名为TAS1至TAS4。其中TAS3在植物中是高度保守的，是由21nt miR390引导产生tasiRNA，这些tasiRNA进一步调控ARF2、ARF3和ARF4。因而miR390和tasiRNA的调控系统控制了叶、花和根等器官的发育时间和模式形成[36]。TAS1a/b/和TAS2由22nt的miR173引导，TAS1/2产生的tasiRNA调控了一些PPR基因。TAS4由22nt的miR828引导产生不同的tasiRNA
【学位授予单位】：昆明理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：Q943.2;S651

【参考文献】

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3 董淼;黄越;陈文铎;徐涛;郎秋蕾;;降解组测序技术在植物miRNA研究中的应用[J];植物学报;2013年03期

4 汤海明;陈红;张静;任景怡;许宁;;新一代测序技术应用于microRNA检测[J];遗传;2012年06期

5 占爱瑶;罗培高;;DNA测序技术概述[J];生物技术通讯;2011年04期

6 王鸣;侯沛;;西瓜的起源、历史、分类及育种成就[J];当代蔬菜;2006年03期

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本文编号：2700100